康熙二十二年（1683）五月，康熙帝催促福建水师提督施琅进取澎湖。六月十一日，施琅在铜山动员随征诸将，十四日，施琅率2万余名水师，300余艘战船，向澎湖进军。二十二日，清军与郑氏军队进行了一场激烈博斗，鏖战一日之久，攻下澎湖列岛，刘国轩仅率大小31只船败回台湾。郑克塽见大势已去决定降清。七月二十七日，郑克塽派官员到施琅军前，缴延平王册印、招讨大将军印以及公侯伯将军督印，八月十八日，郑克塽率文武官员剃发，跪听宣读赦免安抚诏令。康熙二十三年（1684）康熙帝命郑克塽来京，编入旗下。至此，清政府消灭了最后一支奉明为正朔的抗清力量。康熙二十三年（1684）四月十四日，康熙帝决定采纳施琅奏议，在台湾设立一府三县，即台湾府（府治设在今台南市）和台湾、凤山（今高雄）、诸罗（今嘉义）三县，这样，台湾开始置于清政府的管理和保护之下。