康熙三十五年（1696），著名学者颜元开始主持漳南书院。颜元，字易直，号习斋，河北博野县人。他八岁跟随僧人吴持明学习骑射剑戟及攻守兵法，后来又学习八股文，应考县试，曾说：“宁为真白丁，不作假秀才。”从二十三岁起，颜元开始办学墪教授子弟；与此同时，潜心学问，专攻理学，孜孜不倦，终于成为清代前期著名的启蒙思想家和教育家。颜元主持漳南书院工作时，已经六十二岁。他认为讲学应该广博，注意实践。他大胆提议改建漳南书院格局，建正厅三间，名为“习讲堂”。讲授武备，学习黄帝、太公及孙吴诸子兵法、攻守营阵、陆水战法并射御技击；讲授经史，学习十三经、历代诰制、章奏、诗文；讲授艺能，学习水学、火学、工学、象数。为了应付时制，还另设二科，一是静坐科，主要编著程朱陆王之学；另一为帖括科，学习八股举业时艺。这两科均不是主科。颜元还在习讲堂正厅大书楹联一幅：“聊存孔绪励习行，脱云乡愿、禅宗、训诂、帖括之套；恭体天心学经济，斡旋人才、政事、道统、气数之机。”颜元提倡的教育内容和文法，在当时具有新意；漳南书院的改制，在颜元一生中也占有重要地位。颜元主持漳南书院仅半年时间。同年八月中旬，漳水漫堤，发生水灾，漳南一带全部淹没，书院也荡然无存。由于资财有限，无力再举，颜元不得不怅然返家。他以教育振兴民族的理想遂未能实现。