1900年，东吴大学创办，黄人被聘为国学总教习（首席教授兼教务主任）。同年，黄人在苏州与乡人庞树松、庞树柏兄弟组织成立“三千剑气文社”，以文会友，评说时事，并与黄谦斋、庞树松在苏州创办《独立报》，这是苏州历史上第一张白话报纸（日报）。

1913年夏日忽患狂疾，病情急剧恶化，歌哭无常。时至秋天，仍身穿单衣，或袒背不履，甚至于经常不知觉地头撞铁栏铁网，弄得流血满面，体无完肤。病狂数月间，更将生平珍藏的大量书籍和手稿随意撕毁。家人把他送往苏州齐门疯人院一度医治后不久，于当年农历九月十六日病逝，终年48岁。 黄摩西过世后，章太炎、曾朴、吴梅、李烈钧、柏文蔚、胡汉民等时贤同仁的数百多副挽联纷纷而至，以示缅怀。故旧友朋无不为之哀伤，来人来函，或诗或文，对亡友充满了不尽的追念之情。