至元六年（1340年），二月，入为枢密院判官；五月，改任吏部尚书；十月，拜西行台治书侍御史，向皇帝上呈《治狱记》，述录囚治狱之经验。
至正元年 （1341年），正月诏改元至正，苏天爵在参议中书省事任。
至正二年（1342年）夏，官拜湖广省政。
至正三年（1343年），朝廷诏修辽金宋三朝史书，以欧阳玄,揭傒斯,张起岩等人为总裁官。欧阳玄应召北上，路过湖北时，苏天爵作《三史质疑》寄给他。
至正四年（1344年），苏天爵改任陕西诸道行御史台侍御史，并召为集贤殿侍讲学士，兼国子祭酒。
至正五年（1345年）秋，改任山东道肃政廉访使，集贤殿侍讲学士，并兼职京畿奉使宣抚，苏天爵深知民间疾苦，严肃吏治，老百姓都将他与包拯、韩琦相比，但终引不合流俗而受到排挤，最终竟以“不称职”的名义罢免官职。十月，张养浩的儿子张引请求苏天爵为七聘堂做记，于是他作《七聘堂记》。
至正六年（1346年），任集贤侍讲学士兼国子祭酒，兼职京畿道奉使宣抚。
至正七年（1347年），复用为湖北道宣慰使，浙东道廉访使，但都没就任。后授予江浙省参知政事。
至正八年（1348年）五月，任浙东海右道肃政廉访使。冬，任江浙等处行中书省参知政事，总负责江浙等处的行省的政事，期间寻求贤能者，发现并提携了沙可学、高则诚、葛元哲等人。
至正八年（1349年）到至正十二年（1351年），苏天爵一直在江浙地区任职运转使，参知政事等，当时盐法弊端很重，苏天爵上任后拯治有方，所获得税课达到宝钞八十万锭，在规定的时间内收起税款。江南地区爆发了方国珍起义，韩山童、刘福通红巾军起义，徐寿辉红巾军起义等反元农民起义。
