同治元年（1862年）正月，下谕命曾国藩、左宗棠保住衢州并且进而解徽州之围。命曾国藩调兵遣将保卫上海不受太平军的侵扰。调蒋益澧部赴左宗棠军。不久太平军进逼上海，薛焕-英、法各国将派兵协同清军围剿太平军，同治帝嘉奖了他。捻军侵扰沭阳，载淳下谕僧格林沁要南北兼顾进行驻防，清军克复莘县。不久李世忠的军队攻克了江浦、浦口。鲍超被提升为浙江提督，冯子材被提升为广西提督。二月，奉慈禧皇太后的懿旨，载淳在弘德殿入学读书，祁寯藻、翁心存等人授读。三月，编纂的关于帝王政治和前朝垂帘听政的书籍完成，命名为《治平宝鉴》。六月，京师同文馆设立，附属于总理各国事务衙门，培养翻译人才以利于开展洋务运动。闰八月，庆端军克复缙云，多隆阿军克复了荆紫关。各地军队也势如破竹，鄂军克复了竹山、竹谿、黔军克复了天柱、邛水、太平军逃窜到了老河口。

同治二年（1863年）二月，左宗棠率军克复浙江的金华、汤溪、龙游、兰谿等地。川军在四川大渡河围剿太平军的石达开，将其击破。七月，懿旨命惠亲王绵愉专门负责弘德殿皇帝读书的事，并命绵愉之子奕详、奕询给载淳做伴读。同治三年（1864年）五月，太后懿旨要为载淳进讲《治平宝鉴》。六月，清朝终于平定了太平天国的叛乱。七月，平定太平天国后进行封赏，晋封议政王恭亲王之子载澂为贝勒，载濬不入八分辅国公，载滢不入八分镇国公，加军机大臣文祥太子太保衔，宝鋆、李棠阶太子少保衔。同治四年（1865年）二月，四川酉阳县人民不堪教会欺凌，数百人奋起捣毁教堂，即酉阳教案。英国汇丰银行在上海开设分行，外国银行开始操纵中国金融市场。中亚细亚浩罕国阿古柏乘新疆回民起义之机入侵新疆。三月，太后命醇亲王奕譞到弘德殿督促皇帝读书。并且罢免了恭亲王的军机和议政职务，命文祥等办理总理各国事务衙门事宜。四月，赖文光等指挥捻军在山东歼灭僧格林沁统率的清军主力，僧格林沁突围时被杀。五月，李鸿章在上海设立江南制造总局，成为洋务派创办新式军事工业的开始。闰五月，起用沈葆桢督办江西防剿的事务。七月，御史蔡寿祺以妄言夺职。八月，英国在上海租界设按察使署（即最高法院）。九月，送咸丰帝的灵柩至遵化定陵安葬。

同治七年（1868年）二月，退役驻华公使浦安臣率“中国使团”出访美国、英国、俄国、法国、普鲁士等国，是为中国使团首次出访国外。八月，以奏请修理园庭，夺御史德泰职。同治九年（1870年）正月，滇军克复禄丰，甘陕的回匪攻陷定边。同月，紫禁城神武门的木库失火，同治帝下诏进行修缮。二月，刘松山督剿金积堡的回匪时中炮身亡，载淳赏道员刘锦棠为三品卿衔，接管刘松山的部众。并且派遣与俄国谈判商界的使臣前往齐齐哈尔、吉林进行会谈，命富明阿、德英据约率军防守，不能对俄国让步。五月，命崇实前往贵州会同曾璧光查办教案。六月，命彭玉麟赴江南，会同沿江督抚整顿长江水师。

由于慈禧太后贪恋权力，她以载淳“典学未成”为由，拖延载淳亲政时间。直到同治十一年九月十五日（1872年10月16日），才为自己十七岁的儿子载淳举行了大婚典礼。载淳婚姻是个大问题。找谁做皇后，两宫皇太后意见不一。慈安太后提议以侍讲崇绮之女阿鲁特氏为皇后，慈禧太后主张以侍郎凤秀之女富察氏为皇后。载淳本人喜欢前者，载淳便以阿鲁特氏为皇后，富察氏为慧妃。

同治十二年（1873年）正月，滇军攻克大理，云南回乱的首领杜文秀、杨荣、蔡廷栋等被杀。载淳-进行赏罚。同月，两宫皇太后因为载淳将要亲政，下懿旨要求同治帝“祇承家法，讲求用人行政，毋荒典学”。下旨要内外臣工“公忠尽职，宏济艰难”。载淳正式亲政，下诏“恪遵慈训，敬天法祖，勤政爱民”。六月，载淳到瀛台，日本大使副岛种臣、俄国大使倭良嘎哩、美国大使镂斐迪等在中南海紫光阁觐见载淳，并且呈递国书。九月，载淳以方便太后颐养为名，实为自便，降旨兴修颐和园。修颐和园需银1000万两，木材一项，径七寸至四尺多，长一丈五到四丈八的楠柏陈黄松木要3000根。钱，因为镇压太平天国，各省款项支绌，当时西北左宗棠又正镇压回民起义，捐输和厘金全用在上面了，清政府的财力根本不允许再拿出这么多钱来修园。木材需从四川采集，但道光初年以来已经砍伐得差不多了，无从购觅，况且运输艰难万分。十月二日，御史沈淮上疏请求缓修，师傅李鸿藻与翰林院侍讲学士李文田也都上疏劝谏。载淳不听。回乱首领马文禄被清军所杀。载淳-命左宗棠以陕甘总督协办大学士，其他各有封赏。同治十三年（1874年）正月十九日，重修圆明园的工程正式开工。

同治十三年（1874年）二月，日本以台湾高山族误杀琉球船民为借口，出兵台湾。三月，日军侵略台湾。五月，以慈禧皇太后万寿节，予在京旗官年60以上者恩赏。六月，命翁同龢直弘德殿。十一月，命内外奏牍呈两宫披览。晋慧妃为皇贵妃，珣嫔为珣妃。

十二月初五（公历1875年1月12日），载淳逝于养心殿，享年19岁。两宫太后召醇亲王奕譞的儿子载湉入承大统，为嗣皇帝。赐奕譞以亲王世袭罔替，并免朝会行礼。王大臣等以遗诏迎载湉于太平湖醇亲王邸，与慈安太后居钟粹宫；慈禧太后居住在长-；两宫太后垂帘听政。诏停三海工程。以第二年为光绪元年。上大行皇帝谥为“毅”，庙号穆宗，封皇后为嘉顺皇后，皇贵妃为敦宜皇贵妃。