嘉庆五年（1800年），安康、平利、洵阳一带发生农民起义，温承惠亲自率兵驰往迎击，击败了以王金柱为首的数百名起义军，救出难民，开仓放粮，民心大定。六月，温承惠升任陕西布政使。
嘉庆八年（1803年），温承惠调任河南布政使。嘉庆十年（1805年），被擢升为江西巡抚。
嘉庆十一年（1806年），温承惠调任福建巡抚。在任期间，台湾发生农民起义，闽浙总督玉德因贻误罪被革职，由温承惠暂署闽浙总督事务。温承惠奏请清廷调拨部分军用物资，与提督李长庚一同围剿蔡牵，并在各沿海口岸派员巡查，增加兵力，严加防范，此举深得清廷赏识。不久，他又调署直隶总督。
嘉庆十二年（1807年），嘉庆帝至古北口检查官兵，见该地驻军行阵整齐，操法技艺娴熟，嘉奖温承惠训练有方，便将直隶总督这一职务实际授予给温承惠。 在直隶总督任上，温承惠致力于河务工作，重点疏浚了黑龙河、温榆河、北运河及滏阳河等多条河流。
