万历二十三年（1595年），乙未科会试第159名，该科主考官为次辅张位，副考官为翰林院编修黄辉。殿试三甲第164名，同科还有万钟好友、排名为219名的王思任，以及日后的“宣党”党魁、榜眼汤宾尹。

万历二十四年（1596年），任永宁（今北京延庆县永宁镇）令尹。万历二十五年（1597年），丁父艰归。万历二十七年（1599年），丁忧（母亲马安人）。

万历三十五年（1607年），考选。万历三十六年（1608年），任六合（今江苏省六合县）县令。

万历三十九年（1611年），任正六品户部浙江司主事，主管验粮所和河西务钞关。同年，升为从五品户部员外郎。数月之后，以养病告归，始筑勺园。

万历四十二年（1614年），补工部，任营缮清吏司员外郎。

万历四十三年（1615年）管理神木厂兼理临清砖厂，参编《工部厂库须知》，主要参与了“神木厂”和山西、台基两厂相关内容的“考载”与“条议”，具体包括其职掌、〈木料等价规则〉、〈运价规则〉、〈土工价规则〉、〈雕工匠价规则〉、〈厂夫规则〉和〈神木厂条议〉、〈山西厂条议〉、〈台基厂条议〉，应属首次也是已知最全面披露明代神木厂运作规则的档案文献，其展示了该厂价格、收储、运输、加工和厂夫等诸多细节。

天启三年（1623年）十一月进江西按察使分守饶南九江右参议。

天启五年（1625年），米万钟因屡次发表不满阉党专权的言论，终于遭到魏忠贤爪牙倪文焕的弹劾诬陷为东林党魁，被削职夺藉，直到崇祯元年（1628年），魏忠贤集团溃灭，倪文焕被处死，他才得到复职起用。

崇祯四年夏历七月中旬（1631年8月5日至8月14日之间）去世，  终年62岁。