康熙六年（1667）春，四辅政大臣之首索尼带头奏请康熙帝亲政。七月初三日，经太皇太后（孝庄文皇后）允许，择吉亲政。初七日，康熙帝行亲政礼，御太和殿，王以下文武百官上表庆贺。宣诏天下，诏内“恩赦”十七条。分别派遣内秘书院学士等告祭岳镇海渎诸神。同一天，康熙帝在乾清门处理政务，以后日以为常，时年十四岁。

康熙六年（1667），鳌拜权势日张，权倾朝野。正月，他命同党、吏部尚书阿思哈为镶白旗满洲都统，不久，又转授为兵部尚书。二月鳌拜任命另一党羽、辅国公领侍卫内大臣班布尔善为内秘书院大学士。他的孙女婿贝勒兰布本是敬谨亲王尼堪子。顺治九年（1652），尼堪在同李定国交战中被杀。事隔十五年，鳌拜以念阵亡功为理由，运用手中大权，晋封兰布为郡王。三月，鳌拜对其同党在六部诸衙门中的职务进行了重要调整，以阿思哈为吏部尚书，正红旗都统噶褚哈为兵部尚书，正白旗副都统马迩赛为工中尚书，镶黄旗副都统泰壁图为吏部右侍郎，迈音达为兵部右侍郎。康熙帝亲政后，因另一辅政大臣索尼已死，鳌拜便班行章奏均自首列，凡事则与弟穆里玛、侄塞木特、纳莫及上述诸人在家中议定而行。对于康熙帝，鳌拜有时竟非常无礼。迫于形势，康熙批准议政王大臣所议，准鳌拜另授一等公，其原有的二等公由子那摩佛承袭。十二月，户部满尚书缺员，鳌拜想将马迩赛安插其间，而康熙帝已授与玛希纳。于是，鳌拜援引清太宗年间也曾设户部满尚书二员事，强请除授。户部汉尚书王弘祚熟悉部务，马迩赛不能独专，鳌拜遂寻机排除。康熙七年二月，鳌拜加太师衔，专恣更甚。

康熙六年（1667），达斡尔族索伦部佐领根特木儿率其亲属四十人，叛逃至被沙俄占领的尼布楚，并纠集了一支三百余人的武装队伍，长驻尼布楚，为沙俄侵扰我边境效力。康熙九年（1670），康熙帝为索回根特木儿，曾有致俄沙皇国书，其态度非常坚决。

康熙六年（1667）闰四月十四日，御史肖震疏言：兵屯即或不能立行，而投诚开荒之策则可立即实行。他认为实施此策有四点益外：一、投诚之众，所携家眷数位于正式兵额，如果分予荒地，给以牛种，使生活有靠，以为招抚之劝。二、投诚兵有没防御之责，因此，让他们屯田较之负有防御任务的绿旗兵容易得多。三、以近例而论，投诚兵每年所需金钱八十余万，将来规取台湾后，更有后来兵需用钱粮，为此，应规定每有投诚之兵，应给予荒地若干亩，三年后，照旧征税，这样，既有饷银，又增国赋。四，据查，各省荒田尚有四百余万顷，若分给他们，则军储日实，户口渐增，民生安定。康熙帝对肖震的谏言，非常重视，命户兵二部行令各省督抚确查垦荒事宜，依议而行。八月，复命驻在河南、山东、山西、江苏、安徽、浙江等省的投诚官兵开垦荒田。自康熙七年（1668）起，每人给地五十亩，预支本年俸饷，作为牛种，次年停发，三年后照例起科。

康熙六年（1667），江南（江苏、安徽二省合称）民人沈天浦、吕中、夏麟奇三人撰诗二卷，名曰《忠节录》，或称《启祯集》。沈天甫等三人谎称此书系黄宗羲父黄尊素等一百七十人所作，陈济生编集，故明大学士吴甡等六人作序。沈天甫向麟夏奇授计，夏遂来到吴甡子、中书吴元莱住所，诈取钱财。吴元莱察此书序并非其父手迹，于是，向巡城御史控告。四月，康熙帝闻知此案，谕以“奸民诳称谋叛，诬陷平人，大干法纪，下所司严鞫。”沈天甫等皆斩首。被诬陷者一律不问。

康熙七年（1668），清政府重申海外贸易的禁令。明文规定：地方甲长同谋放纵者斩首，知情不举者处以绞刑。不知情者杖一百，发配三千里。管地的州县官革职，永不叙用，道、府文官降二级，巡抚降一级。康熙九年（1670）又规定：凡是官兵捉住出海贸易者，赏给一半犯人家产货物，另一半抄没入官。此外，清政府还于康熙五年（1666）明令，自是年起，不是贡朝，一概不准外国来中国进行贸易，否则，便属违法。

康熙七年（1668），两广总督周有德继革职的广东巡抚王来任之后，具疏请求速开广东边界。周有德，字彝初，汉军镶红旗人。康熙六年，升两广总督。在此之前，王来任在其遗疏中痛言迁海令给沿海人民带来的空前灾难，请开原迁之界，招抚迁移之民，安排其耕种采捕这，以安民生。是年十一月初二日，周有德直言：已迁之民哭诉，自立海界以来，尽失旧业，乞食无路。恳请“早开一日，早救一日之命！”同时，他又提出了展界复业的具体措施。同一天，康熙帝批准了周有德的请求，命都统特晋等人与定南王孔有德及该地总督、巡抚、提督一道，一面派兵防守，一面安置已迁之民，强调毋误农时。康熙八年（1669）二月，康熙帝下旨展开已禁之沿海边界，迁民大悦。此后，周有德先后调任四川总督、云贵总督，康熙十九年（1680）病逝。

康熙八年（1669）十月九日，清政府重修芦沟桥告成，立碑，康熙帝亲作碑文。碑文中写道：康熙七年，秋雨成灾，芦沟桥的东北面，被水毁坏处有十二丈，于是，命工部侍郎罗多等人，挑选工匠，督造挑浚，疏导水势。复修整如初。“自此，万国梯航，及民间往来者，咸不病涉。”“爰勒丰碑，永垂不朽。”

康熙八年（1669），康熙帝闻知议政王大臣会议的内容，在其尚未题请之时，在外之人就已了解。于是，七月，他专谕宗人府、吏兵二部：凡属议政王贝勒大臣会议事，俱系国家重大机密事务。会议之时，理应极力慎密。今后，必须严加约束闲杂随从人员。至于诸王贝勒的长史、闲散议政大臣，一律停其议政。以后凡在会议时，务必慎密。仅防泄漏国家机密。命以上各衙门、部，立即晓谕，严加申饬。

康熙八年（1669），刑部尚书朱之弼疏言：八旗奴仆，每年因自杀报部者不下二千人！这是由于他们长年饥寒交迫，并被鞭责凌辱所致。六月，康熙帝在谕刑部时进一步分析了大批奴仆被逼自尽的原因，同意朱之弼所奏，复严肃指出：“以后官民，务须各将家人抚恤训养，勿得仍行逼责致死，人命至重，尔部即行晓谕申饬。”