康熙十六年（1677）七月二十九日，康熙帝召大学士索额图、李蔚等大臣，论及朋党之害，谕示：人臣服官，惟当一意奉公。如若分立门户，私植党羽，始则蠹国害政，终必祸及身家。历观前代，莫不皆然。他指出：那些暗结党羽者，形迹诡密，然其背公营私，人必知之。因为他们“凡论人议事之间，必以异同为是非，爱憎为毁誉，公论难容，国法莫逭。百尔臣工，理宜痛戒！若夫汲引善类，不矜己长，同寅协恭，共襄国家。诚如宋代欧阳修所云，君子同道为朋者，是又不可以朋党论之。

康熙十六年（1677）三月二十七日，康熙帝谕吏、户、兵部：自吴三桂叛乱以来，各平叛地方的文武官员，或矢志固守、尽节封疆，或坚贞不屈，惨遭杀害，或从容就义，全家殉难。“此皆为国捐躯，克全忠节，深为可悯。”著各省总督，巡抚查明殉难官员的骸骨及遗下孤苦无依的妻、子，俱准动用正项钱粮，送其各归故里，以慰忠魂。

康熙十七年（1678）以来，福建总督姚启圣一再力荐施琅，称他“廉勇优长，威名素著，深识水性”，甚至愿以全家百口担保，请授施琅重任福建水师提督，以便以施琅为先锋，同取台湾，相辅成功。康熙二十年（1681）七月，康熙帝授施琅福建水师提督，加太子太保，谕以当与福建总督、巡抚等官同心协力，以清海疆，勿负委任至意。十月，施琅到任，即疏言理当独任进征台湾，姚启圣早有亲定台湾之志，因此深感失望，也疏请“宁愿战死海上，而断不肯回厦门苟且偷生。”又从战前准备、总督职责等方面具疏驳斥施琅。康熙二十一年（1682），姚启圣患背疽日重，毫不惦念妻、子等人，惟以不得台湾为憾。同年八月，康熙帝斥责施琅，仍命施、姚同征。但是两月后，议政大臣会议、大学士明珠等人均同意施琅专征，认为两人同征，则难免彼此掣肘。同时，施、姚在进征的时机等方面也确多分歧，容易使矛盾激化。十月初六日，康熙帝决定施琅根据时机，独自往征，命姚启圣等协助施琅，催运粮饷。姚启圣夙愿既失，仍以大局为重，昼夜督修战船，带头捐赠随征官兵俸饷，并将家中的银盘杯碗、金银首饰全部捐出。官兵见此情景，相视感叹，莫不涕零，各矢用命！但是，在施琅规取台湾前后，施琅、明珠及其他大臣对姚启圣时进微词，康熙帝误听谗信，对他屡加谴责。致使姚启圣蒙不白之冤，忧愤交加，病势日危，遂于康熙二十二年（1683）悄然辞世，终年六十岁。

康熙十七年（1678）闰三月十六日，因郑经仍据守厦门，接连进兵海澄，清军在海澄保卫战殊为艰苦，康熙帝令福建仍照顺治十八年（1661）定例，立界迁海，将界外民尽迁内地，严海禁，绝往来。对被迁人民，豁免本年地丁额赋与差役杂项。康熙十八年二月，清廷把福建福宁至诏安一带百姓，尽逐入内地。又量地险要，或十里，或二十里，筑小寨，设守兵，限以界墙。于是，滨海数千里没有人烟，沿海众多百姓倍受其害。

康熙十七年（1678）二月因江西已定，康熙帝遂命安远靖寇大将军、贝勒尚善和宁南靖寇大将军、顺承郡王勒尔锦进取军事要地岳州。逾月，批准尚善疏请，命湖广总督蔡毓荣率绿旗兵五千名，同攻岳州。是时，吴三桂亲军水师右翼将军林兴珠自湘潭投清，康熙帝授其为建义将军，封候爵，吴部军心动摇。五月，康熙帝接受林兴珠谏言，谕扎营岳州的水师官兵，进入洞庭湖，并分驻君山等处，以切断岳州叛军同常德、长沙、衡州等地的联系。八月，康熙帝在谕示尚善等将帅的作战方案中强调：我船很多，应在小船内多装火器，乘夜袭扰，不使敌人有喘息之机。同月，尚善病死。贝勒察尼继任其职。十一月，岳州吴军粮饷危机，因而不断出击，欲通粮道，但均为清军击败。十二月，吴部岳州水师将军杜辉密书请降，事泄，杜辉及其共谋者多人被杀，吴军内乱，总兵陈华等吴部文武官兵投诚。康熙十八年正月初八日，吴部总兵王度冲、将军陈珀等率舟师降。岳州守将吴应麒知粮道已断，清军水陆围困，遂于本日弃城而逃。察尼等率清军收复岳州。

康熙十七年（1678）正月二十三日，康熙帝谕吏部：自古以来，凡一代之兴，必有博学鸿儒。清朝同样崇儒重道，培养人才。遂令在京三品以上官员及六科给事中与都察院各道监察御史，在外总督、巡抚、布政使、按察使，分别举荐不论已仕未仕学行兼优、文词卓越者，以便亲试录用。于是，大学士李霨等举荐原任副使道曹溶等七十七人。八月，吏部题奏，各省举荐的博学鸿儒人员，原令他们从速起程，今陕西李颙等二人，江南汪琬等九人、直隶杜越等二人、浙江应为谦、山西范高鼎、江西魏禧，均以病辞。陕西李因笃也以母老辞。于是，康熙帝再次颁旨：“该督抚作速起送来京，以副朕求贤至意。”康熙十八年三月初一日，博学鸿儒科在体仁阁考试，参试者一百四十三人，试题为“璿玑玉衡赋”和“省耕诗”五言排律二十韵。同日，康熙帝命吏部尚书郝惟纳等宣谕：“汝等俱有才学，原可不必考试，但考试正以显其才学，所以皇上敬重，特赐宴，为向来殿试所无，汝等需悉皇上至意。”三月二十九日，又谕吏部：取中一等彭孙遹等二十人，二等李来泰等三十人，授以职衔，俱纂修《明史》。其未中者或回任，或候补，或回籍，年老者予以职衔，以示恩荣。告病者不必补试。五月十七日，授取中邵吴远为侍读，汤斌等四人为侍讲，彭孙遹等十八人为编修，倪灿等二十七人为检讨。职衔均属翰林院官。

《芥子园画传》通称《芥子园画谱》。因刻于清初著名戏剧家李渔别墅芥子园而得名。康熙十八年（1679），该书由王概编绘出版，初集五卷系木板彩色套印。内容为山水谱。此后，王概兄弟王蓍、王臬等人又编二集、三集于康熙四十年（1701）出版，内容分为兰、竹、梅、菊四谱，八卷；花卉草虫、花木禽鸟二谱，四卷。该书为中国画技法图谱，浅明易懂，所以广为流传。清嘉庆年间，该书第四集《人物画谱》刊成，四卷，附《图章会纂》。

康熙十八年（1679）八月二十八日，抚远大将军图海疏报：进取汉中，兵分四路，拟于九月八日出师。康熙帝谕示：各路捷报纷至，宜乘此时早复汉中，速定四川，直捣穷追，勿使敌寇占据险要。九日，他又谕示陕西诸将：吴军溃散动摇，急应尽快进兵，否则，万一有变，使其再据云、贵、川，后悔无及。十月二十二日，奋威将军王进宝率部攻下武关。二十七日，其部猛攻鸡头关，吴部大将王屏藩撤向广元，清军恢复汉中府，大军已达陕、川边界。逾月，图海部和陕西提督赵良栋分别克取甘肃阶州、徽州，兵进四川。康熙帝相信王进宝和赵良栋，命两军继续前进，攻取保宁。康熙十九年初，赵、王二部分别攻克绵竹、成都、保宁。二月，将军吴丹收复重庆，吴部文武官员献城投降，达州等州县均被恢复，四川平定。康熙帝又谕赵良栋进剿云贵，命镇南将军莽依图等军也自两广分道进取。三月，赵良栋疏言进军方略，请以湖广官兵取贵州，另兵四路分散云南。康熙帝从其言，命录其疏，发诸路将帅酌议，敕将军以下诸臣，进征云南，严禁官军抢掠。八月八日，定诸路清军挺进云南路线：扬威大将军、简亲王喇布筀产由广西进，定远平寇大将军、贝子彰泰等由沅州取贵州，勇略将军赵良栋和吴丹在攻克遵义后直取云南。吴部将领海潮龙率部至赵良栋军前投诚，愿为前驱。十一月，彰泰部在连克贵州诸府县后，直攻省城贵阳，吴世璠等统官兵于夜间逃走。安顺等府一一收复。至康熙二十年三月，贵州全省已定。同年正月彰泰、平南将军赖塔、绥远将军蔡毓荣诸部先后到达昆明附近。二十日，吴部将军胡国炳率一万余名马步军，在城外与清军激战，胡国炳被斩，吴军大败，逃入城内。四月，赖塔等挥军掘壕，围困昆明，吴世璠据城死守。康熙帝命振武将军佛尼勒与赵良栋两军，急速追剿援助昆明的吴军官兵。五月，清军收复失地益多，吴军来降将领和士兵日众，昆明势危。三藩之乱的最后平定已为期不远。

康熙十八年（1679）正月，清军克复岳州，康熙帝命安远靖寇大将军、贝勒察尼等分兵速取湘阴、长沙。吴三桂部长沙守将、金吾左将军胡国柱因岳州已失，恐长沙不能久守，遂于二十九日率部弃城而走。定远平寇大将军、安亲王岳乐挥兵入长沙。同日，宁南靖寇大将军、顺承郡王勒尔锦率大军渡过长江，收复松滋、枝江、宜都诸郡县，乘胜南下湖南，克澧州。不久，岳乐部挺进衡州，与扬威大将军喇布和江西总督董卫国会合，察尼派舟师往援。以上将帅在本月内相继克取衡山、湘阴、华容、湘潭、来阳。二月十三日，喇布部攻打衡州，冲入城内，吴部亲军前将军吴国贵、上柱国左丞相夏国相率部逃逸，清军克衡州府城。勒尔锦奉命与察尼会师，进取常德。吴军焚常德城，吴部按察使陈宝钥献城降。三月，清军复取南安乡、桃园、归州、巴东、宝庆、祁阳等府县。征南将军穆占部连下永州、道州、永明、江华、东安、全州、新兴等府县。四月，广西总督金光祖复浔州府。六月，吴部将军马承荫率官兵三万，献柳州投诚。八月，清军攻取柳城、融县。同月，岳乐部在武冈一带重创吴军，吴国贵中炮死，胡国柱率余众逃遁。九月，广西、湖南连续被清军收复。

康熙十九年（1680），著名历算学家薛凤祚因病去世，终年八十一岁。薛凤祚，字仪甫，山东淄川人，自幼喜学历算。顺治年间，他同波兰传教士穆尼阁讨论数学，始改从西学算法，同时，并不拘泥于穆氏之学。薛凤祚所学贯通中、西，被誉为一代历算学家的“功首”。著有《天学会道》、《算学会通正集》、《致用》、《西域表》、《今西法选要》多种著作，内容涉及天文、数学、医学、物理、水利、火器各方面。