顺治十五年（1658）二月二十六日，顺治帝经过密行采访，发现朝廷内外一些官员结交通贿内监吴良辅，命内大臣严讯此事。不久，事实真象大明：内翰林弘文院大学士陈之遴及官员陈维新、吴惟华、王之纲、王秉乾等一般官员从宽免究，警告他们如再仍蹈前辙，必从重治罪。但将内监吴良辅处斩；陈之遴革职，并父母兄弟妻子流徙盛京；陈维新同父母兄弟妻子流徙盛京，家产籍没；吴惟华等免死各责四十板，同父母兄弟妻子流徙宁古塔，家产籍没。

顺治十五年（1658）初，孙可望降清。先是，李定国屡败清军，孙可望怕其声望高于己上，于是与部下轻骑进袭宝庆，企图建立奇功以示夸耀，不料由于清军早有准备而打了败仗，相比下之更觉懊恼，也更加忌妒转为仇恨。顺治十四年七月初，孙可望悍然发动了对李定国的战争。但是，同室操戈，不得人心。两军刚一对垒，孙军前锋倒戈，全军瓦解。孙可望见大势已去，急携妻子、财宝北逃，于十一月十五日在宝庆向清军投降。（1658）二十八日赴长沙，抵湘乡，并呈上云南地图，表示愿引导清军进攻云南。十二月初六日，顺治帝敕谕，特封孙可望为义王，但不久又将其送至北京，后在一次射猎时以错射为名，将他射死。孙可望的降清，加剧了大西农民军的分裂，使其人心涣散，“皆摇摇无固志”。

顺治十六年（1659）十二月十九日，清廷制定了世职承袭例：除嫡子孙承袭外，有绝嗣者许亲兄弟及亲兄弟子孙承袭三世，三世之后停止承袭，且嗣养疏远宗族之子，不准承袭。次年（1660）十二月初五日，清廷又改定世职承袭例：凡系世职，有子有孙者仍照常袭替；原规定无子孙者除亲兄弟外，其他人不准袭替，改为无子孙者，有本生祖、父、亲伯、叔、兄、弟、侄男、侄孙概许袭替；其余嗣养疏远宗族之子仍不准袭替。

顺治十六年（1659）十一月初九日，顺治帝自南苑出西红门狩猎，至昌平，见明陵殿宇墙垣倾圯已甚，周围树木多被砍伐，命工部将残毁诸处尽行修葺，禁采树木，添设陵户，并令昌平道官不时严加巡查。（1660）十一月二十七日，他谕令礼部说：明崇祯帝励精图治十七年，考其生平，无甚失德，只因“寇乱国亡，身殉社稷”，“殊堪矜悯，宜加谥号，以昭实行”，特为崇祯加谥号曰庄烈愍皇帝。

顺治十六年（1659）闰三月十六日，左都御史魏裔介在奏疏中指出，福建、江南、江西等地溺女婴之风甚盛，“忍心灭伦，莫此为甚”，恳请皇帝严行察禁。顺治帝对此十分重视，立即下谕旨，命严禁溺女恶习。

顺治十六年（1659）三月十五日，清立明崇祯帝碑，碑文由大学士金之俊撰写。碑文总结了明思宗崇祯朝失政的原因，指出，崇祯帝之所以失天下，并非由于他的失德所致，而是朝野内外文武事权在握者无一实心办事之人；并告诫后世之臣要悚然知所警戒，后世之君要慎于用人。总之，国君以安民为政务之本，而安民又要以知人为本，这实为“万世之常经”，永远成为为君为臣的“宝镜”。

顺治十六年（1659）二月二十一日，平西王吴三桂及赵布泰、尚善等率清军与李定国部战于滇西磨盘山（今马龙县西北）。当时，李定国在清军穷追之下，连战皆败，决定在径隘菁深、屈曲仅容单骑之磨盘山上立栅数重，设立三道埋伏圈，企图乘清军不戒备之机鸣炮为号，首尾横突截击，可获全胜。布置停当，尾追的清军以为李定国早已远遁，一万二千人松松散散地爬上了磨盘山。忽然，明大理寺卿卢桂生向吴三桂投降，并报告了李定国设伏事，吴三桂于是下令清军急退，炮轰埋伏圈。双方短兵相接，激战了约六个小时，李定国损失兵马三分之二，被迫率部西撤，清军虽然获胜，十余名都统以下军官和上山之万余名兵士被歼灭，但从此不敢再穷追李定国和南明军。

顺治十六年闰三月，弘文院学士麻勒吉因徇庇大将军贝勒尚善纵兵扰民，被夺官。初，尚善领兵入滇，不遵顺治帝“勿得擅取民一草一木”之敕旨，纵兵扰民，戎车所至，狐兔不存，弄得民怨沸腾。经略洪承畴在赴云南视察后，于（1659）闰三月二十九日上疏顺治帝，指出，清兵入滇后，云南无处不遭兵火，无人不遇劫掠，百姓及其衣粮、财物、头畜俱被掳掠和抢尽，以致人无完衣，体无完肤，家无全口，抢天呼地而莫可控诉。而永昌一带更为悲惨，被杀死、拷烙死者堆满道路，周围数百里杳无人烟，人心惶惶，不知所措。顺治帝接到奏疏后，立即派麻勒吉等人携银往赈，并按查尚善罪状。但是，麻勒吉回京后百般为尚善辩解。顺治帝又派安亲王岳乐等复勘，证明洪承畴奏疏属实。顺治帝对此十分愤怒，罢免了麻勒吉的官职，同时命令释放清兵所掠之妇女、儿童。

顺治十七年（1660）二月二十九日，清廷以翻译之《三国志》（满文本）颁赐诸王以下、甲喇章京以上官，以使臣僚继承太宗皇太极的遗愿，讲求治国平天下之道。

顺治十七年（1660）三月二十八日，礼部遵旨拟定王、贝勒、贝子、公等妻女封号：亲王、世子、郡王正室曰妃，贝勒、贝子、镇国公、镇国将军、辅国将军正室曰夫人，奉国将军正室曰淑人，奉恩将军正室曰恭人。亲王女和硕格格曰郡主，世子、郡王女多罗格格曰县主，贝勒女多罗格格曰郡君，贝子女固山格格曰县君，入八分镇国公、辅国公女曰乡君，未入八分镇国公、辅国公及镇国将军以下之女不授封，曰宗女。