同治元年（1862），美国旗昌洋行在上海成立旗昌轮船公司，专门经营中国沿海及长江沿岸的客货运输。它是中国境内第一家控专业航运公司。外国轮船通过第一次鸦片战争，取得在中国沿海任意航行的特权。第二次鸦片战争后，这一特权又扩大到长江流域。不久，许多外国洋行如宝顺、怡和、琼记、旗昌、广隆、吠礼查、沙逊等纷纷购船行驶于长江水道，逐渐垄断了长江航运，使长江流域中国旧式航运业遭到毁灭性打击。以上海为中心的海洋和长江旧式航运业，在道光年间拥有沙船三千余号，咸丰年间减至二千余号，同治年间只剩下不足五百号了。旗昌轮船公司成立后，各种外国轮船公司相继问世，同治四年，英国成立省港澳轮船公司，在香港、澳门和广州一线开辟航路；同治六年，英国轧拉佛洋行主持成立公正轮船公司，也挤入长江水道；同治七年，北清轮船公司成立，在上海、天津之间开辟航道。到十九世纪七十年代，中国航运业基本为外国人垄断，形成“中国内江外海之利，几被洋人占尽”的局面。

同治元年（1862）八月二十九日，“常胜军”领队美国人华尔在浙江宁波被太平军击伤毙命。华尔于一八三一年生于美国。1846－1848年在诺维奇大学肄业，受过基础军事训练，后在海上及中南美洲从事冒险活动。曾在法国军队中任过尉官，参加克里米亚战争，后回美国助父经商。咸丰九年（1859）来到中国，在清军水师“孔夫子”号炮船上担任大副。次年四月，为阻止太平军进军上海，在清苏松太道吴煦和候补道杨坊的赞助下，由华尔负责召募外国士兵、水手、流氓等组成洋枪队，与清军及英法干涉军配合作战。咸丰十一年加入中国籍。同治元年一月，华尔率部配合英、法干涉军攻占高桥等地，并于松江一带击败太平军。二月被清廷任为参将，四月，以攻陷嘉定、青浦、奉贤等地，升为副将。八月奉调赴浙江宁波，二十八日进犯慈溪，被太平军击伤，次日毙命。

同治元年（1862）七月二十九日，恭亲王奕訢等奏准在北京设立同文馆，附属于总理衙门。该馆为培养翻译人员的“洋务学堂”，最初只设英文、法文、俄文三班，后陆续增加德文、日文及天文、算学等班。招生对象开始限于十四岁以下八旗子弟，以后兼收年岁较长的满汉科举出身人员。学习期限初定三年毕业，自光绪二年（1876）后改为两种：由外文而及天文、化学、测地诸学者，八年毕业；年岁稍长，仅借译本而求诸学者，五年毕业。课程设置最初只有英、法、俄、汉文，同治六年后增设算学、化学、万国公法、医学生理、天文、物理、外国史地等。除汉文外其它课程多由外国人担任教习。其经费、人事等权基本控制在总税务司赫德手中。同治八年，赫德提名美国传教士丁韪良担任同文馆总教习，总管校务近三十年。光绪二十七年（1902）并入京师大学堂。

同治元年（1862）六月，浙江巡抚左宗棠与驻宁波的法军舰队司令勒伯勒东、宁波海关税务司法国人日意格等相互勾结，募集中国士兵约千人，以洋枪洋炮进行装备，聘用法国军官教练，在宁波组建一支军队，号称“常捷军”，也称“花头勇”、“花勇”、“黄勇”、“信义军”、“中法混合军”等。由勒伯勒东亲自担任统领，日意格任帮统，宁波善后局供给军饷，配合清军与太平军作战。后逐渐扩充，最多时达到三千余人，一般维持在一千五百人左右。曾参与攻占余姚、奉化、上虞等地。该年年底，勒伯勒东及其继任者买忒勒在绍兴相继受伤毙命，改由德克碑统带，参与攻占绍兴、富阳、杭州、湖州等地。同治三年九月十五日解散。

同治元年（1862），五月初，湘军大举进犯天京。江苏布政使曾国荃率陆师两万进驻雨花台，兵部侍郎彭玉麟率水师进泊护城河口，形成对天京的包围。洪秀全急诏东线忠王李秀成率部驰援。此时李秀成正在全力经营苏南地区，不愿立即回师西向，经洪秀全再三严令催逼，才于该年八月分三路回援天京：李秀成与李世贤率主力进攻围京敌军，陈坤书领兵攻取芜湖金柱关断敌粮道，杨辅清、黄文金等进攻宁国牵制敌援。闰八月二十日，李秀成率部向雨花台湘军发起进攻。激战四十五天，湘军伤亡数千，曾国荃面部受伤，几乎丧命，曾国藩哀叹“心已用烂，胆已惊破”。但太平军陈坤书部为彭玉麟水师所败，未能断敌粮道，湘军水陆配合，拼命抵抗，饷械兵员不断得到补充。而李秀成二十万大军既缺冬衣，复少军粮，将士饥寒，各部将领又不能同心协力，遂于十月初五日停攻撤兵。虽然暂时缓解了天京危局，却未能抓住战机，消灭湘军主力，天京仍处于清军包围之中。

同治元年（1862）三月，太平天国在浙江宁波设立海关。先是，咸丰十一年（1861）十一月，太平军攻克宁波，原清朝海关即行关闭。太平军宣布三个月内不收关税。次年三月，太平天国于甬江之东设立海关，称“天宁关”，公布税则，发给执照，开始征税。以太平军将领潘起亮为海关监督。除天宁关外，在天京下关一带还设有“天海关”，由天京直辖，以太平军将领梁凤超负责该关事务。除征税外，一些外事活动也通过天海关进行。

同治元年（1862）二月十六日，清政府将原由美国化华尔统带的“洋枪队”改名“常胜军”，以苏松太道吴煦为督带，记名道杨坊与华尔为管带。外国人称之为“松江军”或“昆山军”。不久，“常胜军”扩充至四千五百多人，由外国军官教练，以洋枪洋炮装备，在上海附近及浙江宁波、余姚等地进攻太平军。是年八月，华尔在浙江慈溪县城被太平军击伤毙命，改由副领队美国人白齐文继任。十二月，白齐文因索饷事被革职，暂由参谋长英国人奥伦暂代。次年一月，英军工兵队指挥官戈登被任命为统带，继续与太平军为敌。全军分五、六个步兵团、四个攻城炮队、两个阵地炮队、一个舰队，共三千余人。同治三年四月十六日在昆山解散。

同治元年（1862）二月初四日，清政府被迫与沙俄签订中俄《陆路通商章程》。主要内容包括：俄国商人在中国边界百里之内进行贸易概不纳税；“小本营生”之俄商，可在蒙古各地任意贸易，概免纳税；经陆路运至天津的俄国货物，其应纳进口正税“照各国税则三分减一”；运往天津、通州（今北京通县）之俄国货物经张家口时，可酌留十分之二在当地销售，免纳子口税，正税同样三分减一；俄商自张家口贩运土货回国，只纳子口税百分之二点五，免纳出口正税。该章程的签订，开了陆路通商减税之恶例，使中国在税收方面遭受严重损失，并为沙俄侵略者对我国西北、蒙古及东北地区进行政治、经济和文化渗透创造了条件。

同治元年（1862）正月，太平军扶王陈得才、遵王赖文光、启王梁成富、祜王蓝成春等奉英王陈玉成之命远征西北，“广招兵马”。三月十九日，陈得才等攻入陕西，四月进逼西安。旋闻安徽战事不利，乃自西安东向，攻克华州，出潼关，拟打通豫、陕通道，联络捻军回救陈玉成。陈玉成遇难后，陈得才等率部转战于河南唐县、南阳及湖北枣阳、随州（今随县）一带。十月，陈得才等进攻湖北郧阳，沿汉水而上，于同治二年八月进占陕西汉中。同治三年初，陈得才等分三路东援天京，未至而天京陷落，遂留安徽一带与清军作战。十一月，陈得才等在安徽霍山黑石渡为清军僧格林沁部所败，部下马融和部七万余人降敌，祜王蓝成春被叛徒出卖遇难，陈得才服毒自尽。余部由遵王赖文光等率领与捻军合并，继续坚持抗清斗争。

同治元年（1862）正月，李鸿章练成淮军。先是，咸丰三年（1853）正月太平军攻入安徽时，安徽团练大臣吕贤基奏调编修李鸿章襄办军务，在安徽办理团练。是年十月，吕贤基被太平军击毙，李鸿章也多次败北，遂于咸丰八年冬投入曾国藩幕府。咸丰十一年冬，李鸿章在曾国藩保荐下赴淮南募集当地刘铭传、潘鼎新、张树声、周盛波、吴长庆军部地主团练武装编练淮勇。次年正月练成，由李鸿章率领开到安庆，与原湘军程学启、郭松林部合并，号称淮军，约七千人，其编制、营规皆与湘军同。三月，李鸿章率淮军由安庆乘英国轮船开赴上海，置大营于近郊新桥，勾结英法干涉军、华尔洋枪队在奉贤、松江、青浦一带抗拒太平军，并采取“剿抚兼施”策略向太平天国苏南地区反扑。十二月，李鸿章招降常熟、昭文、太仓一带太平军守将，会同“常胜军”攻陷太仓、昆山等地。同治二年十月攻陷苏州、无锡。次年二月夺取浙江嘉兴，四月攻陷江苏常州、丹阳。六月天京陷落后，李鸿章率淮军配合湘军攻取浙江湖州，继赴安徽、江西、福建等地镇压太平军余部。在镇压太平天国过程中，李鸿章大量购置洋枪洋炮，雇用外国军官装备、训练淮军，逐渐扩充至六、七万人。同治五年至同治七年，李鸿章率淮军在山东、河南、湖北、江苏和直隶地区镇压了东、西捻军。同治十一年李鸿章任直隶总督后，先后抽调淮军军官赴德国学习，并在天津设立水师学堂、北洋武备学堂，培养淮系将领，使淮军成为中国第一支新式装备的武装力量，并形成了在清末政治生活中占重要地位的淮系政治集团。光绪十年（1884），淮军将领张树声、潘鼎新等在中法战争中兵败被革职，光绪二十年中日战争中，淮系将领丁汝昌指挥的北洋海军和叶志超、卫汝贵等部淮军均遭惨败，淮军势力渐衰，其地位逐渐由袁世凯新式陆军所代替。