同治元年（1862）正月初十日，慈禧太后那拉氏以同治帝名义发布上谕，正式宣布了清廷“借师助剿”的决策。早在咸丰二年（1852）太平军进攻楚南时，就有人提出请洋人派“火轮船入江助剿”的建议，因两江总督沿江阅兵而中止。次年太平军兵临南京，上海道吴健彰奉巡抚杨文定之命，向上海美、英、法领事乞援，要求外国兵船开入长江，帮助清军驻守南京。其时外国侵略者因尚未摸清太平军虚实，不愿冒然表态，是以未曾答应。第二次鸦片战争前，美国在英、法支持下，曾以“助顺剿逆”为条件，向清廷提出修约要求，战争结束后，各国侵略者再次向清廷明确表示愿意助其镇压太平天国革命。咸丰十年九月，《北京条约》刚一签字，法使葛罗即向恭亲王奕訢表示，法国所有船只兵丁愿悉听调遣，帮助清廷“攻剿发逆”。俄使伊格纳切夫也提出愿为清军“教铸枪炮”，并派兵镇压太平军。咸丰十一年（1861），英、美两国也先后提出愿助清廷“压平内乱”。对此，清廷中许多实力派大臣极表赞赏。奕訢、曾国藩、薛焕等相继向朝廷建议“借师助剿”。是年十一月，太平军攻克宁波、杭州，十二月再次进攻上海，终于使清廷下了最后的，作出“借师助剿”的决策。从此，中外反动派公开勾结在一起，对太平天国革命进行残酷镇压。

同治元年至十二年（1862－1873），西北陕、甘、宁、青广大地区活跃着许多支回民反清起义军。同治元年三月，太平军西征部队进入陕西，各地回民纷纷起义响应。十九日，伊斯兰教阿訇任武聚众起义于渭南，与洪兴同被推举为元帅。任武曾参加过咸丰七年至八年（1857－1858）云南回民起义，回陕西后，藏匿于渭南仓渡镇清真寺，秘密发动群众，制造军机旗帜，准备武装起义。同治元年春，陕西团练大臣张芾强迫回民抽拔壮勇，又在华州虐杀回民，任武遂率领渭南回民杀张芾，攻克华州等地，围攻西安，占领渭河流域，屡败清军。后由于西安、大荔一带数十县汉、回群众相互仇杀。死亡达数十万人，削弱了反清力量。同治二年初，清廷以多隆阿为钦差大臣，西上攻回，相继攻陷回民军后方基地羌白旗、王阁村等地，并借口“护汉”，在史家河一带屠杀回民，使六十里内尽成白地。任武等于同治三年率部退往甘肃。其时，甘肃、宁夏、青海广大地区回民也纷纷起义，并逐渐形成四支主要力量；以马占鳌为首的起义军活动于甘肃南部；以马化龙为首的起义军活动于宁夏南部；以马文义为首的起义军活动于青海东部；以马文禄为首的起义军活动于甘肃西部。其中以马化龙部力量最强，成为整个西北回民起义军的中坚。同治七年，左宗棠以钦差大臣身份西上攻回，在陕甘交界处招降了以董福祥为首的散兵游勇，成为回民军凶恶的敌人。同治十年左宗棠攻占回民军马化龙部活动中心金积堡，次年又在太子寺击败甘肃南部回民军，并打败了青海回民军马文义部，占领西宁。同治十二年，甘肃西部回民首领马文禄向清军投降后被杀，白彦虎率部逃往新疆，清军占领肃州。至此，坚持十二年之久的西北回民起义全部失败。

同治元年（1862），总税务司英国人李泰国受清政府委托，在英国购买兵船七艘，并私自召募六百余名水手、军官，与英国海军上校阿思本订立协议，由阿思本统领助攻太平军。规定该舰队除清朝皇帝的命令外不受任何人指挥（皇帝命令也需李泰国付署才能生效）。同治二年八月，阿思本率舰队开到上海。清政府命总兵蔡国祥为舰队总统，以阿思本为帮统，负责实际指挥，归曾国藩、李鸿章等节制调遣。阿思本以清政府之决定与原协议不合而不满，曾国藩等也因指挥不动而反对，双方争执不决，并引起美、法、俄等国公使不满。曾国藩建议“将此船分赏各国，不索原价”，清政府遂赏阿思本白银一万两，令其将舰队开回英国变卖，舰队成员就地遣散。后因卖价尚不足遣散费，只得另行拔款添补。是为清廷建立海军的第一次尝试。

同治元年（1862）五月初八日，太平天国英王陈玉成在河南延津为清军所杀，年仅二十六负。陈玉成原名丕成，广西藤县人。自幼父母双亡，十四岁时随叔父陈承镕参加金田起义，为太平军童子兵。咸丰三年（1853）太平天国定都天京，陈玉成被任命为左四军正典圣粮，职同监军。次年随韦俊西征，三月与曾天养等攻占湖北云梦、应城，五月率突击队奇袭武昌成功，升殿右三十检点。咸丰五年随秦日纲、韦俊等再取武昌，随后转战于湖北、安徽等地，屡建战功，升冬官正丞相。咸丰六年春，随秦日纲援镇江。时清军围城数重，内外信息难通，陈玉成亲率壮士数人乘小船冲破清军封锁，进入镇江，与守将吴如孝约定内外夹攻之计，大败清军，镇江之围遂解。随即渡江破江北大营，克扬州、浦口、仪征。五月，参加破江南大营之役，负伤。咸丰七年封成天豫、又正掌率、前军主将，与李秀成部在浦口摧毁江北大营，十月在三河全歼湘军精锐李续宾部，稳定了上游局势。次年五月封英王。咸丰十年闰三月，陈玉成与李秀成、李世贤、杨辅清、刘官芳等五路大军共破江南大营，解天营之围，为进攻江、浙扫清了道路。咸丰十一年西征湖北，被英领事劝阻未攻武昌，回师救安庆，接连失利。八月安庆陷落，陈玉成坐镇庐州（今合肥），派部将陈得才、赖文光等去河南、陕西招兵，力图恢复上游。同治元年四月因庐州被困，率部突围，北往寿州，为叛徒苗沛霖诱捕，送至颍州（今阜阳）胜保大营。在解往北京途中遇害。留有经敌删改的笔录供词（即《英王陈玉成自述》）。

同治二年至同治三年（1863——1864），清政府为培养洋务人才，先后在上海、广州设立“广方言馆”。同治二年，清廷批准江苏巡抚李鸿章奏，仿北京同文馆例，在上海设立外国语言文字学馆，称“广方言馆”，也称“上海同文馆”，招收十四岁以下文童入馆，学习外国语文和自然科学知识。先设英文、法文两班，后增设日文、俄文班，三年毕业。经费由江海关支拔。同治八年并入江南制造局。光绪三十一年（1905）改为兵工中学堂。同治三年，广州将军瑞麟、两广总督毛鸿宾仿照上海例，亦奏清廷在广州设立“广方言馆”，又称“广州同文馆”，招收十四岁至二十岁的满、汉学生及二十岁以上科举出身的学员。先设英文班，后增设法、德文班。三年毕业。派充各衙门翻译，经费由粤海关支拔。

同治二年（1863）十月初五日，总理衙门以原总税务司英国人李泰国在“阿思本舰队事件”中办事不力，将其革退，改派另一名英国人赫德继任总税务司。赫德出生于爱尔兰亚尔马郡波达当。1853年毕业于伯尔福斯皇后学院，次年（咸丰四）来到香港，任职于英国商务监督公署。咸丰五年任宁波副领事助理。咸丰八年调广州领事馆助理，并出任英法联军在广州建立的侵略机构“三人委员会”秘书。咸丰九年任广州海关副税务司，咸丰十一年代理总税务司。自同治二年至宣统三年（1911）去世，担任清政府总税务司达四十八年之久。赫德在中国制定并推行了一整套半殖民的海关制度，长期掌握着中国海关的行政和人事大权，控制着清王朝的财政命脉，还直接参与清朝的外交事务，干涉中国内政。他长期受到清政府及李鸿章等人的信任，光绪三十四年请假回国时，清政府特为其加尚书衔。是英国侵华势力的主要代表人物之一。

同治二年（1863）五月，石达开在成都被四川总督骆秉章杀害，终年仅三十二岁。石达开，广西贵县人，客家地主出身。因受土著地主排挤，于道光二十九年（1849）加入拜上帝会，与洪秀全等结成异姓兄弟，称天父第七子。金田起义后，受封左军主将、翼王五千岁，参与指挥攻克武昌、九江、安庆，占领南京等战役。咸丰七年（1857）他负气离天京出走后，率军转战浙江、福建、江西、湖南等地，屡遭失利，遂于咸丰九年回到广西家乡，幻想隐居山林。部将彭大顺、朱衣点、吉庆元等率领二十万大军离他而去，重返太平天国，石达开只得重聚数万人，于同治元年正月向四川进发。同治二年三月，石达开率部转战至四川紫打地（今安顺场附近），为大渡河所阻。清军勾结当地土千户王应元、土司岭承恩等步步紧逼。石达开走投无路，辎重尽失，妻儿七人投河自尽，乃致书四川总督骆秉章，表示愿以一身换取全军将士免遭屠戮。四月二十七日，自率幼子石定忠及亲信数人至洗马姑清军总兵唐友耕营投案，随即被解任成都。五月初十日受刑而死，所部将士均被清军施计杀害。

同治二年（1863）四月二十四日，沙俄侵略者二百余人携带枪炮闯入中国西北边疆博罗胡吉尔卡伦，被中国军队阻止后退回。二十六日，沙俄侵略者再次以一个步兵连、一个哥萨克炮兵排进犯博罗胡吉尔卡伦，并炮击中国边防哨所。守卡清军对入侵者进行了坚决抵抗。他们采取诱敌深入的办法，伏兵于敌军即将经过的山谷两侧山梁上，待沙俄侵略者进入山谷后，突然万箭齐发，当场击毙敌部队长安东诺夫中尉，其余或伤或逃。五月十九日，沙俄侵略军在列尔赫中校率领下又一次来犯，再次遭到守卡清军的坚决抗击。双方激战数小时，终于迫使侵略者退出卡伦。六月中旬，沙俄侵略军接连三次向博罗胡吉尔卡伦大举进犯，均被清军击退。清军总计歼敌一百余人，缴获大炮、炸弹等武器多件。

同治三年（1864），曾国藩在攻陷南京后，创办金陵书局，后改为南京官书局，专司官府刻书事务，从而改变了以往官府刻书多由州县学宫或官办书院负责的状况。继金陵书局创办之后，各地方官办书局纷纷设立，较为著名的有：杭州浙江书局、武昌湖北官书局（即崇文书局）、长沙湖南书局、南昌江西书局、成都存古书局、济南皇华书局、太原山西官书局、广州广雅书局、昆明云南书局以及福州书局等。各书局皆由地方官府主办，以雕版印刷为主要方法，所刻之书，大多为传统的经、史、子、集类书籍。清朝统治者之所以于此时热心刊印古书，目的是为了尽量掩饰其在镇压太平天国起义过程中暴露出来的腐朽、凶残的面目，以宏扬传统儒术来笼络士人，维持其摇摇欲坠的封建统治。但大量古代典籍的重新刊刻，也使因长期战乱而遭到严重破坏的中国传统文化得到保护。如金陵书局初创时，首先刊刻了清初著名思想家王夫之的《船山遗书》五十八种二百九十六卷，对保存王夫之著作、为后人提供研究王氏学说的完整资料起了积极的作用。

同治三年（1864）十月二十日，太平天国幼天王洪天贵福在南昌被凌迟处死，年仅十五岁。幼天王为洪秀全长子，初名天贵，后加福字。从小诵习拜上帝会经籍。自咸丰十年（1860）起以幼主名义发布诏旨。同治元年五月初三日即位。天京陷落后，幼天王由忠王李秀成等护送，于六月十七日逃出，二十一日到安徽广德，二十六日由堵王黄文金迎入湖州。拟往江西会合李世贤、汪海洋等，遂于十月复回广德。月底，太平军次蔡元隆降清，黄文金等奉幼天王转战皖浙边境一带。八月黄文金病逝，余部进入江西。九月二十五日，幼天王在江西石城荒山之中被清军俘获，十月二十日在南昌被害。