咸丰十一年（1861）十一月，曾国藩在安庆设立安庆内军械所，也称内军械所，制造火药、子弹、炸炮等，用于镇压太平天国革命。是为中国最早的官办制造近代武器装备的军事工厂。厂内“全用汉人，未雇洋匠”，规模较小，以手工制造为主。同治元年（1862），著名科学家徐寿、徐建寅父子与华蘅芳、华世芳兄弟等人一起，在安庆内军械所试造蒸汽舰船，经过数年努力，首先制成我国第一台蒸汽机。并在此基础上于同治四年造成我国自行制造的第一艘蒸汽轮船，命名为“黄鹄”号。同治三年清军攻陷南京后，内军械所由安庆迁至南京，次年改建为金陵机器制造局。

咸丰十一年九月三十日，太后那拉氏与恭亲王奕訢等联合发动政变，逮捕了护送咸丰帝灵柩于密云途中的“赞襄政务王大臣”肃顺，于十月初六日绑缚菜市口斩首示众，终年四十五岁。肃顺字雨亭，一字豫庭，清朝宗室，郑亲王端华之弟。咸丰初以敢于任事渐受重用，官至御前大臣、协办大学士户部尚书。主张重用曾国藩、胡林翼、左宗棠等汉族官僚镇压太平天国。第二次鸦片战争期间，对前大学士耆英参与议和深恶痛绝，具疏请予正法。后与俄国公使伊格纳切夫谈判，严词拒绝沙俄对我国乌苏里江以东的侵略要求。在咸丰帝的支持下，肃顺大力整顿吏治，惩办贪污。戊午科场案，力主将主考官、大学士柏葰斩首，以振纲纪；又疏劾户部宝钞处与官票所官吏和不法商人因缘为奸，交通舞弊，籍没官吏、商人数十家。由于肃顺办事不讲情面，且恃宠而骄，目无余子，所以引起朝内外一些人的嫉恨。咸丰十年，英法联军进逼北京，肃顺随咸丰帝逃到承德避暑山庄，并于咸丰帝临死前受命为赞襄政务王大臣。对那拉氏的争权夺势，肃顺与其它顾命大臣一起进行了坚决反击，以致双方矛盾日趋尖锐，终于酿成“辛酉政变”，肃顺被杀。

咸丰十一年（1861）九月三十日，太后那拉氏与恭亲王奕訢等在北京发动政变，从肃顺等“赞襄政务八大臣”手中夺取了朝政大权。载淳即位后，其生母慈禧太后那拉氏对辅政八大臣不甘雌服，遂联合慈安太后钮祜禄氏与肃顺等八大臣争权，并暗中与在京的恭亲王奕訢等进联系。八月初，奕訢在与外国侵略者取得默契后，以奔丧为名，赶至承德避暑山庄，与那拉氏等密商后返京进行政变布置。九月二十三日，咸丰帝灵柩自承德起运回京。那拉氏故意让肃顺负责护送，自己同钮祜禄氏及小皇帝由其他七大臣等扈从先行回京。二十九日，那拉氏等到京，于当日召见奕訢，次日发动政变，将载垣、端华等革职拿问，同时派人逮捕了尚在密云途中的肃顺。十月初一日，封奕訢为议政王，在军机处行走。初五日改祺祥年号为同治。初六日命将载垣、端华赐自尽，肃顺斩首示众，景寿等五人或革职或遣戍。十一月初一日，那拉氏与钮祜禄氏在养心殿正式垂帘听政。由于钮祜禄氏性情“和易少思虑”，不愿多问朝政，朝廷大权遂落入那拉氏一人之手，从此直到光绪三十四年（1908）去世，她掌握清朝最高权力达四十余年。

咸丰十一年（1861）八月初六日，御史董元醇上疏朝廷，以皇帝年幼为理由，请求由皇太后暂时权理朝政。奏折中说：“虽我朝向无太后垂帘之仪，而审时度势，不得不为此通权达变之举”。遂引起清廷内部一场“垂帘之争”。先是，咸丰帝死后，六岁的载淳即皇帝位，大权掌握在咸丰帝生前任命的“赞襄政务王大臣”手中。载淳生母、野心勃勃的慈禧太后那拉氏不甘心受人摆布，企图效法古人，垂帘听政。一些朝臣也想借机捞取政治资本，董元醇上奏不久，内阁学士、兵部侍郎胜保，山东巡抚谭廷襄等故意违反清朝祖制，以黄折向皇太后请安，表示对垂帘之议的支持。对此，肃顺等八大臣立即进行反击。他们以小皇帝名义发出上谕，斥责胜保等违背朝廷体制，交部议处，并通令各级官员，今后不准向两宫太后请安。董元醇上奏的第二天，那拉氏召见八大臣，他他们照董元醇所奏传旨实行，肃顺等“勃然抗论”，并声称自己“系赞襄皇上，不能听太后之命”。双方争论激烈，以至吓得小皇帝啼哭不止，“遗溺后衣”。最后，肃顺等以祖制无垂帘之礼为辞，驳回董氏建议。表面上，“垂帘之争”以八大臣暂时胜利告一段落，但那拉氏并未甘心，暗中勾结恭亲王奕訢等，加紧作政变准备。

咸丰十一年（1861）七月十七日，咸丰帝死于承德避暑山庄。咸丰帝死后，载淳即位，以明年为祺祥元年。尊其嫡母、咸丰帝皇后钮祜禄氏为皇太后，称“母后皇太后”；尊其生母、咸丰帝懿贵妃叶赫那拉氏为皇太后，称“圣母皇太后”。九月二十九日回到北京。次日发生北京政变。十月初九日，载淳在北京举行登极大典，正式即皇帝位。废除原襄政务八大臣所定祺祥年号，改明年为同治元年。

咸丰十一年（1861）七月十七日，咸丰帝在承德避暑山庄病逝，终年三十岁。上年英法联军进逼北京，咸丰帝逃到承德以后，不久即患病。咸丰十一年七月十六日咸丰帝口授遗诏，立其年方六岁的儿子载淳为皇太子，继承皇位，同时任命怡亲王载垣、郑亲王瑞华、协办大学士户部尚书肃顺、额驸景泰，以至军机大臣穆荫、匡源、杜翰、焦佑瀛等八人为“赞襄政务王大臣”，要他们辅弼幼主，掌管朝政。次日，咸丰帝病死于避暑山庄。十一月，定谥号为“显皇帝”，庙号“文宗”。

咸丰十一年（1861），冯桂芬在《校邠庐抗议》一文中提出：“以中国之伦常名教为原本，辅以诸国富强之术”，最早道出了以学习西方近代科学技术和政治、法律、文化、教育等方面的某些具体办法，来维护中国传统的封建统治秩序为宗旨的所谓“中体西用”的主张。以后，凡谈“西学”者大都采取类似说法。光绪二十二年（1896），孙家鼐在《议复开办京师大学堂折》中进一步明确提出：“自应以中学为主，西学为辅；中学为体，西学为用”。光绪二十四年，张之洞发表《劝学篇》，鼓吹“旧学为体，西学为用”；“中学治身心，西学应世事”，对这一主张作了系统的阐发。在洋务运动中，洋务派将其付诸实践，并以此作为洋务运动的指导思想，在中国近代政治思想史上产生过较大影响。

咸丰十一年（1861）八月二十六日，胡林翼在武昌呕血而死，终年四十九岁。胡林翼字（贝见）生，号润芝，湖南益阳人，道光十六年（1836）进士，授编修。道光二十八年（1848）署贵州安顺知府，道光三十年署镇远知府。两任内先后镇压当地苗民、瑶民及会党起义多起。咸丰元年（1851）补黎平知府，推行保甲、团练，对抗农民起义。咸丰四年擢贵东道，奉命率贵州团练三百余人到湖北抗击太平军，寻赴湖南助曾国藩练湘军，镇压安化农民起义，授四川按察使（未到任），旋调湖北按察使。年底随曾国藩进犯九江、湖口，受挫。调湖北布政使，率部援武汉，署湖北巡抚。咸丰六年十一月，率部攻陷武昌，实受湖北巡抚，赏头品顶戴。咸丰七年以后，继续与湘军配合，在安徽、九江、湖北等地镇压太平军。咸丰八年陷九江。次年，策划分兵四路进犯安徽，移师太湖，配合曾国藩攻安庆。咸丰十一年八月初一日清军攻陷安庆，晋太子太保。八月二十六日在武昌病死。其著作辑为《胡文忠公遗集》。

咸丰十一年初（1861），广西农民起义领袖吴凌云在太平府自称延陵王，建立农民政权延陵国。先是，咸丰二年夏，广西天地会首领吴凌云率领壮族、汉族农民在广西太平府新宁州陇罗圩发动起义，当地各族人民纷纷响应，起义队伍迅速扩大，咸丰七年，攻入新宁州城。咸丰十年，起义军先后攻克养利、太平、龙州等地，控制了左、右江大部地区。吴凌云以长子吴亚终守太平、次子吴朱守养利，自己于次年初在太平府称王，修筑宫室、蓄发易服，铸“延陵玉玺”，分封部下梁国桢、梁谦之等数十人官职有差，正式建立农民政权延陵国。同治元年（1862），清军攻陷太平府，吴凌云率起义军撤至陇罗圩。次年初，清军围陇罗圩，昼夜猛攻。吴凌云率众突围时不幸牺牲。余部在刘永福等率领下继续坚持斗争。

同治元年（1862），江苏巡抚李鸿章委派英国人马格里在松江城外开办上海洋炮局。不久发展为马格里和刘佑禹、韩殿甲、丁日昌等分别主持的三个洋炮局。其中马格里洋炮局已利用蒸汽机进行生产，聘用外国工匠四、五名，每月可制造大小炸弹四千余枚，还曾制造出几种迫击炮。同治二年，洋炮局迁往苏州，改称苏州洋炮局。又从遣退的阿思本舰队购买了一批制造军火的机器，使生产能力大为提高，每周可生产各种子弹、炸弹一千五百至二千枚，主要用于装备淮军，镇压太平天国革命。