洪武三年（1370）六月二十四日，监察御史郑沂建言：京师为天下根本，四方瞻仰，爵位之设，当使内尊而外卑，内重而外轻。今南京、北京知府与在外散知府同称，甚失内外之统。宜改应天知府为南京尹，则国体尊而爵位适当。八月初十日，朱元璋令改应天知府为府尹，秩正三品，赐银印，设府丞、治中各一人，通判二人。以兰以权为府尹。

洪武三年（1370）四月三日，朱元璋以封建诸皇子为王告太庙。七日，正式册封，诏告天下。诏书说；我惟帝王之子居嫡长者，必正储位，其余诸子当封以王爵，分茅胙土，以藩屏国家。我今有子十人，即位之初，已立长子标为皇太子。诸子之封，本待报赏功臣之后。然尊卑之分，所宜早定。乃以四月七日封第二予樉为秦王，第三子棡为晋王，第四子棣为燕王，第五子捕为吴王，第六子桢为楚王，第七子榑为齐王，第八子梓为潭王，第九子杞为赵王，第十子檀为鲁王，从孙守谦为靖江王。皆授以册宝，设置相府官属及诸礼仪已有定制。”又说：奉天平乱，实为生民，法古建邦，用臻至治。故兹诏示，咸使闻知。洪武十一年正月初一日，封第十一子椿为蜀王，第十二子柏为湘王，第十三子桂为豫王（二十五年改封代王），第十四子（木英）为汉王（二十五年改为肃王），第十五子植为卫王（二十五年改为辽王）。改封吴王（木肃）为周王。同年三月初十日，秦王樉之国西安，晋王相之国太原。秦王护卫军士三千七百四十八人，晋王三千二百八十一人。十三年三月十一日，燕王之国北平，赐燕山中、左二护卫、侍从将士五千七百七十人。洪武十四年十月周王之国开封。洪武十五年十月齐王搏之国青州。洪武十八年十月鲁王檀、湘王柏分别就藩兖州、荆州；十二月潭王梓就藩长沙。洪武二十三年正月，蜀王椿就藩成都。洪武二十四年四月十四日，封第十六子（木旃）藩为庆王，第十七子权为宁王，第十八子楩为岷王，第十九子橞为谷王，第二十子松为韩王，第二十一子模为沈王，第二十二子楹为安王，第二十三子桱为唐王，第二十四子栋为郢王，第二十五于（木彝）为伊王。洪武二十五年闰十二月，代王桂就藩大同。洪武二十六年正月十五月，肃王（木英）就藩广宁，暂住平凉（二十八年就藩甘州）。辽王植就藩，暂住大凌河北。庆王（木旃）就藩，暂住庆陌北古韦州城（三十年建邸宁夏）。宁王权就藩大宁。

洪武四年（1371）六月二十七日，徐达驻师北平，以沙漠既平，徙北平山后民三万五千八百户、一十九万七千零二十七口，散处卫府。籍为军的给以粮；籍为民的给田以耕。又以沙漠遗民三万二千八百六十户，屯田北平管内之地，置屯二百五十四处，开田一千三百四十三顷。

因故元丞相咬住、太尉乃儿不花、知院阿鲁帖木儿等将为边患。洪武二十三年 （1390）正月初三日，朱元璋命晋王棡、燕王棣北征。并授傅友德为征虏前将军，赵庸、曹兴为左、右副将军，王弼、孙恪为左、右参将，赴北平训练兵马，听燕王朱棣节制。其时，王弼已先在山西练兵，因敕听晋王棡节制。同月二十七日，朱元璋遣使敕谕咬住等，令其归降。三月初二日，燕王率师出古北口，谕诸将说：“虏地旷绝，我千里行师，无间谍难以成功。”便发骑侦虏屯伊都，冒雪抵其营，诸将欲止，燕王不许。因在此之前借指挥观童与乃儿不花的旧交，遣其往招。二十九日，燕王率军至其营，大军压境，乃儿不花与咬住投降。收其部卒数万、畜产数十万而归。而晋王棡出塞，不见敌而还。

其初，太仆寺掌养马之政，各行省设群牧监隶其下。洪武十八年（1385）罢群牧监，以其马归有司牧养。朱元璋虑西北边卫所畜马甚蕃息，而禁防疏阔，于洪武三十年（1397）正月十四日，令在山西、北平、陕西、甘肃、辽东置行太仆寺，以掌马政。行太仆寺设少卿及丞，择致仕指挥、千户、百户充任。每寺设首领官一人，吏三人。

明燕王朱棣以“靖难”为名而发动的夺位战争。太祖朱元璋为屏藩帝室,将诸子分封为王,镇守要害之地。各王拥有三护卫,甲士三千人至一万九千人不等。镇守北方边塞的诸王因参与对蒙古的用兵,有权节制诸军,势力渐强。皇太孙朱允炆即帝位,以诸叔尾大不掉,用齐泰、黄子澄计,先后削废周、齐、湘、代、岷五王,进而谋废燕王,为其所觉。建文元年(1399),燕王以讨奸臣齐泰等为名,于北平(今北京)起兵,号称“靖难”。袭击大宁,尽得宁王朱权所辖边兵。先后与官军在真定(今河北正定)、河间、济南、东昌(今山东聊城)等地发生激战。燕军虽得地,但旋得旋弃,战死者甚多,官军则军源颇盛,时时告捷。而宫中内臣不得意者,密谋拥戴燕王,告以京师空虚。燕王乃决计乘间疾进,逾城不取,直趋京师。建文四年,燕军先后在灵璧(今属安徽)等地大败官军,六月,渡江,下镇江,直逼京师,守军迎降。宫中起火,建文帝下落不明。燕王即位,是为成祖。成祖夺位后杀戮建文遗臣甚多,是年为壬午年,故史称“壬午之难”。（来源：中国历史大辞典·下卷， 2000-03）

明建文四年（1402）六月十七日，燕王朱棣即皇帝位，是为明成祖文皇帝。1402年六月，燕军进入南京城，靖难之役以燕王胜利而告终。第二天，被建文帝朱允炆削废的诸王便率文武群臣向朱棣上表劝进，朱棣开始表示不允，诸王与群臣便一连劝进数日。六月十七日，在编修杨劳的提示下，朱棣首先拜谒了明祖朱元璋的陵寝，而后诸王和文武百官备好法驾，奉上宝玺，迎立于道，高呼万岁。到这时，朱棣才升辇入宫，在奉天殿接受了以兵部尚书茹瑺为首的群臣朝贺，正式即皇帝位，改元永乐。七月一日，朱棣在南郊大祀天地后，回到奉天殿，诏令次年（1403）为永乐元年。建文帝所改易的祖宗成法都要革除，一切恢复旧制。七月三日，又诏令将建文时更定的官制改回洪武旧制。九月四日及第二年（1403）五月，朱棣册立妃徐氏为皇后。明成祖在恢复诸王爵禄后暗中开始“削藩”。将边塞诸王迁回内地，减少诸王的撤护卫，同时收回诸王对将帅、卫所军的节制指挥权；重申不许诸王擅役军民吏士的禁令，不许过问地方事务；对犯有过失的诸王，先以书诫谕，继而示以惩罚，最后或废为庶人或加以惩治。这一“削藩”策略较建文帝更稳蔽，步骤实施也更从容，收到了削藩效果又不致酿成祸乱。永乐元年（1403）将北平改为北京，设北京行部诸衙门，将大宁都司徒至保定。

建文四年（1402）九月，朱棣命户部核查山西各地无田的民户徙实北平，各郡县仍按户给钞，以便购置耕牛、粮种和农具，五年以后开始征税。永乐元年（1403）八月，定罪囚谪佃北京条例，发流罪以下的囚犯开垦北京农田。同时，徙直隶、苏州等十郡、浙江等九省的富民至北京。在永乐二年、三年间，又分别徙山西万户农民至北京。经过几年的徙民，北京的人口大大增加了，为后来的营建宫殿和迁都北京创造了条件。

永乐元年（1403）正月十三日，朱棣大祀天地于南郊归来，文武群臣行庆成礼。这时，礼部尚书李至刚等人陈请改北平为北京，他们说：自昔帝王王，或起布衣，平定天下；或繇外藩，入承大统，而于肇迹之地，皆有升崇。切见北平布政司，实皇上承运龙兴之地，宜遵太祖高皇帝中都之制，立为京都。朱棣当即答允下来。二月初三日，设置了北京留守行后军都督府、北京行部、北京国子监。改北平府为顺天府，北平行太仆寺为北京行太仆寺。行都督府设置左右都督，都督同知、佥事无定员。行部设置尚书二人，侍郎四人，六曹吏户礼兵刑工郎中、员外郎、主事各一人。次日，遣命户部尚书郭资、刑部尚书雒佥为北京行部尚书。

永乐二年（1404）九月二十九日，徙山西太原、平阳、泽州、潞洲、沁州、汾州民一万户实北京。