光绪元年（1875），清廷命南洋大臣沈葆桢督办南洋海防事宜，筹建新式海军。光绪五年（1879），沈葆桢病死，筹办海军事务由北洋大臣李鸿章一手主持。光绪十年（1884）初具规模，有巡洋舰、炮舰等十七艘，多由江南制造局和福州船政局制造，也有购自外国（主要是英国）者。分驻江宁（今南京）、吴淞及浙江等地，负责东南海防。实力远在北洋之下。光绪二十一年（1895）甲午战败、北洋海军覆灭后，南洋海军部分舰船曾调防北洋。宣统元年（1909），清廷成立海军事务处，将南、北洋各兵舰改编为巡洋舰队和长江舰队。