光绪二年（1876），清廷派左宗棠为钦差大臣，率军讨伐阿古柏。三年，清军连克达坂城、吐鲁番、托克逊等城。阿古柏见大势已去，遂于四月初十日在库尔勒自杀。其次子海古拉运尸西去，行至库车，被兄长伯克胡里袭杀。伯克胡里抢走阿古柏尸体，退守喀什噶尔满城，阿古柏政权陷于一片混乱。