光绪二十四年（1898）正月，光绪皇帝根据御史王鹏运的建议，命军机大臣与总理衙门大臣会商开办京师大学堂事宜。四月二十三日，颁发“明定国是”诏，宣布变法维新。五月十五日，总理衙门奏上京师大学堂章程，京师大学堂正式成立。派吏部尚书孙家鼐为管学大臣，管理大学堂事务。张元济为总办（后由黄绍箕、余诚格继任），许景澄为总教习，美国人丁韪良为西文总教习。初以“广育人才，讲求时务”为宗旨，议设道学、政学、农学、工学、商学等十科。戊戌政变后，实际只办了诗、书、易、礼四堂及春秋两堂，学生不及百人，性质仍与旧时书院无异。光绪二十六年（1900）八国联军攻陷北京后停办。光绪二十八年（1902）复校，设预备科（政科、艺科）、速成科（仕学馆、师范馆）。次年增设医学馆、译学馆及进士馆。毕业生分别授给贡生、举人、进士头衔。宣统二年（1910），改设为经、法、文、格致、农、工、商七科。