光绪二十四年（1898）七月十四日，光绪帝下诏：裁撤詹事府，通政司、光禄寺、鸿胪寺、太常寺、太仆寺、大理寺等衙门；外省裁撤督抚同城之湖北、广东、云南三省巡抚及只管河南工之东河总督；同时，裁撤各省不办运务之粮道及仅管疏销之盐道等官。七月十六日又谕饬詹事府等已裁衙门一切事宜，归并六部。二十三日又发布“上谕”：原东河总督所管山东运河归山东巡抚兼管。戊戌政变后，八月十一日，清廷宣布：詹事府等衙门照常设立，“毋庸裁并”。湖北、广东、云南三省巡抚及东河总督等职亦于九月十八日宣布恢复。