光绪二十八年（1902）底，政务处督办大臣奕劻奏请在七部之外新增设商部，“以为振兴商务之地”。清政府允其所请。光绪二十九年（1903）七月十六日，商部正式成立。奕劻之子载振补授商部尚书，伍廷芳、陈璧补授左右侍郎，后又聘东南实业巨人张謇充当商部头等顾问。八月初六日，清政府命将全国路矿事务归商部办理。商部成立后，颁发了《商部章程》、《奖励公司章程》、《重订铁路简明章程》、《劝办商会简明章程》、《矿务暂行章程》、《公司注册试办章程》等一系列举办商务、奖励实业的章程。同时还奏请设立路矿农务工艺各项公司，通饬各级官吏及局卡委员，“一律认真恤商持平，力除留难延搁各项积弊，以顺商情而维财政。”商部还认为“商之本在工，工之本在农，非先振兴农务，则始基不立，工商亦无认为资。”遂提出清查地亩，辨别土宜以及兴修水利，发展畜牧，设立农务学堂与农事试验场等建议。