顺治二年（1645）三月，顺治帝宣布提高内三院的权任。他在给内外大小各衙门的谕旨中说：“其有与各部无涉或条陈政事，或外国机密，或奇特谋略，此等本章，俱赴内院转奏。”同时又提高内三院的地位，与六部同级。另外，又将翰林院合并于内三院，使其名上均加“翰林”二字。如：内国史院改为内翰林国史院，内秘书院改为内翰林秘书院，内弘文院改为内翰林弘文院。三院的大学士、学士等人数也有相应增加。顺治十五年七月，清朝参照明制，改内三院为内阁，大学士改加殿、阁衔，分称中和殿大学士、保和殿大学士、文华殿大学士、武英殿大学士、文渊阁大学士、东阁大学士。同时又怕阁权加重会影响皇权，降低了大学士的品级，原来合并于内三院的翰林院仍予恢复。