同治三年（1864）十月二十日，太平天国幼天王洪天贵福在南昌被凌迟处死，年仅十五岁。幼天王为洪秀全长子，初名天贵，后加福字。从小诵习拜上帝会经籍。自咸丰十年（1860）起以幼主名义发布诏旨。同治元年五月初三日即位。天京陷落后，幼天王由忠王李秀成等护送，于六月十七日逃出，二十一日到安徽广德，二十六日由堵王黄文金迎入湖州。拟往江西会合李世贤、汪海洋等，遂于十月复回广德。月底，太平军次蔡元隆降清，黄文金等奉幼天王转战皖浙边境一带。八月黄文金病逝，余部进入江西。九月二十五日，幼天王在江西石城荒山之中被清军俘获，十月二十日在南昌被害。

同治三年（1864）九月初七日，沙俄政府根据《中俄北京条约》中关于中俄西段边界的规定，强迫清钦差勘办西北界事宜大臣明谊等，与俄国钦差分界全权大臣扎哈罗夫及巴布科夫在塔尔巴哈台（今塔城）签订中俄《勘分西北界约记》，具体规划自沙宾达巴哈山口（今苏联境内）至浩罕边界的中俄西段边界，通过此约，沙俄将《北京条约》中定为界湖的伊塞克湖边划为俄国内湖，连同《中俄北京条约》，共割占中国西部部巴尔喀什湖以东、以南及斋桑淖尔南北地区四十四万多平方公里领土。

同治三年（1864）六月十六日，湘军攻陷天京。同治三年（1864）正月，李秀成率部进攻曾国荃大营失败，反被湘军攻陷天保城，进而逼向天京东北部太平门及神策门外，形成了对天京的合围，太平军粮源断绝。四月二十七日，洪秀全去世。五月初三日，洪秀全长子洪天贵福即位，为幼天王。月底，地保城也被湘军占领，湘军借居高临下之势日夜炮击天京，同时挖掘地道准备用炸药轰城。六月十六日，天京地墙被炸药轰塌20多丈，湘军蜂拥而入，天京失陷。李秀成、林绍璋等人拥幼天王突围出城。曾国荃指挥湘军对城中百姓进行了一场野蛮的大屠杀，“哀号之声达于四远”。六月十七日，幼天王洪天贵福逃出天京，九月二十五日，幼天王在江西石城荒山之中被清军俘获，十月二十日在南昌被害。太平天国起于广西，发展到江南；太平军西征胜利时，达到鼎盛。天京事变后，太平天国由盛转衰，陷入战略防守的被动局面。太平天国运动历时14年，南北驰骋10多个省，最后在中外反动派的联合绞杀下连连失利，终于败亡。

同治三年（1864）六月十六，湘军曾国荃部攻陷天京。先是，同治元年五月初，湘军围困天京。太平军多次试图解围皆未成功。苏州失陷后，李秀成建议洪秀全“让城别走”，遭到拒绝。同治三年正月，李秀成率部进攻曾国荃大营不利，反被湘军攻陷天保城，进逼天京东北部太平门及神策门外，天京合围，粮源断绝。四月二十七日，洪秀全去世。五月初三日，洪秀全长子洪天贵福即位，是为幼天王。月底，地保城亦为湘军占领，并借居高临下之势日夜炮击天京，且据地道以炸药轰城。此时城中太平军万余人，能作战者不足四千，面对湘军五万余众的日夜猛攻，拼死抵抗，先后击毙敌总兵三千，卒勇无数。六月十六日，天京城墙被炸药轰塌二十余丈，湘军蜂拥而入，城陷。太平军“无一降者，至聚众自焚而不悔”。李秀成、林绍璋等拥幼天王突围而走。曾国荃指挥湘军对城中百姓进行了一场野蛮的大屠杀，“哀号之声达于四远”。

同治三年（1864）四月二十七日，太平天国天王洪秀全病逝于天京，终年五十岁。洪秀全原名火秀，又名仁坤，广东花县人。七岁入塾读书，十六岁因家贫辍学，随父兄种田为生，十八岁任本村塾师。自道光八年（1828）起四赴广州府试皆不第。道光二十三年（1843），洪秀全从《劝世良言》一文中吸取基督教教义，创立拜上帝会。后又发动金田起义，建立太平天国，自称天王。定都天京后，洪秀全日渐泥于宗教，深居简出，奢侈享乐，疏于政事，且与掌握太平天国实际领导权的东王杨秀清矛盾日深。“天京事变”及石达开出走后，洪秀全选拔陈玉成、李秀成、杨浦清、李世贤等作为主要军事骨干，又于咸丰九年任命族弟洪仁玕为干王总理朝政，颇有振作气象，且取得一系列军事胜利。但清廷于第二次鸦片战争后，加紧勾结外国侵略者，对太平天国进行联合镇压，安庆、苏州、杭州等地相继失守，天京被围。洪秀全滥封王爵，迷信“天王”，拒不采纳“让城别走”的意见，困守孤城，终于在天京陷落前夕去世。

同治三年（1864）十月二十五日，太平天国干王洪仁玕在南昌被清廷所杀，终年四十二岁。洪仁玕，字益谦（一作谦益），号吉甫，广东花县人，洪秀全族弟。少应科举，累试不第，充乡塾教师。道光二十三年（1843）皈依拜上帝教，是为该教最早的教徒之一。次年洪秀全、冯云山出外传教，洪仁玕因家人反对，未能同行，赴清远任墪师数年。金田起义后，应召赴广西，因未能赶上太平军，返粤。咸丰二年（1852）至香港，结识瑞典传教士韩山文，详述拜上帝会成立经过，韩因以写成《太平天国起义记》。不久回省。咸丰三年再赴香港，受韩山文洗礼，并教书为业。咸丰四年至上海，谋往天京未果，仍回香港教书，且任伦敦布道会道师达四年之久。咸丰八年离港北上，次年春辗转至天京，不久封干王，总理太平天国朝政。因其居港前后六年，又在上海墨海书馆学习天文、历算约半年时间，对西方政治、经济、文化、思想等有较多了解，遂于咸丰九年写成《资政新篇》，经洪秀全批准于该年刊行。又奏改历法，确定“每四十年一斡旋”，继撰《颁新政喧谕》、《克敌诱惑论》、《兵要四则》等文，合刊为《干王洪宝制》。咸丰十年春，为解天京之围，献“围魏救赵”之计，太平军因以破江南大营。是年夏，太平军攻克苏州，洪仁玕函约上海英国传教士艾约瑟前来，与之讨论宗教问题，并邀美国传教士罗孝全至天京顾问宗教事务。咸丰十一年二月赴安徽、浙江等地催调太平军西征，四月会合催兵谋解天京之围，未果。天京陷落后，幼天王等逃到湖州，洪仁玕前来会合，谋入江西投侍王李世贤、康王汪海洋，不料李世贤等已去福建，遂护幼天王寻踪西行。九月至江西石城，全军败散，初九日被俘。十月二十五日在南昌从容就义。

同治三年（1864）七月初六日，曾国藩杀忠王李秀成于南京。李秀成，或作寿成，原名以文，广西藤县新旺村人，生于道光三年（1823）。自幼家贫，随父种山、帮工为食。咸丰元年（1851）太平军进军永安，经过藤县，李秀成参军。定都天京后，任右四军帅，驻守天京太平门外。次年升二十指挥，赴庐州参与守城。咸丰六年升地官副丞相，参加镇江解围之役，攻破江南大营之役。天京事变后，参赛安徽桐城，以招收捻军张乐行、龚得树有功，升地官正丞相。咸丰七年驻守六安、霍山，力固安徽，封合天侯，任副掌率，与又正掌率陈玉成同掌兵权，一度因奏请天王体恤百姓，明定赏罚，宽刑轻税，重用翼王，不使安、福二王把持朝政而触怒洪秀全，被削爵革职，不久恢复。咸丰八年八月，会合陈玉成攻破江北大营，收复浦口，十月取得三河大捷，稳定了安徽局势，次年封忠王。咸丰十年春会诸路大军破江南大营，解天京之围，后太平军第二次西征，因李秀成行动迟缓，致使西征无功。咸丰十年和同治元年，两次进攻上海，均未成功。同治元年五月，湘军进逼天京城下，洪秀全急调李秀成回京驰援，与湘军大战四十余日，终以粮草不济退兵。同治二年苏州被围，李秀成对部下郜永宽等暗中通敌不加过问，反率主力离苏州而去，致使守将谭绍光被杀，苏州落入清军之手。回到天京后，劝洪秀全“让城别走”，遭洪拒绝，遂留城防守。同治三年六月天京陷落，李秀成保幼天王突围，将自己的战马让与幼天王骑乘，自骑劣马断后，旋因受伤迷路，马不能行，遂藏百姓家。七月二十一日被俘于天京东南之方山。二十七日，曾国藩自安庆来南京，亲审李秀成。李秀成乃于囚笼中写“自述”数万言，以“保民”、“保军”、防御洋鬼为条件，提出“收齐章程”十条，为曾国藩招降太平军献策，并劝曾反满独立，不久被害，年四十一岁。其“自述”经删改后被呈送清廷，刊刻传布。

同治四年（1865），清政府改变其历来奉行的“事终勇撤”政策，部分保留了在镇压太平天国起义中发展起来的湘、淮勇营，以之作为沿海各省的主要驻防部队，号称“防军”。先是，太平天国被镇压后，全国以湘、淮军为主的各路勇营达数十万人。靠练湘、淮起家的一些地方督抚不愿将勇营全行裁遣，纷纷要求清政府改变以往仅以绿营、八旗为经制部队的旧制，选留勇营劲旅，每省多者万余，少者数千，屯驻要冲，以补绿营、八旗兵之不足。清政府在国家内忧外患，八旗、绿营疲弱无力的情况下，被迫同意了他们的要求，创立防军制度。以后，各省防军范围逐渐扩大，凡绿营之外招募的兵勇一律称其为防军。防军的营制饷章大体仍依曾国藩所创湘军制度推行，但湘军的长夫之制及士卒募选之法则多被防军取消。防军无全国统一编制，各省规模时有变化，据光绪二十四年（1898）统计，全国计有防军二十七万一千二百一十二名。其操练分为队列、技能和技术操练。既效法湘军勇营操法，又注意学习西方近代陆军操法，聘请外国教官进行训练。在战术操练中，既保留了许多中国传统阵法，又借鉴了近代西方的散兵战法。但因防军沿用湘军以营为最高建制单位的习惯，营以上无固定编制，使其战术操练局限于一营数百人范围之内，缺乏大规模协调作战能力。自十九世纪七十年代以来，防军一直是清朝军队中战斗力最强的部队，在防军中又以淮系势力最大，装备最为精良。因而造成淮系首领李鸿章二十多年中一直在清政府中居于举足轻重的地位。

同治四年（1865）十二月底，太平军汪海洋部在广东嘉应州（今梅县）黄沙障全军覆没。先是，天京陷落后，侍王李世贤、康王汪海洋等相继率部攻入福建，占据漳州、汀州一带，坚持抗清斗争。清廷命闽浙总督左宗棠为钦差大臣，率兵三路入福建围剿。同治四年二月，汪海洋率部攻入广东镇平（今蕉岭）。清军全力围攻漳州，李世贤全军覆没，只身突围投汪海洋。汪海洋事先坐视漳州失陷而不救，后又暗害李世贤于军中，对太平天国革命犯下了不可饶恕的罪行。李世贤死后，汪海洋率部在赣粤边境继续与清军作战，并一度进占嘉应州。但终因敌人势力过于强大，太平军内部又出现不和现象，于同治四年十二月底全军覆没于黄沙障，汪海洋重伤去世。至此，太平军除遵王赖文光等率部并入捻军外，其余全部被清军镇压。

同治四年（1865）三月初七日，恭亲王奕訢被革职。先是，奕訢因支持慈禧太后发动北京政变，垂帘听政，受封议政王，军机大臣。奕訢利用自己的亲贵身份把持朝政，逐渐引起慈禧太后猜忌，矛盾日深。同治四年三月初六日，慈禧责备奕訢议政尽用汉人，奕訢不以为然，双方发生争执。次日，慈禧亲笔诏书，责奕訢骄盈溺职务，召对不检，罢直军机、议政。后经王公大臣九卿科道等公奏：“恭亲王咎由自取，尚可录用”。慈禧遂命其仍在内廷行走，并总管总理衙门。四月十四日，恢复奕訢军机大臣职务，不复议政。