光绪二十五年（1899），山东清平县义和拳改称义和团。同年夏季，清政府转变了对义和拳一味绞杀的政策，改行抚剿兼施的策略。毓贤接任山东巡抚后，奏请朝廷承认义和拳为合法民间团练，正式改义和拳为义和团。此后，义和团争得了合法地位，各地义和拳也陆续改称义和团。毓贤对义和团的招抚政策，使山东义和团迅速扩展，团众四处攻打教堂，驱逐教士，与助教士为虐的地方官员作对。光绪二十五年九月，朱红灯在平原县杠子李庄，首先树起“兴清灭洋”的大旗。此后“顺清灭洋”、“保清灭洋”、“扶清灭洋”等口号都陆续出现，后来大都统一为“扶清灭洋”。同时，日趋高涨的义和团运动也波及直隶、天津。袁世凯任山东巡抚后，极力镇压义和团，山东的义和团向华北、京津等地发展，进一步推动义和团运动的高涨。

光绪二十五年（1899）六月十三日，康有为在加拿大千岛地方成立“保皇会”。早在这一年春季，康有为赴英国，请求英国政府支持中国维新运动，迫使慈禧太后将权力移交光绪皇帝。在抵英之前，曾在加拿大逗留逾月，游历了维多利亚、温哥华、渥太华等地，受到当地华侨的热烈欢迎。康有为做了多场宣传维新变政、富国强兵的演讲。每逢演讲，远近各埠华侨，往往驱驰“千数百里来观”，且均为康有为发愤救国、复权光绪的慷慨之词所动。加拿大地区华侨对康梁为首的维新党人的敬佩，对维新政变的热忱，使康有为大受鼓舞，启发了康有为组织团体，把华侨力量纳入其维新勤王活动轨道的念头。他立即致书梁启超，言及组织团体事。梁启超闻讯，欣喜若狂，认为“广东人在海外者五百余万人，人人皆有忠愤之心，视我等如神明，如父母，若能联络之，则虽一小国不足过矣。今欲开一商会，凡入会者每人课两元，若入会者有半，则可得五百万元矣，以此办事，何事不成？”“此事为中国存亡之一大关键，故吾不辞辛劳苦以办之。”同年五月，康有为在英国的求援活动未获成功，便立刻返回加拿大，开始了组织华侨维新勤王的团体。六月初，康有为与加拿大华侨中较有威信的李福基、叶恩等人会议磋商，在维多利亚成立“中国维新会”。后又经商议，将“中国维新会”的中文名称改为“保救大清皇帝会”，又称“保救大清皇帝公司”，简称“保皇会”。六月十三日，康有为与李福基、冯秀石父子、徐为经、骆月湖、刘康恒等在加拿大千岛地方正式创立保皇会。该会以保救光绪帝，反对慈禧太后、维新改良为主旨。十五天后，维多利亚、温哥华两地华侨皆举行盛会，庆祝保皇会的成立。接着，康有为、梁启超、徐勤、欧榘甲等人四处奔走活动，在新加坡、日本、南北美洲、澳洲等地迅速建立起一批保皇会组织。康有为任会长，梁启超、徐勤任副会长。

光绪二十五年（1899），山东清平县义和拳改称义和团。同年夏季，清政府转变了对义和拳一味绞杀的政策，改行抚剿兼施的策略，新任山东巡抚毓贤亦在署理山东民教纠纷的过程中，思想感情上日渐积蓄起仇外洋、恶教民情绪，遂奏请朝廷承认义和拳为合法民间团练，正式改义和拳为义和团，以便从中控制，使义和拳活动不超越清廷划定的范围。从此以后，山东义和拳争得了合法的地位，陆续改称义和团，清政府的公文中亦以义和团称呼义和拳，后来直隶、天津、北京的义和拳也普遍采用义和团名称。

光绪二十六年（1900）夏，章太炎著《訄书》初刻本出版刊行。早在光绪二十四年（1898）底，章太炎在台湾时，就将其原先发表的和新撰的论政、论学文字辑订成《訄书》，光绪二十五年（1899）底，交给祝心渊在苏州刊印。次年七月前，初刻本印成，一册五十篇，另补佚二篇。《訄书》具有强烈的反满革命思想，在《不加赋难》等文章中，无情地批判了清政府对中国民众残酷的经济剥削和政治压迫。在《分镇》等文章中，斥责了世界资本主义列强对中国的侵略。在《刑官》等文章中，流露了章太炎对西方资本主义国家政治制度的向往。在《原教》、《公言》、《原人》、《原变》等文章中，宣扬了唯物主义和进化论的思想。初刻本反映了章太炎二十世纪初的思想状况，对当时青年知识分子走上反清革命道路起了很大影响。

光绪二十六年（1900）四月二十一日，各国驻华首席公使、西班牙公使葛络干，将法国主教樊国梁写给法国公使毕盛的信交各国公使传阅。这封信中说：义和团的主要目的是消灭欧洲人，北京现已被拳民包围，教堂和教士已处在当年天津教案前夕的险境，请派海军陆战队前往北京加以保护。翌日，在毕盛的请求下，葛络干召集驻京公使团会议。会上，毕盛吁请各国公使重视樊国梁对形势的估计，建议各国调兵来京保护使馆和教堂，并联合照会清政府，对义和团采取有力的屠杀政策。英国公使窦纳乐则认为，调军来京，反而会激怒义和团，主张先采取联合照会清政府的方法。窦的建议得到德国公使克林德的支持，遂议决联合照会清政府剿灭义和团，若五日内得不到圆满答复，再提请各自政府批准调动军队登陆或组织海军示威。四月二十三日，葛络干代表各国公使将联合照会交给总理各国事务衙门。照会要求清廷：下令将继续活动的拳民及其首领“一并正法”；将给拳民提供住房和集会场所的人“一并收监”；将纵容、帮助和指点拳民的人“尽数诛戮”；将拘办拳民不力的官员“概行惩处”，并将此措施布告北京、直隶及北方其他各省。总理各国事务衙门在第五天复各国公使，清政府与各国的态度是一致的，并正在草拟严厉镇压义和团的上谕。各国公使对总理衙门的回复十分不满，于四月二十八日晚，再次召开公使会议，议决由窦纳乐和俄国驻华公使格尔思面见总理大臣奕劻，说明各国要求，如果仍得不到满意答复，将立即调兵进京。奕劻在第二天接见了窦纳乐、格尔思，明确表示义和团不仅反对友邦，也反对政论，是国家的敌人。清政府正在采取一切可能措施保护使馆和教堂，他本人亦“愿意亲自，承揽对所有外国人的保护”。奕劻的态度，安定了公使们的情绪，公使们遂决定再等待一天，观察清方行动，然后再议是否调兵入京。

光绪二十六年（1900）八、九月间，俄国利用联军侵华镇压义和团之机，占领中国东北三省。联军对华作战停止后，清政府提出交收东三省一事，俄国政府要求与清政府进行单独协定的谈判。十一月十二日（1901），清政府援驻俄公使杨儒为全权大臣，与俄商议交收东三省事宜。李鸿章为在与列强谈判中取得俄国支持，力主出卖东三省。十四日，交收东三省谈判正式开始。二十七日，俄国财政大臣维持先向杨儒口头提出约稿十三条。杨儒指责这个约稿是“因利乘便，以力制人”，拒绝答应。十二月二十八日，在第七次会商时，俄方正式向杨儒提出议款十二条，主要内容有东三省由俄国“设兵保路”；禁止清军驻扎东三省，只准设“马步巡捕”，名额须与俄国商定；东北三将军之委任，由俄国支配；俄国购买山海关至营口铁路：“东三省蒙古、新疆等处矿产、铁路及其他利益，非俄允许，不得让予他国；不准中国在上述各处自行造路”等等。不经讨论，俄方便逼杨儒画押，杨儒以条款须无损我自主之权方可签字对，双方争执不下。光绪二十七年（1901）正月初九日，清政府命奕劻、李鸿章商请各国公使，劝阻俄国强迫签约。各国不愿俄国独吞东北，接连向俄国质询。刘坤一、张之洞联合上奏，力主拒绝签约；并劝朝廷联英、日拒俄。杨儒与维特谈判七次，与俄外交大臣拉姆斯道夫谈判十四次，俄方横施恫吓，杨儒据理力争，仍无结果。在此期间，维特托人通知李鸿章，如要能促成签约，将以五十万卢布相酬，“以后还可多给”；同时威胁说，“逾期将决裂”。李鸿章遂向慈禧太后进言，尽早签约。正月二十二日，拉姆斯道夫提出最后约稿十一条，压迫杨儒，限十四日画押，不能更改一字，逾期停止谈判。李鸿章与奕劻电示杨儒：“势处万难，不能不允，即桓画押，勿误！”杨儒要求与俄方继续谈判。均遭拒绝，且中国皇帝国书、外交部文件，俄政府也一概不收。二月初二日，清政府电令出使各国公使，请各国代清展限签定东三省交收之约，以筹妥协。初四日，维特见杨儒，催促杨儒签字。杨以未奉“确旨”不签。维特谓：如贵大臣能画押，他日政府不能批准，再行作废。杨答曰：私自画押，该当何罪？维特保证，若清政府“欲加罪于与俄订约之人，俄必出场保护”。杨正告维特，“我系中国官员，欲求俄国保护，太无颜面。如此行为，我在中国无立足之地矣！”初五日，拉姆斯道夫又约杨儒签字，杨再度拒绝。同日，各国公使向清政府声明，公约（指十一国与中国谈判之约）未定前，不得与他国议立专约。清政府在北京外国公使团压力下，通知各国公使，谓“中国不敢遽允俄国画押，请先议公约”。初十日，清政府命李鸿章向俄使婉商，先订公约，再议专约，交收东三省谈判暂告一段落。

光绪二十六年（1900）闰八月十一日，法国提出六点要求，照会各国以此作为对华谈判的基础。六条内容为：惩办罪魁；禁止输入军火；赔偿各国、各社团及个人的损失；在北京设立一支卫队永久保护使馆；拆毁大沽炮台；联军在京沽之间设立若干军事据点，以敞开北京至渤海的通道。此后不久，各国驻华外交使团重新组成，于九月初六、初九两日，对法国的要求进行讨论。经过反复磋商争执，在六条的基础上，又增加了一些新的内容：对指使围攻使馆和杀戮教士的罪魁，特别指明董福祥、毓贤二人，处以斩刑；宣布凡是在其辖境内发生排外纠纷的官员，立即革职；增加赔款数额；设立使馆区，不许华人居住；拆毁大沽炮台以外的另一些炮台；在全国张贴上谕两年，禁止民人加入排外会社，违者处死；取消总理各国事务衙门，任命外交部大臣。德、日两国又提出对克林德、杉山彬之死的处死方案。又经过多次计议策划，公使团归纳出《议和大纲》十二条。十一月初三日，公使团以同文照会形式，将《议和大纲》交清政府议和大臣，转达西安行在。李鸿章等议和大臣为保慈禧太后的地位，在谈判过程中，不停奔走于各国公使之间，特别请俄国斡旋。作为报答，李与俄国公使格尔思签订了《天津俄租界议定书》，使俄国强划天津租界合法化，甚至准备以东北主权作交易。在俄国坚持下，列强终于同意用苛刻条件，换取对慈禧太后的谅解。慈禧太后西逃后，十分惧怕各国把她作为首祸论咎，“常悁栗不自安”；及得约，未见追究之辞，如获免罪赦书，大喜过望，“诏报奕劻、鸿章尽如约”。初六日，慈禧太后发布谕诏，谓“览所奏各条，曷胜感慨！敬念宗庙社稷关系至重，不得不委曲求会，所有十二条大纲，应即照允”。又按各国公使要求，在谕诏上加盖御玺，作为照会副本，二十七年（1901）于十一月二十六日分送各使馆，正式生效。

光绪二十六年（1900）七月二十一日，慈禧太后挟光绪帝开始西逃。八国联军攻破东便门后，慈禧太后慌忙召集朝廷官员商议对策，众官员“相顾愕眙，无敢出一语”。后有人主张打白旗投降，有人主张向各国公使求降议和。慈禧太后举棋不定，又召集几次会商，但赴会官员愈到愈少，最后仅到二、三人。负责城防的荣禄亦逃得不见踪影，慈禧太后感到事态严峻，决定带溥亻隽等逃离京城。为防列强挟持光绪皇帝执政，于己不利，亦挟光绪皇帝同行。二十一日凌晨，慈禧太后等不及梳洗，即微服从德胜门逃出，临行前，还将光绪皇帝宠妃珍妃投入井中溺毙。随其西逃的仅载漪、刚毅等十数人，护卫清军百余人。二十三日，慈禧太后等逃到怀来县，在此命荣禄、徐桐、崇绮留京办事。二十四日，广东布政使岑春煊率兵前来，护卫慈禧太后。二十五日，慈禧太后被迫下“罪己诏”。二十九日，授权李鸿章“便宜行事”，催其“迅速办理”投降事宜，朝廷不为遥制。八月初一日，慈禧太后等逃到怀安。八月初五日，慈禧太后到山西大同。十三日，宣布剿匪上谕，称“此案初起，义和团实为肇祸之由。今欲拔本塞源，非痛加剿除不可”。命直隶地方官“严行查办，务净根株”。随后慈禧太后调各军进攻义和团，并向联军请求“助剿团匪”。十七日，慈禧太后逃到太原。嗣后，又逃到陕西西安。

光绪二十六年（1900）七月二十日，八国联军侵入北京。先是七月初十日，约二万联军自天津沿运河两岸向北京进发。十一日，在北仓的马玉昆部首先与联军接仗，当地义和团也参加了阻击战，共毙亡日军四百余人，英军一百二十人，最后联军攻克北仓。十二日，联军兵临杨村，宋庆军与联军刚一交锋，旋即败退，杨村失守，从天津退驻杨村的直隶总督裕禄“见事不可为”自杀身死。同日，因“请赴前敌决一战”，被任命为帮办武卫军事务大臣的李秉衡临危受命，率几个幕僚及数百义和团出京御敌。名义上李节制各地调来“勤王师”四军，“实无一兵应命”。十三日，李秉衡行抵马头，与夏辛酉军相会，随即进驻河西务。十五日，联军兵逼河西务，张春发军尚未见敌便逃遁。万本华、夏辛酉则接仗即败，河西务陷落敌手。李秉衡退至马头，适逢宋庆、马玉昆等败军万余，溃逃如流，充塞道路，难以阻遏。各军见此，全无斗志。陈泽霖军未战先溃，逃往济宁。万本华军不战北逃，遁入山西。夏辛酉军亦调头向山东逃窜。丧失军旅的李秉衡，于十六日退到通州（今北京通县）张家湾。十七日，联军兵锋直指张家湾，李秉衡自尽殉国，联军进占张家湾。十八日，联军进入通州，宋庆闻风而逃。十九日，联军直抵北京城下。俄军首先由乐便门攻城，遭到甘军及义和团的顽强抵抗。至二十日凌晨，俄军破东便门，直逼建国门。守城甘军据高阻击，矢弹横飞，俄军伤亡惨重，华西里耶夫斯基将军被击成重伤。激战延续到下午，俄军才占领建国门并从此涌入内城。俄军抢先攻城后，日军随后向朝阳门、东直门发起攻击，在朝阳门遇到甘军的拼死抵抗，从二十日清晨打到黄昏，日军才得以进占朝阳门。英军在俄、日两军行动后，即在广渠门发起攻击，守兵先是溃逃，英军遂于下午两点最先进入内城，通过水洞爬进东交民巷使馆区。法、美等国军在这之后相继进入北京城。负责北京防卫的最高统帅荣禄，以及他所率领的武卫中军及神机、虎神等营清兵数万，早已作鸟兽散。但仍有部分清军及义和团团民坚守着皇宫，他们筑街垒，设障碍，与联军展开巷战。二十一日凌晨，慈禧太后挟光绪皇帝等，微服出德胜门逃离京城。同日，联军调两千余人前往西什库，解义和团攻打之围。义和团力不能支，最后败散。二十二日，北京陷落。联军入京后，对北京义和团及广大民众进行了残暴的屠杀，他们包围各坛口，搜捕屠杀义和团民，仅庄王府一处，就杀死烧死团民一千七百余人。驻京的十一国公使馆成员也参与了杀戮，并以杀人的数目互相炫耀。城内尸积遍地，腐肉白骨纵横。联军还在城中肆意放火，凡设过拳坛的王公府邸、寺观和民宅，“皆举火焚之”，使昔日金碧辉煌的北京城，一变为到处破墙残垣，满眼荒野萧条。大批珍贵图书档案遭到焚毁和劫掠。

光绪二十六年（1900）十月，俄国侵略军占领中国东北。先是同年夏天，由于义和团反侵略斗争的高涨，外国资本主义势力全谋组织联军，进入中国境内镇压义和团。俄国政府一面派兵参与进军北京的联军；一面借口保护正在修筑的中东铁路，调集十七万大军，兵分六路入侵东北。第一路从伊尔库次克和外贝加尔攻入海拉尔，经呼伦贝尔，越过大兴安岭，进逼齐齐哈尔。第二路由海兰炮进攻瑗珲，七月初十日入城后，屠杀中国民众一万五千人，并纵火烧城，使这座古城化为废墟。该军又经墨尔根，与第一路俄军于七月末抵黑龙江省城齐齐哈尔。八月初一日，黑龙江将军寿山派营务处总理程德全与俄军商议停战，定约俄军不攻省城，俄军可出入省城。三天后，俄军单方面毁约，突然发起攻击。齐齐哈尔随即陷落，寿山以死殉职。军用物资及饷银三十余万被侵略军卷走，库府财物、书籍档案亦被席卷一空。第三路由伯力（哈巴罗夫斯克）进攻三姓、哈尔滨。第四路由双城子（乌苏里斯克）攻入绥芬河，经牡丹江向哈尔滨挺进。第五路由海参崴出击，直趋珲春，占领宁古塔后，进军吉林。吉林将军长顺派人乞和，八月初一日，与俄方签订降敌“和议”，约定“两军相见，以白旗先，各不开枪，让道而行”。俄军军需粮秣均由当地供给，清军一律缴械，银库、军械由俄军看守。俄守入吉林省城后，拆毁制造军火的机器局，抢走造币厂的大量存银。第六路从欧洲由舰船载至旅顺登陆，进攻盖平、营口、辽阳、奉天。参与八国联军的部分俄国，还从关内经山海关，攻占了锦州。闰八月初八日，俄军进占清王朝的发祥地盛京（今沈阳）。十月下旬，东北铁路沿线及主要城市，全部沦陷。在俄军侵略东北的整个过程中，有大约二十余万无辜的中国民众在侵略者的屠刀下丧生。