顺治十八年（1661）春，庄廷鑨私著明史案发。庄廷鑨，浙江乌程（今湖州市）南浔镇人，出身一个巨富而知书的家庭。入清以后，庄廷鑨趁明天启朝大学士朱国桢一门败落之际，以银千两将朱国桢生前所撰明史稿本购得，并广聘名士，增补天启、崇祯两朝史事，辑成《明史辑略》，未及刻印而庄廷鑨就于顺治十二年病故。其父庄允城费时五年，于顺治十七年冬将书刻成，刊行于世。由于书中有诋毁贬斥清统治者的文字，如称清太祖为建州都督，直呼努尔哈赤；再如自天命至崇德皆不书其年号，相反于南明隆武、永历则大书特书等等，因而书刊行后，不断遭至恐嚇，索取钱财。时归安县知县吴之荣罢官居家，欲通过索诈而偿还八万两赃款以复官。于是，他指使前任浙江粮道李廷枢向湖州知府陈永命告发此事。不料，陈永命早已接受了庄允城数千金的贿赂，拒不审理。庄允城也不向吴之荣行贿。这就使吴之荣恼羞成怒，乃将购得的初刊本呈交法司。清统治者得悉消息后，为压制一切公开的或潜在的反清行动或思想，遂兴大狱。凡刊刻、参校、藏书、售书者，以及失职之官吏，均株连治罪。此案直至康熙二年（1663）才最后了结。

顺治初年，清廷从京畿圈占的土地中，拿出一部分给皇室，于是出现了皇庄，也称官庄。据史载，当时共设官庄一百三十二所。每庄给田三百晌（每晌合六亩），庄头各给绳地（一绳为四十二亩）。官庄由内务府会计司管理，故又称为内务府官庄。后来，又以近畿土地不足，“展边开垦”，在盛京（今沈阳）等寺设置八旗庄田。顺治十八年（1661），清廷在盛京丈出地亩三十二万九千余顷，以其中的二十七万六千余顷为旗地。官庄按生产种类，又分为粮庄、豆秸庄、稻庄、菜园、瓜园、果园、蜜户、苇户、棉靛户等等。各庄均有庄头，役使数量不等的壮丁，生产出来的粮、草、菜蔬、家禽等，供皇室衣食服用，或折成银两，交内务府会计司。

自康熙元年（1662）至康熙三年（1664），据管理福建安辑投诚的官员贲岱疏报：郑氏部众共投诚文武官三千九百八十五名，食粮兵四万零九百六十二名，归农官弁兵民六万四千三百三十名，眷属人役六万三千余名，大小船只九百余艘。其中，有郑经亲属郑缵绪、忠明伯周全斌、威远将军翁求多、永安候黄廷、副统领何义等文武要员。

康熙元年（1662），张志聪因病去世。张志聪，字隐庵，浙江钱塘人。明代末年，他继承杭州庐之颐医道，筑侣山堂，与志同道合者讨论医学。注有《素问》、《灵枢》二经，集诸家之说，其学问之高，世人公认。此后，又注有《伤寒论》、《金匮要略》。他对《伤寒论》致力最深，历时二十年，几易其稿，始成书，达到了使后学者“取之有本、用之无穷”的目的，颇得治医学者称赞。张志聪在医学方面的著述，还有《侣山堂类辨》、《针灸秘传》等。

康熙元年（1662）清廷规定：照顺治五年定例，凡私自养马者处斩、籍没，邻佑及十家长杖流。康熙十六年（1677），清廷将直接为皇室管理马匹、车辆的机构改名为上驷院，隶属内务府。辖有京城十八马厩、大凌河牧场等。上驷院官员品位很高，待遇与内阁、军机处等大臣相等。养马之禁并不影响清统治者所需马匹，它们主要来源于进贡、调拨和挑选。康熙二十九年（1690），康熙帝批准兵部题：民间禁止养马，既不便于民，马也稀少，嗣后请废除养马之禁，听从民便。养马禁令至此废止。

康熙元年（1662）清廷下令：只准在南京、扬州、济宁、临清四地开设市场，买卖人参。康熙三年（1664），根据议政王大臣会议提议，谕向朝鲜国王移文，严禁朝鲜人民擅出界外采集人参等。康熙四年，清廷又严禁百姓私采人参。康熙四十八年（1709），康熙帝废除了由八旗贵族对生产及买卖人参的独占权，改归国家垄断经营，并派出军队采集人参，官营垄断生产，当时，国家除无偿占有上等人参一百斤、次等人参九百斤外，其余一律折合银两，由国家统一收购，价格则由国家强制规定，并极为低廉。清统治者经营人参的贸易数量并非很大，他们垄断人参生产的目的，主要是满足皇室自身的需求和消费，剩余部分才投放市场，但价格极其昂贵，清政府从中获取颇为可观的利润。

康熙元年（1662），清廷颁行用铜制成的“康熙通宝”钱，做为统一货币。因生产的铜量有限，故停止由工部差人办铜，一律改为各关差购买呈送。次年，吴三桂请求申办云南省铸钱局，同样颁给其“康熙通宝”钱的标准版式。

自康熙元年（1662）至康熙二十一年（1682），清廷同固守在台湾的郑经、郑克塽之间的和谈，计有十次。康熙帝亲政之前，凡三次，分别是康熙元年、康熙二年、康熙四年。清廷坚持剃发登岸，郑经则明确表示“台湾远在海外，非中国版图。先王（郑成功）在日，亦只欠剃发二字，若按照朝鲜事例则可。”“若欲削发登岸，虽死不允！”康熙八年（1669），康熙帝亲政，意在与郑氏重开议和。是年七月，派刑部侍郎明珠、兵部侍郎蔡毓荣前往福建，同总督、巡抚会商议和之法。随即兴化知府慕天颜、都督佥事季佺，各加卿衔，代表清廷，并持康熙帝的诏书到达台湾。郑经只接明珠信函而不肯受诏。双方各执己见，相持不下。郑经复派礼官叶亨、刑官柯平往泉州谈判。明珠表示：为他们题请“藩封，世守台湾。”柯平等仍坚持以朝鲜事例待之，不剃发，“称臣纳贡而已。”明珠劝道：既然称臣，不当异别服。叶亨等回劝郑经，郑氏坚不让步。此后，在康熙十六年（1677）三月与同年秋、康熙十七年（1678）八月和九月，康熙十八年（1679）九月的五次和谈中，由于当时形势的变幻、双方力量的消长等原因，清廷做出了重大让步，许以郑氏世守台湾、称臣纳贡、通商贸易；承认其如朝鲜例，不剃发，不易衣冠。清廷的主要代表大将军，康亲王杰书明确表示“代为请愿”。康熙则强调“郑经乃中国人”。然而，郑经在其要求得到完全满足时，又提出以海澄为往来公所。福建总督姚启圣拒绝说：“谁敢将版图封疆轻议作公所？”和议又废。康熙指示“郑经虽无降意，对其属下仍随时招抚。”郑军将士投诚者日众。康熙二十年（1681），康熙帝任命施琅为福建水师提督，决定兵进台湾。次年九月，郑经子郑克塽派遣官员，来到福建，请求按照朝鲜等外国例，称臣奉贡，奉清朝为正朔，受朝廷封爵，接诏削发过海，但在台湾者则“求免削发登岸”等。康熙帝传旨：郑氏不可与朝鲜等国相比，如果其诚心削发归顺，可以招抚，但须防其缓兵之计，施琅所部仍遵此前旨，勿失战机。终康熙一朝，清、郑议和虽然终归失败，但是，清军在康熙二十二年（1683）取得澎湖大捷后，最终以和平方式统一了台湾。

清代考核京官和外官的制度分别称京察、大计。康熙元年（1662）七月，康熙帝谕吏部：停止京察大计，内外大小官员均实行三年考满。具体办法是：外任者，责成当地督抚；内任者，责成分管各部的大学士、尚书等，必须誓公誓慎，开注事迹评语，移送部院，严加考察，甄别去留，以示奖惩。是月，复定三年考察制，凡三年考满，满汉三品京官以上者和各省督抚，均各“自陈”。其余官员立五等评语：一等称职者加一级，二等称职者纪录一次，办事平常者留任，才力不及者降一级调用，不称职者革职。如果添写评语官徇情不公，或明知僚属到期而不考，或地方盗案，钱粮未清者而冒称考满，或各官历俸已满回避不考者，部院、督抚及本官一并治罪。康熙二年（1663）二月，明确因实行三年考满法，凡一二等称职者即系举荐，停止各省总督、巡抚二年举荐一次例。康熙三年五月，针对考满中一、二等者甚多，强调以后考满，应将三年内某官所办之事，奉旨改正之事等诸方面，察明保奏。倘若考过一等二等之官，本非贤能，又不称职，一经发觉，应对其保之官一并治罪。十一月，定内外文武官考满例，为一等、二等、平常、办事不及、不称职者。各省汇齐具题，县官办事之功过也造册送部、部院之大学士、尚书、侍郎等官仍照例复考。康熙四年（1665）一月，山西道御史季振宜条陈考满之弊，如相互吹捧，行贿受贿，盘剥百姓，克扣兵饷，一人一疏，繁琐不堪等等。二月三日，清廷决定停止考满，以后各官升转照例论俸，部院官有不称职者题参，各省督抚则题参本省不称职之官，“自陈”一律停止。十月，又决定恢复京察制，自本年起，对官员考察的时间是每六年举行一次。但是，时过二年，清廷即决定于康熙六年（1667）举行京察、大计，并规定以后仍照旧例，大计三年一次，京察六年一次。

康熙元年（1662）五月，郑成功病逝。荷兰殖民主义者急欲乘此时机，蓄谋重占祖国宝岛台湾。逾月，荷兰东印度公司总督命商务专员博尔特为提督，率包括夹板船在内的十二艘船舰，统兵一千二百八十四名，载炮一百三十九门，从巴达维亚（雅加达）启锚进军。同年七月，博尔特的舰队到达闽江口，船上的旗帜写有“支援大清国”。同时，博尔特派员求见靖南王耿继茂、福建总督李率泰，表示愿为先锋，攻取金、厦二岛，但必有清军助其重占台湾为条件，致书中还表示：他们“对郑军以及一切清廷敌人的作战，有万全的准备。”同年九月，因清廷正在同郑经议和，故耿继茂在福州接见博尔特时，拒绝了荷兰人的请求。博尔特恼羞成怒，独自率舰队以海盗故技袭击郑经所部的部队，阴谋未能得逞。康熙二年（1663）底，博尔特野心不死，再次统兵舰到达福建闽安镇。清廷同意与其联合作战，于是，清、荷联军在金、厦打败了郑军，康熙帝传旨嘉奖荷兰有功官兵，并颁《奖励荷兰国敕命书》。但是，博尔特仍然没有达到荷兰殖民者入侵台湾的目的，就是和清政府正常贸易的权力，也因其心怀叵测几乎全部失掉。