康熙四十三年（1704）四月初四日，康熙帝派遣侍卫拉锡等往探黄河源头，要求务须直穷其源，凡流经等处要详细记述。九月三十日，拉锡返回京师，向康熙帝奏报这次考察的全过程：五月十三日至青海，十四日至呼呼布拉克，贝勒色卜腾札尔同行。六月初七日至星宿海东，见鄂陵泽周围二百余里。初九日至星宿海，蒙古名鄂敦塔拉。登山远眺，见星宿海源头有小泉万亿个。周围群山，蒙古名为库尔滚，即昆仑之意。南有古尔班哈尔哈山，西南有布胡珠尔黑山，西有巴尔布哈山，北有阿克塔因七奇山，东北有乌兰杜石山。古尔班吐尔哈山下诸泉，西藩国名为噶尔马塘。巴尔布哈山下诸泉，名为噶尔马春穆朗。阿克塔因七奇山下诸泉，名为噶尔马沁尼。三山泉流出三支河，即古尔班索罗谟。三河东流入札陵泽，自札陵泽一支流入鄂陵泽，自鄂陵泽流出，便是黄河。此外，他山之泉与平地之泉流为小河的也非常多，都归入黄河东流而下。六月十一日回程，向东南行二日，登哈尔吉山，见黄河东流至呼呼托罗海山，又南流绕撒除克山南，北流至巴尔托罗海山南。十四日，至冰山西，山最高，云雾遮蔽。蒙古人说此山长三百余里，有九个高峰，自古至今没有见过冰雪消融。经常飘降雨雪，一个月里只有三四天晴空。自此回行十六天，至席拉库特尔地方，又向南行，过僧库里高岭，行百余里至黄河岸。见黄河自巴尔托罗海山向东北流，于归德堡北、达喀山南，从两山峡中流入兰州。自京城至星宿海，共七千六百余里。宁夏西有松山，至星宿海，天气渐低，地势渐高，人气闭塞，故多喘息。

康熙四十四年（1705）三月，康熙帝谕示江宁织造曹寅刊刻《全唐诗》，又命十名闲居江浙的在籍翰林参与校订。曹寅受命后，即于扬州天宁寺开设诗局。他不仅董理刻事，随校随写，不敢少怠，而且从厘定凡例，安排刻板，直到印刷、装璜，也都亲自过问。康熙四十五年十月，《全唐诗》终于刊刻完成。康熙帝认为该书刻的甚好，海内文人学士也称誉该书是“康版书”。《全唐诗》是康熙年间彭定求等编成，九百卷，共收唐五代诗四万八千九百余首，附有唐五代词，作者二千二百余人，并附作家小传，按时代先后编次。间有校注，考订字句异同及篇章互见情况。该书收罗宏富，可窥见唐诗全貌。不过，该书也有误收、漏收，作品重出，小传、小注错误等缺点。不久，曹寅又受命刊刻《佩文韵府》。该书四百四十卷，拾遗一百一十二卷，张玉书等奉敕编纂。书以元阴时夫《韵府群玉》和明凌稚陵《五车韵瑞》为基础增补而成。全书按《平水韵》一零六韵排列各字，下注反切和各书释义，然后以二字、三字、四字的顺序排列词尾相同的韵藻，下列古书用例。其次是对语――对仗的词语及摘句，即包括这个词的诗句。两书原有的词语列前，增补的词语列后，标上“增”字。本书材料丰富，词目多达七十万条，征引典故时注明出处，为人们查找典故提供了方便。该书因是辗转抄来的材料，未加核对，故错误较多。曹寅除奉旨刻书外，还捐资刻印了施闰章《学馀全集》，朱彝尊《曝书亭集》等，在当时的知识分子中产生了一定影响。

康熙四十四年（1705）二月初九日，康熙帝开始第五次南巡，从京师启程。行前，他晓谕吏、户、兵、工等部：河工虽告成功，尚须察验形势，筹画善后规章。康熙帝乘舟经过天津、静海、青县、于二十二日进入山东省境内。在德州，于舟山多次召见历算学者梅文鼎，并赞扬他是“佳士”。又经过临清州、东昌、济宁，于三月初六日进入江南境，十一日抵扬州府。他就河工善后方略指示张朋翮，并命直隶、山东治河工程按照河南例，由该省巡抚就近料理。十七日，康熙帝抵苏州府，十八日，召见河官，责备河标兵久疏操演，军容不振，与其糜费钱粮，不如奏请裁汰。又命江苏巡抚宋荦主持刊刻《资治通鉴纲目》。二十五日，康熙帝至松江府。二十七日，在松江小教场行宫前检阅江宁八旗及绿旗官兵。四月初一日，康熙帝离松江，初三日抵杭州，初五日在演武场检阅八旗，绿旗官兵，初七日诏赦浙江福建两省死罪以下罪犯，减等发落。十八日，康熙帝离苏州。二十二日抵江宁。二十三日遣尚书徐潮祭明太祖陵，二十六日检阅江宁驻防官兵，招赦安徽、江苏所属地方死罪以下罪犯，减等发落。二十七日，康熙帝赴明太祖陵行礼，然后离开江宁。二十八日在京口检阅水师。闰四月初一日，康熙帝自江天寺登舟渡江，驻扬州宝塔湾。初六日，康熙帝从扬州启行，经宝应、淮安。于初九日至清口。初十日登陆往高家堰，遍阅河堤。十三日康熙帝乘舟渡黄河，登陆，巡视九里冈。二十日，诏赦山东死罪以下罪犯、减等发落。二十二日，谕示河标兵多而无用，命裁去一千零六十一名，留一千名。二十八日，康熙帝等返回京城。

康熙四十四年（1705）二月初三日，清政府理藩院就俄罗斯人越界杀人及布里亚特人向属中国事致函俄国尼布楚长官。文中谈到：接到你的咨呈，谈到我国喀尔喀蒙古二十人沿俄罗斯汗属地河源而上，至额尔古纳附近敖嫩河一带，想盗索伦杀其头领，并盗其马匹衣物等。据本院审问送回的伊尔颠供称：我等并未进入敖嫩山中，亦未杀死三名俄罗斯人，而于我喀尔喀原来游牧的乌尔匝河（今名乌勒吉河）地方打牲、伐木、捕雕。有俄罗斯属下打鹿人二百余名进入我等住处，杀死纳普图基等四人，将我擒拿，沙拉阿玛金等十五人逃出。据此，本是你国打鹿人二百余名侵入我国属地，杀死我喀尔喀四人。而您们反说是伊尔颠即额尔德尼等二十人进入敖嫩河附近山中，杀死你们狩猎的三名索伦人，真是荒谬。既然你我两国边界业已议定，请将你国俄罗斯属下打鹿人二百余名入我界乌尔匝河、杀死伊尔颠即额尔德尼一伙四人情节查明，并行文本院。同日，理藩院又以咨文致俄国议政大臣，言及我国喀尔喀蒙古谢图汗属下鄂勒巴图牛录，康熙三十四年因避噶尔丹而入俄境，事在两国定界之后，应予归还。

康熙四十四年（1705），拉藏汗执杀第巴桑结嘉错。拉藏汗，原名拉藏鲁贝，我国厄鲁特蒙古和硕特部重要首领。祖达延汗、父达赖汗世居西藏执掌政权。康熙四十年，达赖汗一走上政治舞台，便与第巴桑结嘉错发生了尖锐的冲突。拉藏汗怀疑第巴害死了达赖法，便利用拉萨举行祈愿大法会之机，暗中使人杀死了第巴的近侍官员。第巴桑结嘉错得知情况后，集合部下逼迫拉藏汗离开了拉萨。拉藏汗为了报复，前往当雄集合八旗蒙古兵向拉萨进军。因色拉、哲蚌、甘丹三大寺上层喇嘛居中调解，第巴桑结嘉错被迫退职，其子阿旺仁青见桑继任第巴。桑结嘉错为了东山再起，秘密买通了汗府内侍，企图在食物中投毒，杀死拉藏汗。不料，事被拉藏汗察觉，拉藏汗佯装返回青海，于黑河（那曲卡）集合蒙古军队，分兵三路，从果拉、盖莫昌、堆隆杀回拉萨。桑结喜错知道阴谋败露，匆忙集结卫藏兵民迎战。但是，由于缺乏准备，桑结嘉错被拉藏汗打败，逃往贡噶宗，被拉藏汗妻次仁扎西擒获，不久，在莫隆被处死。拉藏汗执杀了第巴桑结嘉错以后，又废掉了桑结嘉错所立的达赖喇嘛仓央嘉错，于是，他全部掌握了西藏的政教大权，直至康熙五十六年（1717）十一月，准噶尔部进攻西藏，被杀止，总计统治西藏十六年。

康熙四十五年（1706）四月，大型类书《古今图书集成》初步编成。早在康熙三十三年（1694）五月，康熙帝就曾令翰林院官员依照《唐类函》体例，从唐至明，辑成完书，以资观览，并作为《唐类函》的续集。但是，该书开编不久，康熙帝又发现以前的类书均不理想，便决定再编一部新的大型类书，初步命名为《汇编》。该书的实际主撰人是陈梦雷，他被诬为耿精忠逆党而发往沈阳给披甲新满洲为奴。康熙三十七年（1698），康熙帝东巡，陈梦雷御前献诗，陈述已往，康熙帝知他曾为进士，授过编修，是少有的人才，便将他召还京师，侍皇三子诚郡王允祉读书，赐宅城北，安顿家属。陈梦雷到城郡王府后，准备给王爷进讲，便开始将古代书籍，按类给以归纳整理。康熙帝闻知这一情况，就接受允祉意见，命陈梦雷编辑大型类书，必大小一贯，上下古今、类例、部分有纲有纪，勒成一书，以光大圣朝文治。康熙帝对陈梦雷工作极为支持，除指示训诲，钦定条例外，还亲到陈梦雷斋中，书写“松高枝叶茂，鹤老羽毛新”联句相赐。陈梦雷工作更加勤奋，编书进展非常迅速，从康熙四十年十月起，至康熙四十五年四月止，大型类书《汇编》终于初步编成，约计一万五千余卷。康熙帝对《汇编》极为重视，特赐名《古今图书集成》，并立即组织儒臣编校。由于种种原因，《古今图书集成》直到雍正六年（1728）才刷印六十四部。该书分六编、三十二典，六千一百零九部，总计一万卷，分订五千册，约一亿字，内容方博，经史，天文地理，乃至山川草木、百工制造，海西秘法，无所不包。

康熙四十五年（1706），被废除的达赖喇嘛仓央嘉错死于青海。仓央嘉错是第巴桑结嘉错所立的六世达赖喇嘛。桑结嘉错被杀后，仓央嘉错更加耽于酒色，放荡不羁，日益为拉藏汗所不满。于是，拉藏汗上奏清政府地，请求朝廷废掉仓央嘉错，诏准由他另行寻认的意希嘉错为达赖喇嘛。清政府因桑结嘉错过去帮助过噶尔丹，因此对其所立的达赖喇嘛也不感兴趣。清政府一方面派人往封拉藏汗为“翊法恭顺汗”，一方面颁旨废掉仓央嘉错，并敕谕拉藏汗将仓央嘉错解送北京。康熙四十五年，仓央嘉错在赴京途中，死于青海。但是，拉藏汗所立意希嘉错，在青海、西藏僧俗人中，引起了普遍不满。他们纷纷指责拉藏汗所立的达赖喇嘛为“假达赖喇嘛”。康熙四十九年（1710），以察罕丹津为首的青海诸台吉在理塘寻认了新的达赖喇嘛转世灵童。他们最初将这个转世灵童安置在德格土司（今四川德格县），后来又迎居西宁塔尔寺，请清政府予以册封。清政府考虑到蒙古各部的团结，派遣侍卫阿齐图前往宣谕，将新呼毕勒罕送往北京。因察罕丹津说新呼毕勒罕还没有出痘，清政府不得不同意令其暂居青海。此新呼毕勒罕即噶桑嘉错。由此出现了真假达赖喇嘛之争。因为清政府已于康熙四十八年承认拉藏汗所立意布嘉错为真达赖喇嘛，所以，康熙五十四年，清政府又派人往青海，指出理塘所出新呼毕勒罕是假。至此，真假达赖喇嘛之争遂告一段落。

康熙四十六年（1707）十月，大画家原济在扬州去世，终年六十六岁。原济，字石涛，本姓朱，名若极，明朝靖江王后裔。他自幼善于书画，长成以后，继续研习，所画山水、人物、花卉极佳，著有《画语录》一书，总结绘画经验。原济反对泥古与拘守一家，主张创造，主张创立自己的风格。他曾说：我之为我，自有我在。古人的发眉不能长在我的面目上，古人的肺腑也不能进入我的腹腔。我自发我的的肺腑，揭我的发眉。他反对庸俗与愚昧。在山水画创作中，在经管位置、用笔用墨、皴法等方面有许多以验，在描写山川、林木、海涛等不同对象与四时变化方面，也掌握了不少技巧。石涛非常关心民间疾苦。康熙四十四年六月，淮安、扬州两郡大水，雨后洪流，千里直下，许多地方成为泽国。为此，他写了一首《雨歌草》，其中说道：四月五日天不昼，风师雨师天不宥。雨深水湿路不通，农不望耕市不贸。人民畏雨不畏天，只怪司天错时候。淮南三十六州场，千里洪波倾水窦。沿途向释来往希，州岸城围崩莫救。世门薪米喜者登，世外轸恤真难觏。乾坤不发眼前疮，人民怎去心上肉。昨宵梦入江湖宽，两手恨与水相扣。今朝池上望汪洋，飞鸟飞云水上骤。灾祥已不记野夫心，雨水不害野夫疚。充分反映了原济和当地灾民的共通心理。

康熙四十六年（1707）正月二十二日，康熙帝从京师出发，开始第六次南巡。二十五日，在静海县杨柳青登舟。二月初一日，康熙帝舟泊德州第六屯，对贵州巡抚陈洗密折奏报土司情形颁布谕旨，强调以不生事为主。十五日，康熙帝舟抵江南台庄地方，康熙帝登岸接见耆老，询问农事、生计。二十日，康熙帝由清口登陆，详视溜淮套，见地势甚高，开挖新河工程艰巨，即使挖成亦不能直达清口，无助于泄出高家堰堤下之涨水，因此否决阿山等人所拟方案，命疏浚洪泽湖各口，以利泄水，挑浚蒋家坝、天然坝一带旧河，以通粮船。康熙帝还责备原议溜淮套开河方案坏民田庐、毁民坟塚。二十一日，命将沿途所立开河标竿尽行撤去，百姓见后，均踊跃欢呼万岁。康熙帝晓谕马齐等人说：凡天下事行之有益，自应速办；无益，断不可轻举。好似人身有病，才可用药饵针砭，如果无病，有人说割肉可以延年益寿，继不能听。开河道理也是如此。二十二日，康熙帝对河道总督张鹏翮不随时巡视河堤，唯以虚文为事提出斥责。此后，与此有关官员均革职、降级。三月初六日，康熙帝由扬州抵达江宁府，初八日，检阅江宁驻防官兵，初九日，亲往明太祖陵行礼。十一日，康熙帝离江宁。十六日抵苏州。十七日，密封敕谕致工部尚书王鸿绪，询问有关官员骗买苏州女子事情。二十日，康熙帝离苏州。二十三日至松江府。二十四日检阅松江提标官兵，表彰江苏按察使张伯行居官清廉，并提升为福建巡抚。二十八日，康熙帝离松江。四月初二日抵杭州，初五日检阅驻防官兵。十二日离杭州。十五日至二十一日，康熙帝在苏州。二十四日抵扬州。五月初二日，向张鹏翮等河官谕示治河形势及方略。二十二日，康熙帝返回京城。

康熙四十六年（1707），清政府明确实行禁止天主教政策。最初，利玛窦为传播天主教来到中国。由于利玛窦规矩，天主教与中国传统文化、习俗没有发生冲突，所以康熙帝承认传教士信仰宗教自由，出巡时还曾亲临教堂赏赐。康熙四十四年（1705），罗马教皇十一世派遣使节多罗到达中国，干涉天主教中国教民尊孔祭祖，把中国习俗视为异端，干涉中国内政。这样，天主教传教士就同中国传统文化、习俗发生冲突，并且干扰了清政府正常的统治秩序。对此，康熙帝不能允许。他谕示多罗：近日西洋来人很杂，先将定例晓谕明白，以便后来人遵守法度，不致违反。以后，西洋来人不再回去者方准到内地居住；如果今年来明年去，此种人不许居住。此种人就好比立在大门前，议论人屋内事，既多事，又不令人信服。经过康熙帝的斥责和限制，康熙四十五年，多罗离开北京。此后，康熙帝敕令：凡在华传教士，需领执照并表示永住中国，才许留住；不遵守利玛窦规矩者驱逐出境；领执照长住中国者，和中国人一样受到保护。康熙四十五年十二月，清政府颁发执照。康熙四十七年，清政府对颁发的执照进行了核查，凡不领执照的传教士解送澳门，驱逐出境。清政府实行禁止天主教政策，有效地抑制了西方早期殖民主义者，保证了清朝封建国家的政治独立而不受干扰，与此同时，也并没有影响对西方先进科学文化的吸收。