雍正五年（1727）闰三月，清政府下令废乌蒙土司，禄万钟母子发遣江西。其地划归云南。乌蒙土府在四川南部，东邻贵州，南接云南，居三省交界处，是内地通往云南的重要通道。土司禄氏世代盘踞于此，扰害边疆，为患三省。他们对抗中央，断绝交通，据险自固，以至原来自中原入滇的通道被阻，人们须由黔中取道曲靖而转入滇。由于乌蒙土司所处的重要地理位置，使鄂尔泰将其列入改土归流的重点，希望通过制服土司而控制三省。鄂尔泰认为，乌蒙土地司，凶恶成习，可以威制，似难恩化。遂于雍正四年（1726）冬派滇黔大军分两路直逼乌蒙。当时，乌蒙土司禄万钟年仅十五，而乌蒙兵马不足一万，所恃者惟标刀弓弩，且由其叔禄鼎坤掌握，因此无法与官兵相抗。十二月二十七日，清军进兵，二十九日下乌蒙。雍正五年（1727）正月初七日，禄万钟母子向四川官员投诚。雍正六年（1728）二月，废土府，改设乌蒙府，派流官管辖。从此，三省道路打道，北可达川，东可至黔，成为交通要道。雍正九年（1731），乌蒙府因此而改名为昭通府。

《大义觉迷录》是关于曾静投书案和吕留良文字狱的历史纪录。雍正六年（1728）九月，曾静投书案发生后，雍正帝通过派人审讯，得知曾静反清思想是受吕留良提倡的“华夷之辩”影响，同时得到外间对他本人的种种传说，如改诏篡位，逼死太后，杀兄屠弟等均来自允禩集团。因此，在审讯过程中，多次针对口供所讲上述内容进行批驳与辩解。雍正七年（1729）九月，雍正帝下令将论述这个案子的上谕编辑在一起，附上曾静的口供及其忏悔的《归仁录》，集成《大义觉迷录》一书，意在使受迷惑之人觉悟。并加以刊刻，颁行于全国各府州县学，要求士子观览知悉。如果不知此书，一经发现，就将该省学政、该州县教官从重治罪。曾静口供及《归仁录》，说雍正帝至孝纯仁，受位于康熙帝，兼得传子、传贤二意；又说雍正帝朝乾夕惕，惩贪婪，减浮粮，勤政爱民，所以《大义觉迷录》一书又是为雍正帝嗣位及其初政作宣传的著述。为了取得更好的宣传效果，雍正帝于同年十月下令将曾静、张熙免罪释放。后又命刑部侍郎杭奕禄带曾静到江南江宁、苏州、浙江杭州等地，户部尚书史贻直带张熙到陕西分别宣讲《大义觉迷录》，现身说法。乾隆帝登基之后，觉得不宜公开讲此事，遂将《大义觉迷录》列为禁书。

雍正六年（1728），鄂尔泰在指挥清军先后讨平八寨、丹江之后，打开了黔西南“化外苗疆”的门户，遂继续深入腹地，进取古州。古州有里外之分，外古州自宋元以来即已开发，元以后设有长官司等土职。里古州则历代为“化外生苗地”。其地有古州江，上可通都匀三角屯，下可达广西之柳庆，但由于未经开辟，沿江诸苗多未归附，故河道久未开通。雍正六年十二月，张广泗平定小丹江之后，古州一带已有一些村寨望风归附。雍正七年（1729）三月，雍正帝在鄂尔泰的奏折上批谕：古州等处“生苗”，罔知法度，应以招抚，不能令此地苗人独在化外。七月，张广泗进兵古州，有岑梗、梅得两寨抗拒，副将赵文英领兵以剿，后其余各寨均缴械投诚。很快，清军以武力迫使上、中、下三保苗就抚，古州平。十二月，清政府以新开苗疆，特于此设古州厅，置理苗同知一员，隶黎平府。

雍正六年（1728），雍正帝进一步削夺八旗旗主权利。八旗自努尔哈赤始建时，即由旗主管理旗下事务，皇帝对八旗只是间接管理，这就造成了皇权与旗主权的矛盾。自皇太极起，清朝的前几代皇帝都谋求削弱旗主的权力。首先是对镶黄旗、正黄旗、正白旗定为上三旗，由皇帝亲自统领。对于其他五旗，即下五旗，康熙时又采取派皇子到下五旗作管主的办法，以替代原来的旗主地位。至雍正帝即位，又对本已衰弱的八旗旗主势力做了进一步的削减。八旗都统是八旗的军政长官，是一种职务，由皇帝临时任命，不能世袭，与所在旗的旗民是官民关系，而非主从关系。而管主与都统并存，不仅还会影响皇帝对旗民的直接统治，而且两者易产生磨擦。于是，自雍正六年（1728）起，采取减少管主的办法，同年（1728）十月十六日取消崇安、锡保及信郡王德昭等人的管理旗务，即管主地位。雍正七年（1729）以后再派到八旗的亲王、郡王等均以管理都统事务的身份到任。实际上是去担任（或兼任）都统职位。至此，八旗即全部由皇帝所亲自控制，任何影响皇权在八旗中行使的力量已不复存在。同时，雍正帝还从意识形态上革除旗主的痕迹。八旗都统，满文译为“固山额真”，而“额真”满语意为“主”，雍正帝为正名份，下令改称“固山昂邦”，意为总管，即汉文之都统，而此时的都统，早已不再是旗主的意思。文字上的改变，也标志着旗主权力的实际消失。

雍正六年（1728），鄂尔泰组织了征服黔西南“化外苗疆”的第二个重要战役――丹江之役。丹江有两条支流，即大丹江、小丹江，两江汇合以后即为九股河。鄂尔泰对“化外苗疆”的形势做了分析，认为古州、九股为其腹里，都匀府之八寨为“生苗之门户”，而丹江则为“生苗之关隘”。雍正六年（1728）六月在取下八寨之后，丹江则成为清军攻取的第二个目标。丹江流域共有苗寨百十余，丁壮数千，且形势险要。七月二十四日，张广泗率兵进攻，及抵枯桐隘口，受到苗民的顽强抵抗。次日，赶来援助的苗民倍增，他们以枪炮堵截官军，然伤亡亦重。另一路官兵至囊孟隘口，亦受到苗民的阻击。鄂尔泰当即决定增派重兵围剿，他说：“若不全力剿除，既无以畏服投诚各寨，而九股生苗亦断难以就抚。”遂调贵州各协、营之官兵来增援。八月下旬，各路官兵继续到齐，合计约六千三百余名。九月，官兵移营前进，杀伤苗人甚众。十月攻下乜告关口，招抚数十寨。十一月十一日，张广泗先取小丹江，仍受到千余苗民的抵抗，经过数日激战，官兵用大炮打死苗民多人，才得以突破阻击。随即以四路围打小丹江。十一月二十一日，下小丹江，其九股河、清江一带苗民见势亦多归附。十二月初三日，张广泗率兵攻大丹江，先有杨排等八寨来降，五日，又破桃绕等八寨。十一日，已迫七十余寨就抚，至十八日，大小丹江诸寨悉平。雍正七年（1729）十二月，清政府于大小丹江地置丹江厅，设理苗通判掌其事。

雍正七年（1729）以后，清政府决定对准噶尔部用兵，为此，加重了陕甘人民的负担。本来，甘陕人民在允禵、年羹尧、延信等人统治下已很贫困，再加此项军需，致使人民群众的不满情绪大增。在陕西，有人对雍正帝的政策表示怨恨，也有人公开指责。为了缓和这一矛盾，保证前方作战的顺利进行。雍正九年（1731）四月初八日，雍正帝派左都御史史贻直、礼部侍郎杭奕禄为宣谕化导使，率领翰林院庶吉士、六部学习人员，以及国子监肄业的选拔贡生等，带谕旨前往陕、甘二省“开导训谕”，以“觉悟愚蒙”。雍正帝谕示说：对准噶尔用兵用“奉天讨罪，除暴安民”，实属万不得已而为之。而厉兵秣马，诸务纷繁，“虽不敢取办于民财，恐不免借资于民力”。对陕、甘百姓之苦，朝廷已倍加优恤，曾多次蠲免钱粮。今陕西之议论，必有允禵、年羹尧等胁从之党从中煽动。百姓切不可听信小人摇唇鼓舌、诽谤朝廷之言论。如果“能笃尊君亲上之义，消亢戾怨怼之情”，必可使前线早日报捷，边塞永宁，二省人民亦可安居乐业。

雍正七年（1729），因准噶尔部首领噶尔丹策零屡次骚扰喀尔喀，而且藏匿青海叛军头子罗卜藏丹津，清政府决定出兵讨伐，以安定北疆。特命领侍卫内大臣傅尔丹为靖边大将军，屯阿尔泰，出师北路；川陕总督岳钟琪为宁远大将军，屯巴里坤，出师西路，分进合击。噶尔丹策零闻讯，施缓兵之计，于雍正八年（1730）五月，遣使入京，声称本欲将罗卜藏丹津解送朝廷，因闻清兵出动，暂行中止，如能赦其既往，愿听从清廷命令，解送逃犯。雍正帝见此，遂令暂缓一年进兵，要岳钟琪、傅尔丹回京议事，西路军务由副将纪成斌代理。纪成斌命副参领查廪领士卒万人驱赶驼马放牧于科舍图卡伦一带（位于哈密与巴里坤之间）。当时天已寒冷，查廪竟将牧放事委之部下五十人，自己却率众躲进山里避寒，而且终日置酒挟娼。十二月，噶尔丹策零遣宰桑祃木特率兵二万，突然袭击科舍图卡伦，劫掠驼、马十几万头。查廪逃遁，求救于总兵曹勷。曹仓猝出战，大败。清西路军总兵官樊廷，副将冶大雄等得报，率兵两千，与祃木特等激战七昼夜，救出了两处卡伦兵。后又合总兵官张元佑杀退准军，夺回大部分驼、马。雍正帝得知战况，令傅尔丹等速赴军营，准备讨伐噶尔丹策零。科舍图之战，使准噶尔贵族与清政府的关系又一次破裂，终于导致了大规模的武装冲突。

雍正七年（1729），在军机处建立的同时，清代的一项新制度――“廷寄”制度也同时产生了。“廷寄”是谕旨的一种下发形式。军机处代皇帝起草的谕旨，一种是先经过内阁，以次及于部院，层层下发，称为“明发”，这种谕旨无须保密。另一种需要保密的，则不经过内阁，由军机处本处密封，经驿站传递，直达收件人，称为“廷寄”（又称“字寄”、“寄信”）。“廷寄”的内容，均为机密要事，下发时，根据缓急程度，分为日行三百里、四百里、五百里、六百里，及六百里加快几种。经军机大臣张廷玉的规划，“廷寄”形成了一种制度。凡给经略大将军、钦差大臣、参赞大臣、都统、副都统、办事领队大臣、总督、巡抚、学政的叫“军机大臣字寄”，凡给盐政、关差、布政使、按察使的，叫“军机大臣传谕”。字寄、传谕封函的表面均注明“某处某官开拆”，封口处盖有军机处的印信。“廷寄”制度的建立，进一步加强了中央和地方的联系，使皇帝的意志可以畅通无阻地直达地方。

雍正七年（1729），清廷开始对准噶尔用兵，为保证这场战争的顺利进行，一切军政保密大事均需随时处理。于是，该年（1729）六月十日，雍正帝下令在内阁之外建立军机房，“其军需一应事宜交与怡亲王、大学士张廷玉、蒋廷锡密为办理。”这就是军机处的最初建立。雍正十年（1732）三月，改名“办理军机处”，简称“军机处”。它一成立，即取代了议政王大臣会议及南书房的地位，成为施政发令的中枢机构。军机处本为军务而设，非正式机务，军务结束即应裁撤，由于这个机构便于皇帝对军政大事的独裁，所以一经成立即常设不废。军机处设有军机大臣，一般为四、五人，以亲王、大学士、尚书、侍郎兼任，均由皇帝亲自任命。军机处的职责是“掌军国大政，以赞军务。”军机处的特点有二：首先是处理政务迅速，其次是办事机密。军机处的性质，决定了它地位的显赫。自从设立军机处，清代的皇帝就真正做到了朝纲独揽，集权于一身。

雍正七年（1729）四月，清政府决定废原四川天全六番招讨司，并于其地置天全州，隶雅州府。天全六番招讨司分正、副二司，分别由高氏、杨氏二土司世袭。在鄂尔泰主持西南诸省改土归流的过程中，川陕总督岳钟琪分析了天全六番招讨司的情况：其地界连雅州名山、芦山、荣经各县及黎州守御所等处，境内多汉民，语言、服食与内地无异，且民性淳朴，通晓文义，土地亦肥沃充裕。清政府推行改土归流的目的之一，是要在西南各省获得更多的经济利益。因此，岳钟琪指出：“似此地方，皆非土司所得独踞之乡。”又兼该土司高若璠、杨自唐二人骄奢淫佚，残暴贪婪，罪恶多端，民怨若沸，久愿归流。岳钟琪遂于雍正五年（1727）正月二十九日，奏请将天全土司改土归流，至七年四月得以实现。