雍正七年（1729），李绂因科甲朋党罪，被捕入狱。李绂，字臣来，江西临川人，康熙四十八年（1709）进士。授兵部侍郎，雍正二年（1724）授广西巡抚。因政绩突出，于雍正三年（1725）授直隶总督。四年（1726）三月，李绂在赴京路过河南时，听说河南巡抚田文镜曾先后以各种罪名参奏信阳州知州黄振国、汝宁府知府张玢、息县知县邵言纶、固始县知县汪諴、陈州知州蔡维翰，而黄、张、邵、江都是康熙四十八年的进士。有人说田文镜无关排斥士人，“不容读书之人在豫省做官”。因此，李绂当面斥责田文镜“负国殃民”之罪，随后又上疏参劾田文镜“贤否倒置”，信任“本属市井无赖”之人。雍正帝十分器重田文镜，但又怕他被属员欺骗，故将李绂所奏转告他，听取他的意见。田文镜非科甲出身，尤恶科目之人，遂于四月二十七日上疏，指出，言“市井无赖”之人，本人必为进士。六月，他又以黄、张、邵、汪都是同年进士，提醒雍正帝防止科甲朋党，实际是针对李绂而来的。李绂坚持已见，继续为黄、张、邵、汪等人辩护。雍正帝讨厌他的置辩，加以申饬，并将他调离直隶总督要缺，改任工部侍郎。同年十二月，以发生谢济世参劾田文镜事，其内容与李绂所言完全相同，这就引起了雍正帝的重视，于是提出要严厉打击科甲朋党，并于五年（1727）二月向大学士、九卿等颁布了打击科甲朋党的上谕。雍正七年（1729），谢济世因文字获罪再次受审，供出当年参劾田文镜用李绂指使。于是，雍正帝即以科甲朋党罪将李绂下狱。直到乾隆帝继位，才给李绂恢复官职。

雍正八年（1730）十二月，准噶尔部噶尔丹策零袭击科舍图卡伦清军后，双方矛盾日益激化。雍正帝立即派傅尔丹急赴北路军营，组织讨伐噶尔丹策零。雍正九年（1731）四月，傅尔丹率北路军进驻科布多。六月，噶尔丹策零命大小策零敦多布率准噶尔军三万，进攻清北路军，同时派两千人围困鲁克察克（今新疆吐鲁番东南）、哈喇和卓（今新疆吐鲁番东南），以牵制西路军。六月十七日，准噶尔军有人至傅尔丹军营诈降，诡称：噶尔丹策零大军未到，仅有小策零敦多布率军“不过一千”，驻于距清营仅三日路程的察罕哈达，而大策零敦多布因途中有病，留驻和博克山。又散布：噶尔丹策零因与其妹夫不和，发生冲突，为其所败，所以大军未至。对于这些自相矛盾的消息，傅尔丹不加核实，以为机会到来，一面上奏朝廷，一面准备进攻。雍正帝接到情报后，命令大学士等转告傅尔丹，对各种情报“务加详审”，不可贸然行动。此时，北路军副都统定寿、永国、海兰等人也相继劝阻，但傅尔丹一意孤行，发兵一万，分三路进军。噶尔丹策零见傅尔丹就范，先以少量兵力及牲畜引诱清军前锋，而将主力二万埋伏于博克托岭山谷中。傅尔丹不知是计，冒昧趋进，及行数百里，仍不见准军营垒。七月五日，听说准噶尔军两千，驼马万余屯于博克托岭，遂派参赞苏图率兵三千往剿，以丁寿统兵一千五百为后援。先锋部队行不数里，忽“闻笳声远作，毡裘四合，如黑云蔽日”，喊杀之声山呜谷应，早已埋伏在此的二万准噶尔军立即把清军先锋部队围困于博克托岭山谷之中。傅尔丹闻讯，又派六千兵往援，此时先锋部队已伤亡惨重，溃不成军。于是清军移营和通泊（距科布多西二百里）。准噶尔军乘势掩击，包围和通泊，激战之后，清军且战且退，准噶尔军一路追杀。待傅尔丹逃回科布多，仅存二千人，副将军巴赛、查弼纳等俱战死。事后，傅尔丹被降职。

雍正八年（1730）六月，雍正帝在派使团赴俄国彼得堡祝贺彼得二世即位的同时，又派出一随队使团到伏尔加河地区慰问土尔扈特部。这支随队使团共二十人，以满达伊为首。他们在到莫斯科后，即转赴伏尔加河地区了解、探望、慰问土尔扈特的人民，为他们带去了祖国的温暖。雍正九年（1731）夏，雍正帝再次派出以班第巴依、昂邦纳依室、色楞格等人为首的一行五十三人的使团，前往伏尔加河地区慰问土尔扈特部。由于沙俄政府惧怕清政府加强同土尔扈特部的联系后不利于他们对土尔扈特部的控制和奴役，遂在使团到达恰克图后，断然阻止使团前往，致使这次出使半途而归，未得成行。

雍正八年（1730）五月初四日，怡亲王允祥病故。允祥自雍正七年（1729）十一月患病后，雍正帝倍加关怀。五月初四日，雍正帝闻知允祥病危，急赴王邸，待至，允祥已故。雍正帝悲恸不已，左右大臣恳请节哀，乃回宫。翌日，再临怡亲王丧礼，奠酒举哀，并辍朝三日。雍正帝之所以对这位兄弟有如此深的感情，是因为允祥在所有兄弟中是最忠实于他的。允祥是康熙帝的第十三子，雍正帝登极之后被封为怡亲王。由于雍正帝认为允祥“廉洁奉公”，遂于雍正元年（1723）命总理户部，开亲王管部之先例。在雍正初年打击允禩集团的斗争中，允祥一直是支持雍正帝的，这不得不使雍正帝倍感亲近。雍正三年（1725），直隶水灾，允祥奉命往勘，十二月上疏，建议兴修水利，设营田，被采纳，遂负责总理京畿水利。在他的督率下，直隶水利工程颇见成效，营田也取得很大成绩。雍正四年（1726），雍正帝赐亲书“忠敬诚直勤慎廉明”榜，并对群臣说：“怡亲王事朕，克殚忠诚，职掌有九，公而忘私，视国如家。在朝诸臣，‘忠勤慎明’尚多有之，若‘敬诚直廉’，则未能轻许”。后来又给允祥增仪仗一倍。雍正七年（1729）六月，允祥受命办理西北两路军机。十一月即患病。雍正帝在允祥患病期间，曾为其寻名医治病，待死后，又破格为其办理丧事。他本人素服一个月，又命诸臣常服，宴会一律不许举行。同时恢复其原名为“胤祥”（雍正帝登极后，诸兄弟均将“胤”字改为“允”字），许配享太庙，并批准白家疃等十三村民为其建祠之请求，拨官地三十余顷为祭田，免租赋。

雍正八年（1730）十月，署理广东巡抚傅泰看到《大义觉迷录》中，记录曾静门徒张熙供词中提到有一《屈温山集》，亦属反清著作，因而想到了广东的一位著名学者屈大均。屈大均，号“翁山”。傅泰认为，“温山”、“翁山”，虽字有别，但音相同，必为一人，遂下令查找屈翁山文集，后果于书肆购得屈翁山文集、诗集、文钞诸书。经查阅这些诗文集，发现其中凡遇到明朝称呼之处俱空抬一字，以示尊重，而对清朝，则“多有悖逆之词，隐藏抑郁不平之气”，于是案发。当时屈大均已死三十余年，傅泰密令拘捕其子屈明洪（时任惠来县学教谕）。十月十六日屈明洪闻讯投案自首，交出所存其父诗文及刊板，请正典刑。傅泰以此为线索，严加审讯，并于十月十九日，将审讯结果和屈大均诗文集上报雍正帝。后经刑部核议，按大逆律问罪，将屈大均戮尸枭示，其诗文集全部毁禁，雍正帝因屈明洪能投案自首，决定减等论处，流放福建。

雍正八年（1730）十月初二日，雍正帝下令处死为他看病的道士贾士芳。贾士芳曾为京城白云观道士，雍正七年（1729），经怡亲王允祥推荐，被雍正帝召见，但因其无用而遣出。雍正七年冬，雍正帝患病，至雍正八年夏，病情更重，于是向其心腹田文镜、李卫、鄂尔等人秘密发出谕旨，要他们寻求好医生推荐，并说，即使“推荐非人，朕亦不怪，朕自有试用之道。”这时，贾士芳已在河南，雍正八年六月被李卫密加推荐。雍正帝遂命田文镜把他送至京城。七月，贾士芳进宫之后，“口诵经咒，并用以手按摩之术”为雍正帝治病。开始很见效果，雍正帝本人亦认为“调治有效”，对贾道士大加赞赏。不料，贾士芳得宠不过两个月，雍正帝竟宣布他为妖人左道，并说他要用妖术控制自己的健康，“其调治朕躬也，安与不安，伊竟欲手操其柄”。于是，下令治其罪。十月二日，诸王大臣奏请将贾士芳凌迟处死。雍正帝改为立斩，其亲属监候，妻女由地方官严行看守。

古州于雍正七年（1729）十二月建厅之后，清军即在古州三保地方建营，占去了一些苗寨土地，引起了苗民的不满。云贵广西总督鄂尔泰认为：三保地区只经招抚，未示以威，今日又就其地而建营，苗民岂能帖服。他的态度是“防猫亦如防虎”。于是命令营兵声言撤兵，造成空营之状，引诱苗民进攻，以图重创之后而求地方长久之安。但苗民并未攻营。雍正八年（1730）六月，鄂尔泰接到报告，有定旦寨苗民“伏草伤人”等事，遂派兵进剿，于是引起了苗民的反抗。他们将道路堵塞，在地上插上桩签，与进剿的官兵相对抗。清军用枪炮袭击，杀伤苗民无数，而且将斩获首级悬挂营门示众。经过激烈战斗，清军平定旦寨，随即平定与定旦寨互为声援的来牛寨。经过一个月的进剿，至同年七月，清军完全平定了三保地区，同时收缴苗民收藏的鸟松、炮、标枪等武器。

雍正八年（1730）五月下旬，江苏省崇明县发生了一起佃农集体抗租事件。崇明县地主对于佃农的盘剥，名目繁多，每年除收取夏、秋两季地租外，还要加收所谓轿钱、折饭、家人杂费等项目。佃户不堪其苦，矛盾日趋尖锐。为缓和地主与佃农的矛盾，稳定地方，崇明县知县祖秉震于雍正七年（1729）下令禁革一切杂派，并立碑，刻禁令于碑上。雍正八年五月，麦收之后，地主催收麦租，迫使佃农反抗。花沙、海梢等村佃农发起抗租运动。他们以祖秉震之禁令为据，聚众鸣锣到新开河市镇，动员商贾罢市，得到商贾的支持，当地巡检前来阻挠，被愤怒的佃农赶跑。知县祖秉震表示：抄抢富户，本知县不管。一时，佃农声势大震，有位读书人叫夏君钦，还撰写了传单，贴于街市，揭露大地主施大受与崇明镇总兵施廷专联宗，馈送金帛美女，仗势欺人，勒逼佃户交租。江苏巡抚尹继善、浙江总督管江苏盗案的李卫马上将此事上报朝廷。雍正帝一方面认为，佃农聚众抗租之风不可长，一方面也指出，施廷专年少轻浮，传单所揭之事或许有之。最后，此案之处理，一方面将佃农中之为首者朱锁等四、五人逮捕法办以示儆，一方面将施廷专调离崇明，以缓和矛盾。至此，事态得以平息。

雍正九年（1731）九月以后，准噶尔军屡次受挫。但噶尔丹策零仍不甘心，总想侵占喀尔喀，扩大自己的势力。雍正十年（1732）六月，他派小策零敦多布率兵三万抢劫喀尔喀游牧地。清廷闻讯，令将军塔尔岱及喀尔喀亲王额驸策凌于本博图山一带拦击。噶尔丹策零得知额驸策凌不在游牧地，遂派兵潜袭塔密尔河的额驸策凌牧地，攻破其寨，掳其妻子儿女，并抢夺牛羊数万。额驸策凌得知消息后，怒不可遏，“割辫发及所骑马尾，誓以复仇”。他一面派人送信给靖边大将军锡保，请清军夹攻，一面自率蒙古兵二万回救。他利用夜间行军，且绕出山后，待黎明时，自山上直冲而下，杀声震天。准军毫无准备，梦中惊醒，仓促起身，人不及甲，马不马鞍，尽弃军资，夺路而逃。额附策凌派兵紧追不舍，转战十余次，追至鄂尔浑河边的额尔德尼昭。额尔德尼昭是喀尔喀大喇嘛哲布尊丹巴胡图克图驻地。因产金银，故名，意为“宝寺”。汉籍文献称“光显寺”。寺右面山，寺左临河，且道路狭窄，额驸策零先派人据山扼险，又命满军背水而阵，蒙古军布于河北，亲率劲旅万人伏于山侧。待准噶尔军败退至此，伏兵四起，乘势冲杀。准军大乱，弃甲四窜。额驸策零指挥将士奋勇杀敌。此役击杀准军万余，尸满山谷，河水尽赤。小策零敦多布乘夜突围西窜。光显寺之战，使准噶尔部遭受了极其惨重的损失，对噶尔丹策零也是一次严重的打击。由于形势所逼，噶尔丹策零于雍正十一年（1733）底向清政府求和。清政府鉴于连年用兵，也准备休养生息，遂于雍正十二年（1734）八月遣使赴准噶尔，希望其部与喀尔喀划清游牧界，永息兵戎。

雍正九年（1731）七月，和通泊战役后，清廷授顺承郡王锡保为靖边大将军。噶尔丹策零因和通泊战役中获胜，遂滋长了骄傲情绪。不久，又以大小策零敦多布率兵屯驻哈喇额尔齐斯河和华额尔齐斯河。八月十一日，更跨额尔齐斯河，至索尔毕乌拉克沁地方，留兵四千，作为后援，而令大小策零敦多布率兵二万六千进窥科布多。因科布多清军防守严密，遂抵克尔伦，企图进攻喀尔喀。令海伦鄂勒锥及小策零敦多布之子曼济各领兵三千，劫掠克尔伦、鄂尔海、喀喇乌苏（在科布多东南）。大策零敦多布屯兵苏克阿勒达呼。九月二十日，靖边大将军锡保命喀尔喀亲王丹津多尔济及额驸策凌率兵截击。二十一日，丹津多尔济和额附策凌遣台吉巴海率轻骑六百夜袭大策零敦多布营垒，诱敌深入。结果，大策零敦多布果然派兵追击，被诱至鄂登楚勒大营。丹津多尔济和额驸策凌列阵接战，战斗自辰至午，异常激烈，后准噶尔军伤亡惨重，被迫撤退。二十五日曼济等也被击败。于是，噶尔丹策零率准噶尔军自哈卜塔克、拜塔克一路逃遁。