乾隆四十六年（1781）七月三十日，甘肃捐监冒赈案要犯勒尔谨、王亶望等被处以死刑。还是乾隆三十九年，陕甘总督勒尔谨请求甘肃捐监，得到乾隆帝批准。甘肃布政使王亶望被委以开揭收粮重任。不料勒尔谨、王亶望等人相互勾结，他们把监生交纳的监粮折色银据为己有，然后又以每年因旱灾赈济的名义，将这些银两冒销。这样，监粮银便全部落入王亶望等官员手中。苏四十三起义发生后，阿桂等屡次奏报军情，都谈及因雨水太多而延滞用兵，这引起乾隆帝警惕，怀疑过去甘肃边年奏报旱灾有限，便命人仔细访查办理。于是，甘肃官员营私舞弊案全部暴露。勒尔谨、王亶望一伙通过捐监冒赈侵吞上千万银两。此案涉及到总督勒尔谨、布政使王亶望，兰州知府蒋全迪，还牵连到知县、署知县六十三员，知州五员，同知三员，通判五员，县承二员，共计侵盗银两一千两以上的甘肃省府州县官员，有一百零二人，二万两以上的有二十人，一万两以上有十一人，一千两至九千两的有二十六人，最多的吞银至九万两。案发后，勒尔谨被命自尽，王亶望立即处斩，王廷瓒（接任甘肃布政使）绞监候。此外，侵吞二万两以上的二十人也立即正法，一万两以上的十一人斩监候，一万两以下的也判斩监候，总计陆续正法的有五十六名贪官，免死发遣的有四十六人。

乾隆四十六年（1781）三月十八日，苏四十三率众杀死河州副将新柱、知府杨士玑，攻占台堡，发动反清起义。先是甘肃安定（今定西）人马明心在回教中创立新教，后到循化（今青海循化）撒拉族中传教，因新旧教冲突，被逐回籍。不久，马明心又潜回撒拉族传教，新旧教又生事端。旧教首到省控告，总督勒尔谨派兰州知府杨士玑、河州副将新柱带兵前往查拿新教首。新教苏四十三等人扮成旧教迎接新柱，新柱宣布官府为旧教作主，新教不遵约束即斩尽杀绝。于是，苏四十三等人乘机起义。二十一日，苏四十三率众攻占河州城（今甘肃临夏东北），放出监犯后，又进逼兰州，占领城西南华林山。清政府命大学士阿桂、尚书和珅、蒙古亲王拉旺多尔济、领侍卫内大臣海兰察等前往镇压；还宽宥李侍尧罪，令其署陕甘总督，驰赴兰州。四月初六日，清军收复河州，遂集兵兰州。苏四十三等率众在华林山设寨坚守。六月十五日，阿桂等命清军四面环攻，推土填壕，破栅断水，还抛投火弹。寨破，起义军粮尽矢绝，寡不敌众，激战中苏四十三等英勇牺牲，余部退守华林寺。七月初六日，清军火烧华林寺，起义军士卒全部牺牲。苏四十三起义失败后，清政府令设立乡约，禁止新教，分段管辖，具结担保，以加强对回族地区的统治。

乾隆四十七年（1782），官修《皇舆西域图志》编成。该书由傅恒等奉敕撰，始纂于乾隆二十一年，至二十七年完成初稿。乾隆四十七年，又由英廉等修改增订。全书正文四十八卷，另有卷首四卷，共五十二。卷首是乾隆帝接见卫拉特蒙古、哈萨克、柯尔克孜等族贡使、王公贵族的题咏和记事。正文分别图考、列表、晷度、疆域、山水、官制、兵防、屯政、贡赋、钱法、风俗、音乐、服物、土产、杂录等十九门。卫拉特蒙古各部系谱，风俗、出产、用物、音乐、准噶尔部用官制全部载入。此外，还有乾隆帝御制《准噶尔全部纪略》、《土尔扈特全部归顺记》、《优恤土尔扈特部众记》等文。

乾隆四十七年（1782）七月十四日，乾隆帝命馆臣编辑《河源纪略》一书。本年春，因河南省青龙冈漫口，合龙未成，乾隆帝乃派大学士阿桂子、乾清门侍卫阿弥达前往青海，探查黄河源。事竣，阿弥达返回复命，并据按定南针绘图具说呈览。阿弥达奏书中说：星宿海西南有一河，名阿勒坦郭勒，蒙古语即黄金河，此河实系黄河上源。其水色黄，回施三百余里，穿入星宿海，自此合流至贵德堡，水色全黄，始名黄河。在阿勒坦郭勒西，在巨石高数丈，名阿勒坦噶达素齐老，蒙古语即黄金北极星石，其崖壁黄赤色，壁上为天池，池中流泉喷涌，为分百道，全是金色，入黄金河，此则真黄河上源。乾隆帝览奏后，认为所奏河源非常明晰，纠正了康熙四十三年侍卫拉锡关于河源即星宿海的说法。乾隆帝谕示四库馆总裁，督同总纂等，悉心纂办，将御制河源诗文冠于卷端，凡蒙古地名人名译对汉音的，均照改定正史，详晰校正无讹，颁布刊刻，并录入四库全书，以昭传信。乾隆四十九年七朋，《河源纪略》编成，共三十六卷，绘图列表，考古证今，杂录沿河所见风俗、物产、古迹、轶事。不过，该书以星宿海西南阿勒坦噶达素齐老上之天池为黄河源，仍然有误。

乾隆四十七年（1782）正月二十九日，《四库全书》告成，有关人员受到乾隆帝嘉奖。自乾隆三十八年《四库全书》开馆，历时十年，四库馆员先后总计有四千一百八十六人，所辑书籍按经、史、子、集四部排列，共收书三千四百六十一种，七万九千三百零九卷。第一份《四库全书》缮写告成后，又陆续缮写六份，分别藏于紫禁城文渊阁、圆明园文渊阁、盛京（今沈阳）文溯阁、避暑山庄文津阁、镇江文宗阁、扬州文汇阁和杭州文澜阁，另有副本一部藏于北京翰林院。

乾隆四十七年（1782）八月初十日，颙琰次子旻宁出生，母喜塔腊氏。旻宁后为清宣宗道光皇帝。

乾隆四十七年（1782）春，御史钱沣上疏弹劾山东巡抚国泰与布政使于易简说：国泰贪纵营私，勒索属员，遇有升调，惟视行贿多寡，以致历城等州县亏空或八九万或六七万之多。布政使于易简，也纵情攫贿，与国泰相同。国泰，满洲镶白旗人，四川总督文绶之子；于易简，为大学士于敏中弟，对国泰极为奉承。四月初四日，乾隆帝读过钱沣奏疏后，立即命尚书和珅、左都御史刘墉和御史钱沣前往查办。和珅与国泰关系密切，因此极力袒护国泰。钱沣对此十分清楚，便先数日微服至良乡，见和珅仆役骑肥马往山东送快经过，暗下记住其容貌，待他回来时，便喝令左右搜其身，果然得到国泰写给和珅的私信，言及已借银填库备查等情。钱沣立即持该快上奏。和珅知预谋败泄，查办时不敢再懈怠徇情。七月初八日，以国泰、于易简亏库银二百余万两，乾隆帝命他们在狱中自尽。此后，和珅深恨钱沣，终于在乾隆六十年将钱沣毒死。

乾隆四十七年（1782）初。乾隆帝观看浙江解京的原浙江巡抚、甘肃布政使王亶望的查抄家产，发现呈览物件大多不堪入目，与这位赀财多达三百余万两的大贪官很不协调，顿起疑心，感到其中大有问题，便命新任浙江布政使盛柱留心察访。不久盛柱奏称，查出王站柱底册不符，抽换显然。乾隆帝又派大学士阿桂亲往浙江，传问王站柱。据王站柱称：查抄王亶望赀财时，会同府县佐杂，每日亲往点验，交府县各官收管，金约有四千数百余两，银约有二三万两，玉器甚多，当即造有三分底册，一分呈送总督，其余两分分存藩司、粮道衙门。王站柱还说：查办时，总督陈辉祖曾吊取备用物件阅看。陈辉祖这时也上奏辩解说：以银易金之事，系在查抄王亶望家产时，布政使国栋面禀商换，并言及金色低潮，恐解京转难适用，不如易换争两，较为实际，我便同意了。不料国栋在供词中，承认以银换金，偷换朝珠，皆陈辉祖主使。最后经过反复审讯查证，陈辉祖终于承认，在查抄王亶望家产时，他以四五万两白银盗换了价值九万余两的黄金，纯获利白银四五万两。这些银两已交其妻舅中兆（山仑上下结构），令开典铺生息；还有杂色金一千余两，嘱其易银营运。同年十二月初二日，陈辉祖以“盗臣”之名被判为斩监候，有关人员发往河南省河工效力赎罪。乾隆四十八年（1783）二月初三日，又因查明陈辉祖贻误地方，武备废弛。仓谷亏空，被乾隆帝令其自尽，以为封疆大臣废弛地方者戒。

乾隆四十八年（1783）十月二十五日，乾隆帝谕示国史馆，用《贰臣传》例，编纂《逆臣传》。他说：修国史是为了彰善瘅恶，信今传后。前代诸史，皆由后世史官编纂，胜朝事迹，历年久远，烟没失传，以致网罗散佚，采及稗官，褒讥好恶，任意轩轾，率无定评，不如及早衰集，免致闻见失真，传疑袭误，他还说：国史体例与历代史不同，馆臣纂辑，应据事直书，不用分别各门。比如忠烈廉孝，以及奸臣宦官，历代皆附入列传，我朝并无此等事。只有《贰臣传》一门，前经降旨，另编甲乙，是我朝开创所有。这是扶植纲常，为世道人心之计，自应另立专门，以存直道。至于叛逆诸臣，如吴三桂等，也应明正罪状，另立一门，以昭斧钺之严。于是，乾隆帝命国史馆官员，利用实录以及军机处档案，将乾隆四十年以前的满汉臣工、宗室王公、蒙古王公中的叛逆者，编为《逆臣传》，陆续进呈，钦定成书颁行，并写入四库全书，垂为信史。

乾隆四十八年（1783）十月十九日，乾隆帝命辑《古今储贰金鉴》。他说：历览前代建储之弊，及我朝家法相承，于立储一事不可行，已明降谕旨，宣示中外。至史册所载，因建立储贰酿成事端的，不可枚举。应当勒成一书，以昭殷鉴。于是，他命皇子等同军机大臣，及尚书房总师傅等，将历代册立太子事迹，有关鉴戒者，采辑成书，陆续进呈，以皇孙等师傅誊录，书成后即名《古今储贰金鉴》。