至正元年(1341年),在中书右丞相脱脱的主持下,元廷开始至正新政。脱脱等对朝政大行更张,但凡有行之不便的事,都在宫中集会议政。每当此时,欧阳玄都直言无忌,如对恢复科举一事,他不顾反对意见,极力赞同。此后不久,欧阳玄南归,又被起复任翰林学士,但因病未行。
至正三年(1343年)三月,顺帝下诏修辽、金、宋三代历史,以脱脱为都总裁,欧阳玄与中书平章政事铁木儿塔识、中书右丞太平,御史中丞张起岩、侍御史吕思诚、翰林侍讲学士揭傒斯等同任总裁官。 在编修三史过程中,欧阳玄起到了重要的作用(详见“主要影响-史学”部分)。 欧阳玄为官四十余年,先后六入翰林,两为祭酒,两任贡举主考官,以史学成就最为突出,同时也以诗文闻名天下,因其学识渊博,文绩卓著。
至正五年(1345年),顺帝因欧阳玄历仕累朝及修三史有功,越级擢升他为翰林学士承旨。 但在不久后,欧阳玄便请求致仕,未被允准。经御史台奏除,他被任命为福建廉访使,行至浙西时,便因病发而退休去职,一副“南山隐居,优游山水之间”,将以此终老的姿态。此后,顺帝又拜欧阳玄为翰林学士承旨,被他极力推辞。尽管如此,欧阳玄还是接受了裁定国律的任务,随后又恳请致仕,顺帝不得已,才特命他以湖广行省右丞之职致仕,并赐白玉束带,终身赏俸。将要成行时,顺帝又降诏挽留,重新授他为翰林学士承旨,进阶光禄大夫。