明万历二十二年（公元1595年）丕扬诏拜吏部尚书。史评“挺劲不挠，百僚无以敢私干者”。为杜绝在“大计外吏”或是选拔官吏中的“中贵请谒”，而改革铨政，创“掣签法”，遇“大选急选，悉听其人自掣，请寄无所容”，“一时选人盛称无私”。
明万历二十三四年（公元1596年）皇帝多晏居深宫，于朝臣壅隔，一派怠惰疲惫的迟暮景象。尤甚者则不视朝，不御讲筵，不亲郊庙，不批章疏，甚至不补中外缺官。吏部尚书孙丕扬上疏说：“数月以来，廷推搁矣，行取停矣，年倒废矣。诸臣中或以功高优叙，或以资深量迁，或服阕而除补，或覆题而注授，其生平素履原不在摈弃之列，乞体因政设官之意念国步多事之时，将近日推补官员章疏简发，间有助拟未当，亦乞明示别推酌补。”其词气近乎哀求，委婉劝谏，然而结果是“疏入不报”，没有激起一点反响，君权懒倦的迟暮气象依旧，给以后的阉党弄权埋下祸根。
