方岳贡于天启二年（1622年）中进士以后，任户部主事，虽为小吏，但肩上的担子可不轻，“历典仓库，督水平粮储”，在当时的农耕社会，管理着粮食储备，绝对是一个“肥差”，但他没有因为手中有权，就丢失读书人的本色，而是“以廉谨闻”。 崇祯元年（1628年），方岳贡出任松江知府。那时，滨海防御并没有引起朝廷的特别重视，滨海多盗，严重扰乱了居民的安全。官府人手有限，难以全面清剿盗贼，方岳贡采取“重拳出击”措施，“捕得辄杖杀之”。 方岳贡深得人心的举措，是修建了石塘，并以此名垂青史，让上海人民至今铭记于心。 崇祯六、七年（1633—1634年）间，松江漴阙一带阻挡海潮的土塘连溃五次，海水涌进成片的农田使之成为“斥卤”，当地居民人心惶恐。灾难发生时，方岳贡觐见朝廷刚刚回来，一下轿子，即召集当地的士绅商量对策。方岳贡认为，必须重巩堤防，但仍然筑土塘的话，则等于把大量钱财丢到海里，提出仿照盐官的办法改建石塘。但在场的士坤害怕增加经济负担，强调筑石塘有三难：一是石塘费用昂贵；二是石塘在技术上比土塘要求要高；三是“海势不可与争”，主张内徙退筑土塘。方岳贡说，内徙等于让地于海，遂力排众议，决定建造石塘。 这是上海地区也是整个江南海塘的第一座石塘，方岳贡极端重视，亲自到溃塘处环塘审视，度量地势，召集本地石工听取意见。听说有个举人吴嘉允，是成化年间帮助巡抚毕亨筑海塘的工匠吴武的后代，自幼学得真传，对海塘颇有研究，方岳贡亲自到吴嘉允的家里拜访他，并聘其为塘董，全力支持他的合理设计。这还不说，他又派人从盐官那儿请来两名有经验的石工，亲自参与估算工费。 为了筹集经费，方岳贡每天驾一叶小舟，到处劝募，并制定“富户有田百亩者，一律劝输每亩银八厘，以供筑塘之用”的政策，这种办法以后成为制度，一直延续到清初。在筑塘过程中，方岳贡革除弊端，不许衙门、公差层层克扣，并随时访问督工人员，检查发出的银两是否全部给领，使石塘工程顺利完成。 普通上海人在博客上记载，方岳贡所筑石塘为大德塘，西起杨公庙，东至奉贤区漴阙，全长4.19公里。当地老百姓为感谢方岳贡修建石塘，专门建造了“报功祠”，一直到今天，还有村民祭拜方岳贡。 工程完成以后，有人挟私嫌诬告方岳贡贪污银子三千两，使他被捕入狱，许多老百姓拥至官府为他辩冤，最后朝廷查明确无此事，又恢复官职。 入狱一事，非但没有辱没方岳贡的名节，反而提高了他的声誉，当时的给事中方士亮，向崇祯帝推荐了方岳贡以后，方随即被提拔为山东副使兼右参议，负责江南的粮食储运。他督办漕运船只，如期抵达通州，给崇祯帝留下了深刻印象。 吏部尚书郑三俊推举全国五个廉能监司，方岳贡名列其中，这又一次引起崇祯帝的重视，他召见方岳贡，问：“为政何先？”方岳贡答对如流：“欲天下治平，在择守令；察守令贤否，在监司；察监司贤否，在巡方；察巡方贤否，在总宪。总宪得人，御史安敢以身试法？”崇祯非常赞成方岳贡的看法，大喜之下，赐玉宴于方岳贡，并一直吃到日落时分。六天以后，“即超擢左副都御史”。 新任官吏必须觐见皇上，这有点类似于今天的组织谈话，左副都御史方岳贡去见崇祯时，皇上正拿话诘问吏部尚书李遇知，这人挨了皇上的训，大气不敢出，只说：“臣正纠驳。”方岳贡插言道：“何不即题参？”这话又一次迎合了崇祯，仅仅隔了一天，即“命以本官兼东阁大学士”，时崇祯十六年（1643年）十一月。方岳贡开创了明代“阁臣带御史衔”的先河，由此也可以看出崇祯帝用人心切，振国家于危难的急切心理。 崇祯十七年（1644年）二月，方岳贡提拔为正一品官吏，任户、兵二部尚书兼文渊阁大学士，总督漕运、屯田、练兵诸务。