黄克晦，字孔昭，号吾野，福建惠安人，明嘉靖三年(1524年)生。曾祖父黄文爵，是位读书人；祖父黄汉渊经商，为人慷慨；父黄元曦，好读书，善鼓琴，精医道，是个胸有大志又不拘细节的名士。由于家庭的熏陶和父亲的教诲，加上自己资质聪慧，黄克晦小时读书“即出惊人语”，并且酷爱绘画，时常在沙上作画。十多岁时，跟父亲到永春，得到一位李姓藏书家的赏识，到其家博览群书。于是沉酣于图籍之中达10年之久，获得丰赡的学识。