天顺四年(1460年),王恕因政绩突出,被越级提升为江西右布政使,在任内平定赣州寇乱。明宪宗朱见深即位后,下诏命大臣严格地考核天下官员,罢免了河南左布政使侯臣等十三人,而以王恕接替侯臣。
弘治元年(1488年)闰正月,言官弹劾两广总督宋旻、漕运总督丘鼐等三十七人应该降职免职,这其中有很多向来有名望的官员。刘吉竟然直接领旨予以批准,奏章不下到吏部。王恕因为不能行使其职权,上疏请求离去,孝宗不批准。陕西缺巡抚,王恕推荐河南布政使萧祯。孝宗下诏另外推选,王恕坚持上奏说:“陛下不因为臣不成器,任臣就职吏部。如果臣所举荐无效,是臣的罪过。现在陛下怎么知道萧祯不才而回绝?想必是左右近臣意有所属。臣不能指望以顺风倒来保住官位。陛下既认为萧祯不值任用,则是认为臣不值任用,希望放臣回乡以保全臣这把老骨头。”孝宗终于任用萧祯。