中统元年庚申（1260年），刘因随父亲迁往真定， 师从北方名儒砚弥坚，学业大进，同学中无人能及。砚弥坚不仅才华出众，而且慧眼识人才，在他所教学生之中，力推刘因，预言刘因会成为名儒。

至元十一年（1274），元朝下诏伐宋；大军浮汉入江，水陆并进，顺流而下。不到两年，宋亡。刘因颇伤宋朝为奸臣所误，拘留元朝国使以挑兵衅，终致国亡，遂作《渡江赋》以哀之。他曾欲南游江湖，览观南宋诸先儒名迹，但未能成行，反而北上易州（今河北易县），到当时辞官家居的何玮家馆课授徒。何玮曾参与伐宋之役，藏书中有不少是从南宋旧境携回的理学书籍，这些书在北方不易搜寻，刘因教书三年，得以实现“馆于藏书之家而肆其检阅”的宿愿。  

至元十九年（1282），权倾一时的阿合马被杀，元廷的政治斗争形势发生了变化。被蒙古、色目和汉族高级官僚中的汉法派所一致拥护的新政治领袖、太子真金，更加积极、直接地参与各种有关的政治活动，一时间在汉族士人中引起对于“朝政更新”的强烈乐观情绪。由于士大夫对刘因多所称誉，名声越来越大，丞相文贞王不忽木尤其极力荐举，太子真金下诏，征刘因入朝，授给他承德郎、右赞善大夫的官职（五品）。这时的朝野对真金改革朝政的过度希望，无疑也感染了刘因，且真金甚重儒臣，关怀备至。刘因受教之后，便与使者通行。当时，真金在宫中建立大学，原由赞善王恂执教。刘因入朝时，王恂刚刚去世，于是就接替他的职位，教授宫廷子嗣读书。刘因一介儒生，教授乡里，忽然受到朝廷的征聘，一跃而成为朝官，且成为大学的教授，这表明，刘因此时在学问上已经成熟，并有相当建树，是以声名远播。刘因入朝为时不长，因继母病重，辞官归家。第二年继母去世，依当时风俗，刘因要居丧守孝，为官的事遂被搁置。  

至元二十八年（1291年），刘因四十三岁。元世祖忽必烈杀权相桑哥，“朝政又一更新”。又有朝臣荐举刘因，忽必烈下诏以集贤学士、嘉议大夫征召刘因，这个职位属于"三品清要之职"，授给一个平民，在当时是被人看作"不次之宠"的。但此时的刘因，身体已经恶化到"不能扶病而行"的地步，且不愿再仕，于是上书"以疾固辞"，写下了著名的《上政府书》（一名《上宰相书》）表明心迹。  上疏呈至朝廷，忽必烈甚感遗憾，惋惜地说：“古时有不肯受召的臣子，就是这样的人吧。”