元仁宗延祐初年，刚恢复科举，他在乡、会两次考试时，皆中第一。廷试为第二，授应奉翰林文字，拜监察御史，官职做到御史中丞官。与袁桷、王士熙等互相切磋文字，相交甚密。元仁宗在位已久，独居东宫常饮酒过度，不理朝政。马祖常上书奏请元仁宗：“以天地祖宗为重，御正衙、立朝仪，御史执简，太史执笔”提出十五件事，一一说明，屡屡建议。不久，成为皇太子慎简的师傅。又上奏，弹劾丞相铁木迭儿十大罪状，元仁宗震怒，一下撤掉他的宰相官位。后来，又上奏，说泰州地动山摇是由于“在野有当用不用之贤，在官有当言不言之佞”。疏闻，大臣皆家居待罪。又因奏疏而降罪。多次因弹劾、举荐获罪，可知马祖常“荐贤拔滞，知无不言”。不久改任宣政院经历，一月有余，辞职归乡。而后，又起用为社稷署令，改任开平县尹。由于奸臣当道，马祖常退隐潜居光州。奸臣死，马祖常又任翰林待制。泰定年间，立太子，马祖常担任典宝少监、太子左赞善，不久，任礼部尚书兼翰林直学士，因老人去世，在家中守丧数年，复出做官，再任礼部尚书、右赞善，不久又辞官归乡。