朱文科（？－？）字以选。莆田人。嘉靖三十四年（1555）福建乡试黄懋冲榜举人。官大名府东明（今属山东）知县，县治有声，隆庆二年（1568）建东关、北关石桥。隆庆四年（1570）八月选授山东道试监察御史，多有勘验报奏，万历元年（1573）八月改巡按应天等府，转浙江道。万历六年（1578）十二月，命巡视京营。出任苏州府知府，兴水利，万历九年（1581）十月以苏郡四门官塘竣工，开俸优奖。万历十三年（1585）十月升浙江参政，十六年正月迁云南按察使，分巡洱海道。