光绪九年（1883）八月廿二日，朱一新上《请速定大计以耆危局疏》，请求坚决抗阻法军侵越。
光绪十年（1884）九月初七，单独上《敬陈管见疏》，提出加强防务、抵抗入侵之策略。
光绪十一年（1885）冬，朱一新任陕西道监察御史，职司言官。
光绪十二年（1886），朱一新上《敬陈海军事宜疏》，提议将胶州建成海军基地；闽粤添置水陆学堂，训练储备人才，这些议论颇受当时有识之士赞赏，但未被掌权者采纳。八月十四日，朱一新上《预防宦寺流弊疏》，慈禧阅表震怒，诘问“深宫或别有不得已之苦衷”是什么意思？一新上《明白回奏疏》，进一步揭露李莲英恃宠而骄、妄自尊大的罪过。慈禧将朱一新降职为六部主事候补。直言受责，朱一新就以母亲患病为由请准回乡。当时因此举被誉为“真御史”。
光绪十三年（1887）八月，应两广总督张之洞函聘至广东，主讲肇庆端溪书院两年。
光绪十四年（1888），德庆州牧杨文骏以志事过属，遂任《德庆州志》主纂，发例播辑长编，端溪书院学生黎佩兰等协助。整顿星岩书院，立章程。
光绪十五年（1889）十月，朱一新移任广州广雅书院山长（掌教、院长）。广雅书院由张之洞创建，收录广东、广西两省各一百名高才生员。院规是“先读书而后考艺，重实行而屏华士。”分经、史、理、文四斋肄业，延请四人辅导管理，而山长专授经训、性理及史事、辞章。生员各有日记册，记录学习心得及质疑问难，院长及时批阅并以书面作答，这在端溪书院时朱一新就已实行。
