开皇九年（589年），跟随晋王杨广参加隋灭陈之战，建立战功，授上仪同。

开皇十四年(594年)，出任观州总管长史。在观州，他对属下严厉异常，吏人多有怨言。

开皇二十年(600年)，改任幽州总管长史。

仁寿末年（604年），元弘嗣被隋炀帝任命为木工总管，负责营建东都洛阳。其间，施尽暴政。

大业初（605年），炀帝即有攻打辽东之意，遂委派元弘嗣前往东莱海口负责监造战船，准备水陆并进攻打高丽。各州派去服役之人都备受元弘嗣的折磨，他令官兵督役，使丁役们昼夜站立于水中劳作，劳工们“自腰以下，无不生蛆”，死者无数。元弘嗣用劳工们的生命换取自己的高官。不久，他即因督造之功被提拔为黄门侍郎，又转为殿内少监。征辽东之役，他又进位金紫光禄大夫。

大业二年（606年），隋炀帝再征辽东，而陇西起义不断，炀帝命他率兵击灭之。

大业九年(613年)，杨玄感趁炀帝亲征辽东，起兵黎阳反隋，带兵围攻东都洛阳。有人告发元弘嗣暗通杨玄感，被执送炀帝处。经审讯他并无反迹，理应释放。隋炀帝疑心极大，遂将元弘嗣除名，流放边远地区。元弘嗣于流放途中死去，就这样结束了他的酷吏生涯。