崇祯九年（1636年），滁州的农民军被祖宽击败后，逃往河南。十二月，农民军首领马守应联合罗汝才、李万庆从郧阳向东进犯，史可法转驻太湖，扼守要道。
崇祯十年（1637年），任佥都御史，巡抚安、庐、池、太及河南光州、光山、固始、罗田，湖广蕲州、广济、黄梅，江西德化、湖口。正月，农民军从安庆石牌的小路突围出去，驻扎在桐城。参将潘可大将其击败，农民军逃走途中又被庐、凤两地的军队阻拦，农民军被迫又逃回桐城，将桐城周围劫掠。
崇祯十一年（1638年）夏，史可法因为长时间没有平定农民军而获罪，朝廷令他戴罪立功。
崇祯十二年（1639年），史可法因为岳父的去世而离职。丧满后，史可法被用为户部右侍郎兼右佥都御史，接替朱大典总管漕运，巡抚凤阳、淮安、扬州等地。史可法弹劾罢免了三个督粮道，增设漕储道一人，大力疏通南河，使漕务大有整治。之后，调任南京兵部尚书，参赞机密政务，由于军队久不训练，没有战斗力，史可法上奏八条改革意见。
