康熙二十九年庚午(1690年)五十四岁。到达武昌后,设法赈济灾民,废寝忘食处理公务,慎重处理“裁兵之变”的善后问题,为遭受诬陷的人平反冤案,使湖广在短期内得到治理。八月充湖广乡试监临官,十月充武乡试主考。
康熙三十年辛未(1691年)五十五岁。湖广连续两年丰收,百姓家给人足,社会秩序恢复。这年陕西发生大旱,灾民大量涌入湖北。吴琠号召各级官员捐俸赈济灾民,并自己带头,共筹粮8500石,救活陕西灾民数万。
康熙三十一年壬申(1692年)五十六岁。春,康熙命吴琠截留湖北漕米10万石,积贮荆州,五月又以陕西西安等地雨水不调,命把这批漕米用荆州方面的兵船运到地近西安的襄阳以备赈,随后兵部的咨文到达武昌。吴琠的母亲在沁州病逝,吴王琠遵制回籍丁忧。临行,僚属伸民馈赠大量金银财物作为祭礼,吴琠全部谢绝,并说:“非吾母志也。”守孝期间,闭门读书,不与外事。
康熙三十三年甲戌(1694年)五十八岁。四月吏部启奏湖广总督缺出,这时吴琠在籍守孝,康熙说:“吴琠有才有守,又能安静不多事,用得此人于地方大有裨益,湖广总督即用伊,俟服满赴任。”四月二十四日(5月17日),康熙任命吴琠为湖广总督,待服满以后赴任。十二月初一日(1695年1月15日)进入湖北,初八日(1695年1月22日)到达武昌就湖广总督任,受到当地群众和各级官员的热烈欢迎。
康熙三十五年丙子(1696年)六十岁。向朝廷请求增加湖广举人名额,引起康熙重视,发令增加各省举人名额,湖广增加17名。六月升补都察院左都御史,九月入京就任。上任伊始,他宣布:“司风纪者当养人廉耻,不专以弹劾为能。吾谬掌台端,要在正己率属,其可见事风生,以亵宪体乎?”由是,从容坐镇,台省肃然。
康熙三十六年丁丑(1697年)六十一岁。春,任会试副总裁,所取之士皆英俊者。五月十六日(7月4日),当文武百官去迎接亲征噶尔丹大捷归来的皇帝时,康熙在马上顾诸大臣,唯极称赞吴琠和河运总督张鹏翮两个人,说他们是好官。
康熙三十七年戊寅(1698年)六十二岁。七月初一日(8月6日)补授大学士,七月十一日(8月16日)下旨,着为保和殿大学士兼刑部尚书。皇帝问政,知无不言,并皆竭诚由衷。康熙对吴琠深信不疑。
康熙三十八年己卯(1699年)六十三岁。十月二十二日(12月12日),康熙用满语同诸大臣谈话,吴琠在旁边听不懂。康熙转而问吴琠:“天下方音何处好听?”吴王琠回答:“自己家乡话好听。”康熙鼓掌笑曰:“此老说得很是。”由是可见,吴琠言必由衷,唯尚诚实。