景泰三年（1452年），徐有贞升任右谕德。当时，黄河沙湾河段（在今山东阳谷）决口已有七年。朝廷先后派多位官员治理，但却始终未能平息河患。
景泰四年（1453年），明景帝召集廷臣朝议，让他们推荐治水人才。群臣都推荐徐有贞。景帝不知徐有贞便是徐珵 [7]，遂任命他为左佥都御史，让他到张秋（在今山东阳谷）治理黄河。
景泰六年（1455年）七月，徐有贞被召回北京，佐理都察院事务，后又出京巡视漕河。他奏请朝廷，免除济宁十三州县河夫的官马徭役。
景泰七年（1456年），山东地区发生洪灾，境内河堤多有毁坏，唯有徐有贞负责修筑的河堤依然完好。明景帝便命徐有贞再到山东治理水患。徐有贞修复旧堤决口，在临清到济宁之间设置多处减水闸门，成功平息水患。景帝亲自召见慰劳，进拜他为左副都御史。
天顺元年（1457年）三月，英宗封徐有贞为奉天翊卫推诚宣力守正文臣、武功伯，兼任华盖殿大学士，掌文渊阁事，赐诰券，子孙世袭锦衣卫指挥使（《皇明人物考》作武功卫指挥使）。当时，陈循、萧鎡、商辂等阁臣皆被斥遂。徐有贞成为内阁首辅，尽掌阁权，朝野内外为之侧目。而明英宗对徐有贞也是倾心委任，允许他可以随时进见。
