洪熙元年(1425)，李时勉又上疏议论政事。仁宗非常愤怒，将李时勉召到便殿，但李时勉在答辩中毫不退让。明仁宗朱高炽气得命武士用金瓜击打李时勉，李时勉三根肋骨被打断，抬出去时都快死了。第二天，改任为交趾道御史，命李时勉每天审查一件狱案，提交一份议政报告。李时勉上奏了几次，于是被投进锦衣卫监狱。李时勉曾有恩于某位锦衣卫千户，这位千户正好来视察监狱，便偷偷地请来医生，用海外进口的血竭药给李时勉疗伤，李时勉才得以不死。仁宗病情加重，对夏原吉说：“李时勉在朝廷上侮辱我。”说完，他勃然大怒，夏原吉忙安慰劝解。这天晚上，明仁宗朱高炽逝世。  

正统三年（1438年），因《宣宗实录》修成，升为学士，主管院事兼经筵官。

正统八年（1443年）请求退休，皇上不批准。  

正统九年（1444年），明英宗朱祁镇视察国子学。李时勉为皇上讲解《尚书》，讲得透彻清楚。皇上很高兴，给了李时勉许多赏赐。李时勉一连上书请求退休，都不批准。

正统十二年（1447年）春才获得批准。朝臣和国子监学生近三千人到都门外为李时勉饯行，有的还一直把李时勉送到船上，等船走后才离开。