万历八年(1580年),王世懋请求致仕,明神宗不同意。同年八月十日(1580年9月18日),王世懋改任陕西提学副使,提督陕西学政。
万历九年八月五日(1581年9月2日),王世懋因病请求致仕,明神宗同意了他的请求。
万历十年九月十七日(1582年10月3日),朝廷对王世懋进行了考察。同年十二月一日(12月25日),王世懋被起任为浙江提学副使。
万历十二年十月二日(1584年11月3日),王世懋改任福建提学副使。
万历十三年八月二十二日(1585年9月15日),王世懋升任福建布政司左参政。
万历十四年六月十三日(1586年7月28日),王世懋升任南京太常寺少卿。同年十二月二十日(1587年1月28日),王世懋赴任南京太常寺少卿。
万历十六年闰六月十四日(1588年8月5日),王世懋去世,享年五十三岁。