今人视为科学家的薛凤祚之所以离开孙奇逢而别求其他老师,原因不在于"王学空疏"而引起的思想离异,而在于孙奇逢当时所教的众多弟子之间"相隔太远"而引起的不便和孙奇逢所面临的家事及挚友鹿善继丧母而大病、丁忧还乡由此导致其不得不离开京师回老家。正是由于鹿善继、孙奇逢的首先引导,使得薛凤祚在晚明皇权主义颓废所导致的知识空间无限发展可能的环境中,以孙奇逢重构天人关系及"主于实用"思想为指导,在"本之于天"与"主于实用"之间兼采中西知识资源,以《易》为蓝本,以传统的"天"意识为依托,以实用为归宿,以平分中西基础上会通为手段,思想逐次展开。正是这种会通模式的一致性,把孙奇逢兼容并包的思路推向一个新境界,使得薛凤祚的思想与夏峰北学其他同仁一样显得与众不同。但由于清初皇权主义重建及其意识形态调控导致的知识空间的大幅萎缩,明清之际理学变革最终以官方主导的意识形态化的朱子学回归收场,正是在此情况下对夏峰北学学者思想的不断解构与重构导致会通必要性的消失,使得包括薛凤祚在内的夏峰北学都难以理解。
