怨军成立后，非但作战不利，而且接连发生叛乱。保大元年（1121年），东南路怨军将领董小丑因为征讨利州叛乱不利被处死，于是其手下罗青汉、董仲孙等率怨军作乱。辽都统耶律余睹、萧干率兵平叛。郭药师等人杀了罗青汉数人，接受招安。辽从中选出2000人编为四营，任命郭药师、张令徽、刘舜仁、甄五臣各自统领。剩下6000人分送各路为禁军。为了彻底解决怨军的问题，耶律余睹向萧干建议：“前年两营叛，劫掠乾州，已从招安；今岁全军复叛，而攻锦州。苟我军不来，城破，则数万居民被害。所谓怨军，未能报怨于金人，而屡怨叛于我家。今若乘其解甲，遣兵掩杀净尽，则永诀后患。”但萧干不同意，认为“亦有忠义为一时胁从者，岂可尽诛杀之？”郭药师等得以保全性命。于此，郭药师性善多变，反复无常的特点已初露端倪。而怨军也确如耶律余睹所说，成了辽朝的后患。

其后郭药师的经历，《宋史》、《金史》本传都未记载，在《大金国志》、《建炎以来系年要录》等书中可找到蛛丝马迹。金天会十年（1132）秋，时为平州刺史的郭药师不知因何原因下元帅府狱，不久获释，但其家产尽为左副元帅完颜宗翰所得。对此，《大金国志》作者有一段评论十分恰当：“大金虽以权宜用之，其心岂不疑之哉？始夺其常胜军并器甲鞍马散之，继夺其家财没入之，药师得不死幸矣。”从此，郭药师就不见载于史籍了。