乾隆二十六年，迁江南河道总督。奏言：“高、宝、兴、泰积年被水，上命封南关、车逻等坝，於金湾坝下濬引河，泄水归江，使洪泽湖、运河之水不致漫坝东注。下河各县支河汊港及田间积水，均汇入串场河，北至盐城石、天妃等闸，出新洋港。又自兴化白驹、青龙、八社、大团等闸出斗龙港，分二道归海。
乾隆二十七年，授内大臣，奏言：“运河归江，邵伯以下旧设六闸。自盐河分流下注，请将六闸金门量为展宽。
乾隆二十八年，加太子太傅。
乾隆二十九年，奏言：“清口以上桃、宿等，专受黄水；清口东坝以下，淮、黄合流，至云梯关迤东归海。北岸五套、南岸陈家浦顶冲入溜，议培筑旧堤。臣以云梯关外近海，与其筑堤束水，不若於旧堤上首作斜长子堰，使水汇正河入海。”上均是之。
乾隆三十年，迁两江总督，仍统理南河事务。
乾隆三十一年，按苏州同知段成功纵仆扰民，高晋以成功方病，拟宽之，上责其袒庇。
乾隆三十三年，署湖广总督，兼摄荆州将军事。三十四年，回任，兼署江苏巡抚。上命采洋铜铸钱，高晋请收小钱，并运云南铜供铸，费省於洋铜，上用其议。
