崇祯三年（1630年），王佐挂被明廷招降，李自成转投奔张存孟（不沾泥），担任队长一职 。
崇祯六年（1633年），李自成率余部东渡黄河，在山西投奔了他的舅父闯王高迎祥，称“闯将”。同年，曹文诏率千余关宁军击败山西境内的农民军，高迎祥、李自成、张献忠等均逃到河南之后被曹文诏、左良玉等多路明军包围。
崇祯七年（1634年），后金军第二次入塞，曹文诏被调到大同抗金，被围农民军从王朴处突围。是年六月，新任五省总督陈奇瑜乃引军西向，约会陕西、郧阳、湖广、河南四巡抚围剿汉南农民军。
崇祯八年（1635年），洪承畴任五省总督后围剿民军，农民军退到河南洛阳一带。高迎祥、张献忠、老回回、罗汝才、革里眼、左金王、改世王、射塌天、横天王、混十万、过天星、九条龙、顺天王等十三家七十二营起义军在河南荥阳召开荥阳大会， 李自成提出“分兵定向、四路攻战”方略。
崇祯十一年（1638年）八月，清兵从青口山（今河北迁安市东北）、墙子岭（今北京密云东北）两路毁墙入关，发动了第四次入关作战。杨嗣昌为贯彻其“安内方可攘外”的战略，力主与清议和，但遭到宣大总督、勤王兵总指挥卢象升等人的激烈反对。崇祯和战不定，卢象升在河北巨鹿战死。清兵撤退后，孙传庭、洪承畴等人均被调往辽东防范清军，李自成在山中得以喘息。冬天，李驻扎在富水关南的生龙寨，并娶妻生子。
崇祯十二年（1639年），张献忠在谷城（位于湖北襄樊）再次反叛明廷，李自成从商洛山中率数千人马杀出。
崇祯四年（1631年）四月，张存孟在陕北战败降明。十月，洪承畴正式接任三边总督，
崇祯九年（1636年），高迎祥被新任五省总督卢象升击败，包围在郧[yún]阳山区（隶属于湖北省十堰市）。高迎祥在黑水峪（今陕西省周至县黑河口）兵败，被新任陕西巡抚孙传庭所杀。高迎祥残部投奔李自成，李自成便被推为“闯王”，继续征战四川、甘肃、陕西一带。
崇祯十年（1637年），杨嗣昌会兵10万，增饷280万，提出“四正六隅，十面张网”策略，限制农民军的流动性，各个击破，最后歼灭。此举在两年内颇见成效。张献忠兵败降明，李自成在渭南潼关南原遭遇洪承畴、孙传庭的埋伏被击溃，带着刘宗敏等残部17人躲到陕西东南的商洛山中。
