宝祐六年（1258年），吴澄刚好10岁，开始懂得治学的根本。他努力攻读大理学家朱熹编纂的《大学》《中庸》等“四书”章句，每日诵习《大学》一二十遍，一直坚持了3年之久，在学业上取得了很大进展。后来，吴澄曾对学者谈到自己这段经历，他说：“吾幼时习诗赋，未尽见朱子之书，益业进士者不知用力于此也。十岁偶于故书中得《大学》《中庸》章句读之，喜甚。自是清晨必诵《大学》二十过者千余日，然后读《中庸》及诸经，则如破竹之势，略无凝滞矣。学者于《大学》得分晓，则《中庸》不难读。”

景定四年（1263年），吴澄十15岁，他已深知科举之业不足致力，于是专务圣贤之学，伊然以圣人之道自任。有一天，他读了朱熹的《训子帖》，见到其中有“勤”、“谨”二字，如得面命而深为信服，认定这是“持养之要经，为学之大务”。随即，吴澄挥笔写下《勤》《谨》二箴，又作《敬》《和》二铭。《敬铭》有云：“把捉于中，精神心术；检束于外，形骸肌骨。”《和铭》则极言周敦颐、程颢等学人风范以自勉。他常说：“吾读《敬铭》，则使人心神收敛，百妄俱消，如在灵祠中，如立严师侧，凄凄乎似秋，而不觉足之重手之恭也；读《和铭》则使人心神怡旷，万境俱融，有弄月吟风情，有傍花随柳想，熙熙乎似春，而不知手之舞足之蹈也。”其后，吴澄还写了《自修铭》《自新铭》《消人欲铭》《长天理铭》《克己铭》《悔过铭》《矫轻铭》《警惰铭》等等，可见他处处自我鞭策，时时自我激励，其勤学笃行的功夫实可谓深矣！吴澄后来之所以成为元代一位儒学大师，与他早年的自觉修养、刻苦磨炼是分不开的。

宋理宗景定五年（1264年）秋天，吴澄陪同祖父前往抚州（治所在今江西临川）参加乡试。当时正遇上本州郡守邀请名儒程若府先生到临汝书院讲学，这可算是抚州儒学界的盛事。程若庸，宇逢原，安徽休宁人。他从学于饶鲁（学者称双峰先生，为朱熹门人的“高弟”），得朱熹之传。后历任安定、临汝、武彝三书院山长，学者宗之，称勿斋先生，又称微庵先生。著有《性理字训讲义》《太极洪范围说》等书传世。景定时期正当南宋末造，士人大多以科举之业为务，而程若府当时却潜心于理学，独以朱子之学传授诸生。吴澄本来眼膺朱学，现在又仰慕程若庸之名，于是便去临汝书院拜谒程先生。当他在书院外厅等待先生出来接见的时候，发现四壁粘满揭帖，内容全是程若庸教诲学者之说，充分反映出程氏在理学方面的独特见解。吴澄饶有兴致地细看了一遍，又将壁间话语默记心上。他察觉程氏的一些说法并不完全符合朱熹学说，由此引起了他的怀疑和思索。过了一阵，程先生从书院内堂走出来了，吴澄立即迎上前去，拜谒之后，便向先生请教。其中问道：“如先生壁间之书，以大学为高明正大之学，然则小学乃卑小浅陋之学乎？”如此这般，一连质疑了好几个问题。程若庸不禁赞叹道：“吾处此久矣，未有如子能问者。吾有子曰仔复，与子年相若，可同学为友。”从此，吴澄向程若庸执弟子之礼，经常往来于程氏之门。程先生深知这位弟子于儒学必有所成，坚信其前途不可限量，而同门诸生有不少人却未能真正了解吴澄。

宋度宗咸淳元年（1265年），祖父卧病在床，吴澄侍奉汤药，不离左右。这样一连坚持了十多天，他毫无倦怠之色。祖父对吴澄的父亲说道：“吾察此孙服勤昼夜不懈，而神气有余，此大器也，可善教之！”吴澄从婴儿时期开始，就一直受到祖父的特别喜爱。祖父经常夸耀小吴澄如何聪敏颖慧，以致使乡里人都认为这位老人有誉孙之癖。这一年十二月，祖父因病情恶化而溘然长逝。吴澄遵循古礼，亲自为祖父操办丧事，凡事先禀告父亲而后施行，一切细务处理得井井有条，乡亲们都称赞他精明能于。

元世祖至元十二年（1275年），元兵攻陷江西，抚州沦为元人统治区。乐安县丞黄西卿是一位忠义之士，他不愿降元做官，便携带全家避入深山穷谷，甘心忍饥挨饿，艰难度日。他素慕吴澄讲学之名，特意邀请吴澄前去教授其子。吴澄出于对这位县丞的敬仰，欣然应邀前往。于是在山中授徒讲学，潜心著述，与黄西卿相处甚得。

至元十四年（1277年），江西战乱频仍。吴澄侍奉父母双亲到处避难，很少有安居之日。后来，幸得乡贡进士郑松热情相迎，于是一道隐居布水谷。每日以论学为事，可谓优游年岁，自得其乐。布水谷位于乐安之高山，上有田有池，群山外环，内有一道溪流直通悬崖飞瀑而出，其景致十分壮观。谷中吴郑两人所居草庐，后人称为古隐观。

至元二十三年（1286年），程钜夫任江南行台侍御史，奉元世祖忽必烈之命四处访求遗贤，凡发现德行高尚、才艺杰出的人，便由当地驿站立即派人护送入京拜见忽必烈，以听候封赏。这一年冬天，程钜夫不辞辛苦，专程赶到抚州，命郡县官吏亲往慰问吴澄，并想方设法强求他出来做官。当郡县官吏来到吴家的时候，吴澄再三声称母亲年老，无人奉养，以此作为理由坚决推辞。最后，程钜夫亲自前来看望他，经过一番问寒问暖、叙旧谈心之后，又十分恳挚地对吴澄说：“诚不肯为朝廷出，中原山川之胜可无一览乎？”吴澄看到这位老学友一片诚心，实在推却不过，只好答应与之同行，权作一次北上漫游。他将此事禀告母亲游夫人，征得老人家同意，随即整治行装，与程钜夫一道，于十一月向建昌路（今江西南城）出发。

至元二十五年（1288年）初春，宜黄（今江西宜黄县）吴东子修建了一座义塾，匾上题名曰“明新堂”，专为乡里子弟提供读书之便。他特地奉书聘请吴澄前往授徒讲学，吴澄欣然应允。留寓塾中数月，吴澄不分朝夕，讲学不倦；远近学子登门受教，络绎不绝。

元成宗元贞二年（1296年），董士选身任江西行省左丞。经省掾元明善引见，他前往馆塾拜望了吴澄，并询问《春秋》经义和治乱之道，都得到了令人满意的解答。董士选拱手告别了吴澄，与元明善同返官署。归途中，他深有感慨地对元明善说：“吾平生所见士多矣，未有德容辞气、援据经传如吴先生者！”

大德元年（1297年），董士选拜江南行台御史中丞。次年进京朝见皇帝，改金枢密院事。他多次向朝廷推荐吴澄，但吏部迟迟未能采纳他的意见。一日在都堂议事，董士选离座起立，对丞相愕勒哲和平章军国重事博果密说道：“士选所荐吴澄，非一才一艺之能也。其人经明行修，论道经邦，可以辅佐治世，大受之器也。”丞相和平章军国重事听了，都说：“金院质实所荐，必天下士何疑焉！”事有不巧，平章军国重事博果密改拜御史中丞，不久去世，未及任用吴澄。

大德七年（1303年）春天，吴澄治装南归。

大德八年（1304年）十月，吴澄回到崇仁故里。这时，朝廷有旨传来，授他为将仕郎、江西等处儒学副提举。

大德十年（1306年），他决定漫游南岳衡山，四月到达袁州（治所在今江西宜春县）。江西儒学提举郑陶孙闻知此事，立即派人致书，追请吴澄赴任。十月，吴澄被迫到官就任。

元武宗至大元年（1308年），新天子即位，广求人才，诏授吴澄为从侍郎、国子监丞，并移命江西行省敦促赴官。次年六月，吴澄就任国子监丞，六馆翕然归向。最初，元世祖命北方名儒许衡出任国子监祭酒，开始以朱熹理学教授弟子。许衡告老以后，继之者多是他的门人，还能烙守师法。但时间既久，师传渐失，学者散漫无归。而今吴澄一到，决心整治颓风，使诸生为学知其趋向。他每天拂晓便举烛堂上，让诸生依次受业，并各持所疑以质问。直至傍晚，他才退归寓舍稍事休息，而诸生往往执经以从，随时请教。吴澄根据清生才质之高下、识见之深浅而分别给予指导，使他们都能“刻意研穷，以究乎精微之蕴；反身克治，以践乎进修之实。”吴澄就这样谆谆教诲，循循善诱，朝夕讲论，寒暑不废，从而赢得了六馆请生的衷心爱戴。他本来不愿出仕，但而今官授师儒，每日面对莘莘学子，确实也感到了为人师表、哺育英才的莫大快乐。

元仁宗皇庆元年（1312年）正月，吴澄告病辞归。他登舟赋诗，留别各位僚友，众人无不唏嘘感慨。监学官当即命令属吏及诸生数十人追至通州河上，再三恳留，吴澄执意不从。朝廷也专门遣使追留，终究未果。其时，六馆诸生怅怅然如失父母一般，竟有未经合清而追随吴澄南行者数人，从学几年后北归，全都中选高科，成为儒学名士。

元仁宗延祐三年（1316年），吴澄漫游宜黄（今江西宜黄县），入山留居五峰僧舍，历时六月有余，修成《易纂言》。

延祐五年（1318年）春，吴澄除集贤直学士，特升奉议大夫，朝廷当即委派集贤修撰虞集奉诏前往江西迎致。吴澄应召，于五月启程，八月到达仪真（今江苏仪征县），突然疾病发作，不能前行，只得暂时滞留淮南。十一月寓居建康（今江苏南京市），修成《书纂言》以后返家。

泰定元年（1324年）二月，朝廷采纳江浙行省左丞赵简的建议，大开经筵进讲。中书平章政事张珪主持讲席，分派吴澄担任经学讲官。三月，吴澄为泰定帝讲述《中庸》“舜其大孝”章以及《资治通鉴》数条。由于他进讲时言温气和，经旨敷畅，颇得古人劝讲之体，因此使泰定帝听后甚为满意。七月，吴澄奉诏纂修《英宗实录》。次年十二月，纂修事毕，吴澄又告病还乡。

泰定三年（1326年）。张珪上疏泰定帝，恳请起用吴澄。他说：“翰林学士吴澄，心正而量远，气充而神和，博考于事物之赜而达乎圣贤之蕴，致察于践履之微而极乎神化之妙。正学真传，深造自得，实与末俗盗名欺世者霄壤不同。粤自布衣，一再收召，超擢学士，有识君子不以为过。前当讲明创切，温润完厚，康健聪明，经学之师，当代寡二。虽蒙恩赐存抚，为礼甚优，然合召还，资其学问，良非小补。”