嘉靖十七年（1538年），他担任总兵官征讨安南，因欺压当地官员被免职。   此后他先后担任宁夏总兵、甘肃总兵，因阻挠军务为总督曾铣所劾，革职逮问；后来曾铣因河套之议下狱，他就诬陷曾铣贿赂了夏言，使得曾铣、夏言被冤害。   然后他自己也得以出狱。庚戌之变之初，仇鸾被起复为大同总兵。他贿赂俺答绕开大同，致使其向东进军，掳掠京畿；又第一个入关勤王，以此得到了明世宗的宠信，被封为平虏大将军。然而他冒功畏敌，又放任军队劫掠百姓。庚戌之变后，他提督京营戎政，又主持开放马市，一时风头无二。但他得势后，骄傲自满，相继和严嵩、徐阶、陆炳等重臣失和   ；又因马市效果不佳，且御敌不力，失去了明世宗的信任。  

嘉靖三十一年（1552年）八月二十二日，仇鸾因背上生疮去世，享年四十七岁。   他病逝后，被陆炳检举种种不法罪证。最终他被判犯有谋反罪，开棺戮尸。