嘉靖三十一年(1551年),仇鸾被陆炳揭其私及不轨之事,遭革职忧惧而死,死后被嘉靖以“叛逆”的罪名开棺戮尸。同年,杨博服丧结束。
嘉靖三十二年(1552年),杨博在家中被任命为兵部右侍郎,不久又转为兵部左侍郎,还兼任佥都御史,经略蓟州和保定的军务。
嘉靖三十四年(1555年),打来孙又率部劫掠益昌,被杨博击退,杨博因功升兵部尚书,录防秋之功,加授太子少保。当时,严嵩父子招揽权力,诸司职权时常受到干扰,杨博恪守职责,一切不允通融,严嵩颇为恼恨。
嘉靖三十五年(1556年),杨博因父丧而辞官。不久,接替他的兵部尚书许论被罢官,世宗重新起用杨博。杨博因终丧期未满,上疏推辞。但当时大同右卫被围长达六个月,城中缺粮,形势危急,世宗命杨博总督宣府、大同和山西军务,杨博身着孝服急速出关赴任。