嘉靖四十年（1561年），世宗升杨选为蓟辽总督、右副都御史。他逐条上奏，陈述十五条封疆积弊，世宗多听从他的请求。因在居庸岔道退敌有功，进官兵部右侍郎。
嘉靖四十一年（1562年）五月，古北口守将派遣哨兵出塞，朵颜卫抓获其中四人。酋长通汉叩关索要赏赐，副总兵胡镇将他与其同党十多人擒获。通汉的儿子恐惧，带被抓住的哨兵到墙下，请求交换他的父亲。通汉是辛爱妻子的义父，杨选想用他来牵制辛爱，要他的儿子来做人质，才遣还他的父亲。从这时起通汉的几个儿子轮流作为人质，半年换一次。杨选急驰上疏禀报世宗知道，并自夸有方略。他与巡抚徐绅等人都受到赏赐。
